四月十六日，金汗召集各貝勒，嘉獎踴躍遵命之貝勒，訓斥怠緩之人。皇太極諭：“朕以察哈爾不道，整旅往征，先期諭令爾等率本部兵來會。今爾等所領之兵，多寡不齊，遲速亦異，惟科爾沁部土謝圖額駙奧巴率來軍士甚多，又不惜所蓄馬匹，散給部眾，疾馳來會”，“足見立心誠意，憂樂相同，朕甚嘉之”。至於舅舅吳克善的行動，則使“朕心不甚歡樂”。紮魯特部諸貝勒，“尚屬實心效力”，敖漢、奈曼諸貝勒，亦“較優，然也未為盡善”。巴林諸貝勒似尚畏懼察哈爾，且“吝惜馬匹，怠緩不前”，阿祿諸貝勒“深受林丹汗之欺淩，乃此次並不思仗朕之力以複仇，而不多發兵馬”，“僅以一旅之師勉強應命”，“應俟班師日議罪”。各貝勒皆叩首受命。這次訓諭，對激勵和鞭策蒙古踴躍從征，起了很大作用。
皇太極下令，日夜兼程，直取林丹汗住地，一舉蕩平察哈爾。四月二十二日，大軍過興安嶺，行軍已達一千三百多裏(從沈陽算起)。但是，連一個察哈爾人也未看到，原來鑲黃旗固山額真達爾哈家的兩名舊蒙古人，於十八日夜間潛盜良馬六匹，飛奔察哈爾，通知金兵大舉來攻。“林丹汗聞之大懼，遍諭部眾，棄本土而奔，遣入赴歸化城(今年蒙呼和浩特)，驅富民及牲畜盡渡黃河。察哈爾國人倉卒逃遁，一切輜重，皆委之而去。”皇太極知悉此情，諭領兵諸貝勒大臣：“察哈爾知我整旅而來，必不敢交鋒，追愈急，則彼遁愈遠，我軍馬疲糧竭，不如且赴歸化城暫住”。於是大軍向歸化城前進。五月二十三日，至木魯哈喇克沁，分兵兩翼，左翼以貝勒阿濟格為帥，率科爾沁土謝圖額駙奧巴及巴林、紮魯特、喀喇沁、土默特、阿祿等部兵一萬，往掠大同、宣府邊外一帶察哈爾部民；右翼命濟爾哈朗、嶽托、德格類、薩哈廉、多爾袞、多鐸、豪格等貝勒領兵二萬，往掠歸化城黃河一帶部民；汗與大貝勒代善、貝勒莽古爾泰統大軍繼進。二十七日獲悉，林丹汗聞金兵入境，驚慌失措，“盡攜部民、牲畜、財物，渡黃河以遁，所遺止窮民耳”。這一天，大軍行馳七百裏，西至黃河木納漢山，東至宣府，自歸化城南及明國邊境，“所在居民逃匿者，悉俘之，歸附者，編為戶口”。
一些蒙古人逃入明境沙河堡，皇太極致書堡中明將，索取逃人，稱：“我北征察哈爾，窮追四十一日，擒其哨卒訊之，雲已星夜逃去”，“我欲收其部民，因還兵克歸化城”，“近聞察哈爾所遺人畜財物，為爾等收留，當一一歸還於我。否則，自取禍患。”明將大驚，立即送還逃入蒙古及欲賞與林丹汗之財物，計有男婦三百二十名、牲畜一千餘及所賞納緞布帛六千餘匹。宣府守將亦將犒賞察哈爾汗所財物存在張家口者，全部獻出，計緞布及虎豹狐獺等皮共一萬二千五百匹(張)。明宣府巡撫、總兵又遵金汗諭旨，議和通市，贈獻黃金、白銀、蟒緞、布匹、茶葉數千(匹、兩、包)。六月二十四日，大軍紮營於張家口外喀喇把爾噶孫，“列三十營，聯絡四十裏”。分略各路大兵，“所至村堡，悉焚其廬舍，棄其糧糗，各籍所俘獲，以聞於上，共計人口牲畜十萬有餘”。
皇太極認為此戰目的基本達到，遂統軍東返，於七月二十四日回到沈陽。此行往返萬餘裏，曆時三個月零二十六天，雖未生擒林丹汗，但已給其以致命打擊，逼其丟棄本土遠逃，察哈爾部分崩瓦解。林丹汗率殘部星夜逃往西藏，“臣民素苦其暴虐，抗違不行”，原有三十餘萬部眾，途中逃散者十之七八。到天聰八年，無處安身東逃西遁的林丹汗，病死於青海大草灘，餘部紛紛回歸，投順於金汗。天聰九年二月，多爾衷等貝勒奉諭統兵一萬，往尋林丹汗之子額哲，於四月降額哲及其母蘇泰太後，並獲元朝曆代傳國玉璽。林丹汗之妻囊囊太後，竇土門福晉，以及其他貝勒、寨桑，紛率所部來歸。漠南蒙古各部悉隸金汗之下。
皇太極深知，隻靠一二次征剿和隨從效力，並不能使各部蒙古長期歸順於己，也不能僅僅依靠盟誓，而須以武力作後盾，用製度、法令來約束各部，使他們聽從金汗統轄和指揮。天聰三年正月，他頒敕諭於科爾沁、敖漢、奈曼、喀爾喀，喀喇沁，“令悉遵我朝製度”。三月，他又遣使臣齎敕，“諭歸順各部蒙古諸貝勒，申定軍令”，規定凡遇出師之時，宜踴躍爭赴，協力同心，不得遲期。若征察哈爾，凡管旗之諸貝勒，年七十以下十三以上，俱須從征，違者，罰馬一百匹駝十頭。遲三日不至約會之地，罰馬十匹。若征明國，每旗大貝勒一員、台吉二員，率精兵百人從征，違者，罰馬一千匹、駝百頭。於相約會集之地擄掠者，罰馬百匹、駝十頭。