2003年，教育部正式批準由北京大學主持製定，湯一介為首席專家的“《儒藏》編纂與研究”方案作為哲學社會科學研究重大課題攻關項目立項。從此，76歲的湯一介以更加雄勁的步伐在哲學道路上跨入新的裏程碑。
2004年，全國哲學社會科學規劃辦公室將“《儒藏》精華編”列入國家社會科學基金重大項目。同年，由北京大學牽頭，湯一介掛帥的《儒藏》編纂工程正式啟動，全國25所高校和社科研究機構的數百位學者加入到《儒藏》編纂的隊伍。2006年，《儒藏》工程被列入“十一五”國家哲學社會科學研究規劃和“十一五”國家重點圖書出版規劃及重大工程出版規劃。中國文化隻有《佛藏》、《道藏》沒有《儒藏》的曆史終於即將改變，而改變這一曆史的帶頭人就是湯一介。
編纂《儒藏》是一項集錄中國曆代儒家思想文化經典，預計須耗時16年（目前看則需幾十年）的浩大工程。然而湯一介義無反顧、欣然全力挑起這一艱難而巨大的重任。
湯一介能夠成為《儒藏》編纂工程的首席專家，挑起《儒藏》編纂中心主任的重擔亦絕非偶然。這一切源於湯一介的深厚學養和他在學術界德高望重的地位。因此中國學術界很多知名人士對湯一介被任命為國家《儒藏》工程的首席科學家都給予高度評價。北京大學副校長吳誌攀說：“湯一介之所以能在如此高齡的時候來擔任首席科學家，是源於他的人品、經曆、組織能力以及在中國古代哲學界都有極好的口碑。”
南開大學曆史係教授來新夏說：“我從《中華讀書報》上，讀到北京大學湯一介教授主持編纂《儒藏》的消息，甚感欣悅，因為這是儒生們數百年來的宿望……自《四庫全書》纂成，又經二百餘年，湯一介教授出而倡導編纂新‘儒藏’，可稱一大功德。”
中國社會科學院哲學所研究員陳靜教授說：“湯先生領導的《儒藏》編纂實際上就是整理經典的工作。當我們在經典的閱讀中再一次溫習先哲的理想，當我們沉思先聖的教誨而終於領略到他們博大深遠的胸懷，也許我們麵對世界就知道該說什麼了，也許我們又會獲得一套屬於中國人卻又說給世界的話語，到了那時，中國難道不能再一次成為典範？”