很顯然，顧炎武對明中期以來王學末流盡廢先儒之說而欲出其上，不學無術則借“一貫”之言而掩飾其淺陋，置四海困窮不言而講“危微精一”的頹廢學風和空談“性命”、“天道”的學術內涵很看不慣，試圖予以校正。在他看來，明末“神州蕩覆，宗社丘墟”的結局，王學末流應該承擔很大的責任。王學末流背離孔門為學宗旨，不習六藝，不考百王之典，不綜當代之務，而專心於內，實乃內釋外儒之學，已非儒學之正宗，所以中國文明的重建與複興必須超越王學，擯棄王學末流。
對於程朱理學，顧炎武也隻是作了有限度的肯定，尤其是對理學家津津樂道的“性”與“天道”等持堅決反對態度。顧炎武進而指出，整個宋明理學的出現是對中國文明的“誤導”：“古今安得別有所謂理學者？經學即理學也。自有舍經學以言理學者而邪說以起，不知舍經學則其所謂理學者，禪學也。”這就從根本上將宋明理學的價值打了一個大折扣，從而摘除了理學家頭上神聖不可侵犯的光環。“自顧炎武此說出，而此學閥之神聖，忽為革命軍所粉碎，此實四五百年來思想界之一大解放也。”
在拋棄了宋明理學為學宗旨後，顧炎武試圖身體力行，以期為中國文明開出一條新道路，重建中國文明新體係，實現中國文明的複興。
在方法上，顧炎武強調學術貴在創新，反對抄襲古人，注重實證，每一事必詳具始末，參以佐證，尤不以孤證自足，必取之甚博而後筆之於書。顧炎武強調為學不僅要勤於讀書，而且要勤於調查研究，向實踐學習。他自己畢生遊學南北：“以二馬二騾載書自隨，所至厄塞，即呼老兵退卒詢其曲折。或與平日所聞不合，則即坊肆中發書而對勘之；或徑行平原大野，無足留意，則於鞍上默誦諸經注疏。偶有遺忘，則即坊肆中發書而熟複之。”從研究方法上一反宋明理學家坐談性命的空疏之學。
在研究門類上，顧炎武對於宋明理學家津津樂道的“性”與“天道”等玄學問題似乎毫無興致，而是參證經史，講究音韻，精研地理，大體規範了後來乾嘉漢學的學術範圍，開乾嘉學術之先河。
由於顧炎武的提倡和身體力行，當時有一批學者如朱鶴齡、費密等同樣主張治經信古，以漢儒注說為宗，從實誌道，湛思覃力於經注疏及儒先理學，上稽古經正史，旁及群書，從而形成了一股浩大的實學聲勢，使得清初學術在方法上逐步向博稽經史的方向走去，並最終形成有別於宋明理學學術方法的證史考經學術思潮與流派。
與顧炎武一樣，清初大儒黃宗羲、王夫之等雖從宋明理學中來，但也明顯認識到宋明理學的危機，而主張以六經為根底，以經世致用為目的，這些都對乾嘉漢學的興起起到不可估量的作用。
作為東林名士黃尊素的公子，黃宗羲以半生精力致力於匡複明室，然因時代條件使然，他的理想隻能付諸東流。於是他隻得歸家著述講學，將自己所有理想都寄托在那些浩繁的著作中。
就學術傳統而言，作為劉宗周的弟子，黃宗羲聞誠意慎獨之說，縝密平實，對晚明王學內在缺陷理所當然地有一種清醒認識，嚐謂明人講學襲語錄之糟粕，不以六經為根柢，束書而從事於遊談。故問學者必先窮經，經術所以經世，不為迂儒，必兼讀史。讀史不多，無以證理之變化。多而不求於心，則為俗學。故上下古今，穿穴群言，自天官、地誌、九流百家之教，無不精研。
黃宗羲還強調，為學務必堅守獨立思考的原則，自辟蹊徑，以經世致用為唯一目的，反對固守前人思想觀點。他以為南宋以後，講學家空談性命，不論訓詁；教學者說經則尊漢儒，立身則宗宋學。又謂昔賢辟佛，不檢佛書，但肆謾罵。譬如用兵，不深入其險，不能剿絕鯨鯤。據萬斯大的《梨洲先生世譜》說，黃宗羲為此投入很大精力研讀佛藏，深明其說，所以力排佛氏，皆能中其要。總而言之，黃宗羲在學術思想和方法上實開一代新風，初步糾正了王學末流“束書不觀，遊談無根”的空疏學風。
如果說顧炎武、黃宗羲在學術上的貢獻是開一代新風的話，那麼王夫之的主要貢獻則是以六經為根基對宋明理學從學術和理論上進行深入批判和總結。他在長達四十餘年的隱居生活中，潛心著述，於儒家六經皆有所發明，成書多達百餘種四百餘卷。
在漫長學術生涯中，王夫之主要思考的是如何重建中國文明尤其是儒家文明體係問題。他認為，儒家文明在孔子之後就開始變質。發展到秦漢，就基本上變質，與孔子時儒家文明根本不同。秦漢以後的儒學就絕大多數而言，並不是真儒，而是偽儒、敗類之儒。到了宋明，儒家文明更進一步蛻化，嚴重束縛於形式主義之中，在麻木、糊塗中而沾沾自喜，沉醉於自視清高與傲慢之中，殊不知這樣的儒家文明早已失去信仰價值，教而誤人之子弟，執而誤人之國家。到了明清之際，儒家文明更是走向反麵，無論在銓選取士、在教學養成各個方麵都毫無生氣，拾前人之牙慧以為密藏，而不知心為何用，性為何體，三王起於何族，五霸興於何世。
在王夫之思想體係中，不難看到明末清初西方文明影響的蛛絲馬跡，他雖然幾乎從不提及西學，但在實際研究過程中卻處處體現了西學的思路和方法。這種狀況在當時另一學術大家方以智思想體係中更加明顯。
方以智的政治經曆與王夫之、黃宗羲等人差不多，其前半生幾乎都在致力於匡複明室，從事政治活動，直至政治活動基本無望，其後半生方有暇從事著述。方以智的著作也格外多，其基本傾向是“紛綸五經，融彙百氏”，博涉多通，自天文輿地、禮樂律數、聲音文字、書畫醫藥、技勇之屬，皆能考其源流，析其旨趣，講究“質測”、“通幾”之學。前者以儒家文明為主，改鑄老莊，援引佛道，以《易》學為核心，實現三教兼容，且盡力吸收當時從西方傳來的自然科學知識；後者直接使用西方傳來的科學方法和手段，從事自然科學實證研究，以自己的研究成果和學術傾向批評宋明理學家空談心性之弊病，確實取得一些有價值的結論，提出一些創見。
與同時代的許多學者不同，方以智自幼酷愛自然科學，“有窮理極物之僻”。他一方麵秉承家教，以《易》學傳世名家，另一方麵設法與傳教士廣泛接觸，向他們學習西方文明尤其科學技術知識。他從氣一元論自然觀出發，發現一種樸素的光波動學說，以為“氣凝為形，發為光聲，猶有未凝形之空氣與之摩蕩噓吸。故形之用止於其分，而光聲之用常溢於其餘：氣無空隙，互相轉應也”。在方以智看來，光的產生是由於氣受到激發的緣故，由於氣彌漫分布於所有空間，彼此間無任何空隙，被激發的氣必然要與周圍靜止的氣發生相互作用，摩蕩噓吸，將激發傳遞出去，於是形成光的傳播。
還由於方以智比較認真研究傳教士帶來的西方文明，所以他能夠接受“腦主思維”等說法，並願意介紹西方醫學有關人體骨骼、肌肉方麵的內容，而這些內容都與中國文明有著本質不同或相衝突。
方以智著作非常多，涉及的領域也非常廣泛，是十七世紀無與倫比的百科全書式學者。特別是他對西方文明的吸收汲取，似乎預示著中國文明在新的曆史條件下有某種轉向的可能。
顧炎武、黃宗羲、王夫之、方以智等清初大儒從理論層麵論證宋明理學特別是王陽明學術的深刻危機，並身體力行開出一代新風，然而真正從技術層麵、操作層麵上建立一種新方法、新範式和新規範的當數毛奇齡、閻若璩與胡渭。
毛奇齡是一位才華橫溢而不修邊幅的學者，為人好爭好勝，甚至不惜偽造典故以欺人，或造為師承以示人有所本。故而其學體係雖龐大，然缺少精思，缺少學者應具的起碼道德。毛奇齡著有儒家經學方麵的書凡五十種，合其他方麵的著述共達二百多卷，僅《四庫全書》就著錄有四十部，涉及儒家經學各個方麵，多能條例明晰，考據精核，發先儒所未及。
就學術範圍而言，毛奇齡大約是當時最博學的知識分子，淹貫群書，所自負者在經學，然好為辯駁，他人所已言者，必力反其詞，想方設法駁斥他人，以不異為異。古文《尚書》自宋吳棫後多疑其偽，及閻若璩作《古文尚書疏證》，對宋明理學家盲目崇拜的《古文尚書》提出根本懷疑，以為其書以篇數不合，篇名不合，所敘文字、年代次序之不合，然後知晚出之《古文尚書》蓋不古不今，其造作者非伏生也非孔安國，而是別為一家之學者。這就從根本上抽空了理學家的理論依據，證明理學家所崇拜的東西原來不過是糞土一堆，原以為沒有問題的神聖經典也就可以而且應該拿出來重新研究。應該說，閻若璩的研究成果雖仍有不盡如人意處，但基本結論無疑正確。然而毛奇齡於不疑處立異，專門針對閻若璩的《古文尚書疏證》著有《古文尚書冤詞》以與之抗辯，強辯《古文尚書》為真。又刪舊所作《尚書廣聽錄》為五卷，以求勝於閻若璩。百計相軋，終不能以強辭奪正理，則有據之言先立於不可敗之地。結果是閻勝毛敗，此後偽《古文尚書》一案遂成定論。
毛奇齡故意立異的另一個例子是他處處與幾百年備受恭維的學術大師朱熹過不去：朱熹疑偽孔古文，而毛奇齡以為偽孔古文可信；朱熹信《儀禮》，而毛奇齡則以為可疑。
對《周禮》、《儀禮》，毛奇齡又以為戰國之書。所作《經問》，指名攻駁者，惟顧炎武、閻若璩、胡渭三人，其理由更為荒唐，隻是以三人博學重望，足以攻擊，餘則碌碌，不足掛齒，其傲睨如此。後世學者所謂“文壇成功術”專檢一流學者打，大概起源於此。
這樣說當然不意味著毛奇齡不學無術，故意搗亂，其實他在學術上的貢獻還是蠻大的，尤其是他基本辨明《河圖》、《洛書》之源流，以為今之《河圖》即大衍之數，當名《大衍圖》，而非古所謂《河圖》；今之《洛書》則太乙行九宮之法，也非《洪範》九疇。其排擊異學，尤有功於經義。
辯證古書之真偽，是中國學術史研究的基礎性工作，也是清代漢學的一個相當突出的特點。而在這方麵，具有突出性貢獻，甚至在某種程度上可以說是集大成的，是與閻若璩差不多同時的姚際恒。姚際恒以疑古精神熾烈而知名於世，他認為宋代理學大師之道學皆出於禪宗，並非純正儒者。對於儒家經典，姚際恒大膽懷疑，善於懷疑，疑《古文尚書》，疑《周禮》，疑《詩序》，乃至疑《孝經》，疑《易傳》十翼。年五十著手遍注儒學九經，閱十四年而成，名曰《九經通論》；又著《庸言錄》，雜論經史理學諸子。尤其是他所著的《古今偽書考》，被完全判為偽書者達六十九種，真書雜以偽者十種；非偽書而作者偽者七種，書非偽而書名偽者二種；未能定其著書之人者四種。立論嚴謹公允，向為學者所推崇。凡被其判為偽書者，後人確實一般不再輕信。
當然也有人對姚際恒的學問表示懷疑，以為姚際恒生於明末清初，多從諸耆宿遊，故往往剽其緒論。“其說經也，如辟圖書之偽則本之黃宗羲；辟《古文尚書》之偽則本之閻若璩；辟《周禮》之偽則本之萬斯同；論《小學》之為書數則本之毛奇齡，而持論彌加恣肆；至祖歐陽修等，以《周易》“十翼”為偽書，則尤橫矣。其論學也，謂周、張、程、朱皆出於禪，亦本同時顏元之論；至謂程朱之學不息，孔孟之道不著，則益悍矣。他如詆楊漣、左光鬥為深文居功，則《三朝要典》之說也；謂曾銑為無故啟邊釁，則嚴嵩之說也；謂明世宗當考興獻，則張、桂之說也。亦可謂好為異論者矣。”
以考辨偽書知名者，在當時還有胡渭。胡渭篤誌經義，尤精輿地之學，曾參與撰修《一統誌》，所著《禹貢錐指》二十卷，圖四十七篇，博稽載籍，考其同異而折中之，糾正漢唐及宋諸大家於地理上的諸多疏舛，於山川形勢，郡國分合，道裏遠近夷險，一一討論詳明。又因漢唐以來河道遷徙為民生國計所係，故於《導河》一章，備考決溢改流之遺跡。其學術留心經濟，異於迂儒不通時務。間有千慮一失，則不悄闕疑之過。又撰有《易圖明辨》十卷，專為辨定《河圖》、《洛書》而作。
按照胡渭的考證，北宋初道士陳摶推闡《易》理衍為諸圖，其圖本準《易》而生，故以卦爻反複研求無不符合。傳者務神其說，遂歸其圖於伏羲，謂《易》反由圖而作。又因《係辭》“河圖、洛書”之文，取大衍算數作五十五點之圖，以當《河圖》，取《乾鑿度》太乙行九宮法，造四十五點之圖，以當《洛書》，其陰陽奇偶，亦一一與《易》相應。傳者益神其說，又真以為龍馬神龜之所負，謂伏羲由此而有先天之圖。實則唐以前書絕無一字符驗，而突出於北宋之初，由邵雍以及朱熹，亦但取其數之巧合，而示究暇其太古以來從誰授受，故《易學啟蒙》、《易本義》前九圖皆沿其說。同時袁樞、薛季宣皆有異論。元陳應潤作《爻變義蘊》，始指諸圖為道家假。借吳澄、歸有光諸人亦相繼排擊，毛奇齡、黃宗羲爭之尤力。然皆各據所見抵其罅隙，尚未能窮溯本末，一一抉所自來。胡渭則於《河圖》、《洛書》，五行、九宮，參同、先天、太極，《龍圖》，《易數鉤隱圖》，《啟蒙圖》、《書》，先天、後天、卦變、象數流弊，皆引據舊文，互相參證，以箝依托之口。使學者知圖、書之說，乃修煉、術數二家旁分易學之支流，非作《易》之根柢，視《禹貢錐指》尤為有功經學。遂將宋儒津津樂道、喋喋不休的所謂“太極”、“無極”，所謂《河圖》、《洛書》等真相揭穿，指出它們並非來自羲、文、周、孔，更非儒家真傳，而與道士陳摶淵源極深。這便以實證方法從學術史上根本解決了原始儒學與宋明理學的聯係及原則區別，使學者知道欲求儒家文明真諦，舍棄宋明理學方法，不僅還有其他道路可走，而且可能還是更為正確的道路。
誠如梁啟超所說，閻若璩、胡渭等人的貢獻不僅在於辨明了個別圖書的真偽與源流，而且從思想上引起士大夫知識分子的極大震動，使他們感到欲擺脫宋明理學所帶來的中國文明危機，必須另開新途徑。
就這批知識分子心態說，他們著力營造的以實證考據為基本特征的所謂乾嘉漢學，在某種程度上也反映出他們對清朝統治者的不合作態度和逆反心理。清朝建立之後，為了籠絡漢族士大夫，鞏固他們在全國的統治地位，曾經有意識迎合漢族士大夫，提倡宋明理學，尤其是程朱理學，並有意識提拔了湯斌、李光地等一大批理學名臣，企圖以理學消弭漢族士大夫對異族統治者的蔑視、輕視和敵視。這在當時具有高度民族氣節的士大夫那裏就不得不將反對理學作為反清鬥爭的一個手段，如顧炎武、黃宗羲、王夫之等人對理學的批評既有學術史的意義，更多的則反映了他們對清朝統治者的曲折反抗。他們對理學的攻擊就不僅僅是個學術問題，而且是特定政治背景下知識分子逆反心理的一種反映。這批知識分子為了反對清朝統治者就必須在學術層麵將統治者所提倡的理學批得一錢不值，並設法尋找一種新學說，以與統治者提倡的理學相抗衡。宋明理學的基本態度是對原始儒家文明的修正，其主要弊病就是用含糊、抽象、空洞的詞句混淆是非、忽悠概念。因此當時這批反對理學的知識分子就采取一種與理學相反的治學方法，從正名開始，考證儒家經典中一些重要概念，並進行新的分析，附加新的意義。如王夫之、黃宗羲對君臣、夷夏概念的辨析就不僅僅是純粹的學術問題，而是借學術來鼓勵人們反對滿洲人的異族統治。
換言之，乾嘉漢學的興起是特定曆史條件下的複雜產物，它既有複雜的政治背景、社會原因諸如民族糾葛、中西文明衝突等，也有比較複雜、深刻的學術史原因，從而也必然從整體上規定了乾嘉漢學是一個複雜的多麵體，具有至今仍未能完全理解的多維麵相。