曲阜孔廟的總體設計是非常成功的。前麵為神道，兩側栽植蒼翠欲滴的柏鬆，創造出莊嚴肅穆的氣氛，以培養拜謁孔廟者崇敬的情緒。孔廟的主體貫穿在一條南北中軸線上，左右對稱，布局嚴謹。前後九進庭院，前三進是引導性庭院，隻有一些尺度較小的門坊。院內遍植成行的鬆柏，濃蔭蔽日，創造出使人清心純雅的幽謐環境；而由高聳挺拔的蒼鬆古柏之間，辟出一條幽深的通道，既使拜謁者感到孔廟曆史的悠久長遠，又烘托了孔子思想的深奧博大。座座門坊高昂的額匾，極力讚頌孔子的功績，給參拜者以強烈深刻的印象，使敬仰之情不覺油然而生。第四進以後的庭院，建築雄偉，黃瓦、紅牆、綠樹，交相輝映，既喻示出孔子思想的博大高深，也喻示了孔子的豐功偉績。而供奉儒家賢達的東西兩民，分別長166米，又喻示了儒家思想的源遠流長。
一、“金聲玉振”石坊
進入曲阜城的南門，迎麵立有一座石坊，由四根巨柱支撐，雄偉壯觀。石坊頂端各飾有蓮花寶座，座上各蹲踞一個雕刻古樸的麒麟，正中額題“金聲玉振”四個大字，筆力雄健，係明代著名書法家胡瓚宗所書。“金聲玉振”四字來源於“亞聖”孟子的話，孟子曾說：“孔子之謂集大成者。集大成者，金聲而玉振之也。金聲也者，始條理也；玉振也者，終條理也。”孟子以古樂起奏之“鍾”、結束之“磐”來比喻孔子高深的思想，因名石坊命名為“金聲玉振”。石坊後麵是一個單孔石橋，兩側各立石碑一幢，上刻“官員人等至此下馬”字樣，這就是俗稱的“下馬碑”。武官至此下馬，文官至此下轎，皇帝至此也要下輦而進。在這裏，在這神聖的儒家文化聖地，任何人都沒有特權，包括至高無上的皇帝在內。
二、欞星門
孔廟的大門為欞星門。欞星，即靈星，又名“天田星”，本指天上文星，古人認為它“主得士之慶”。古代祭天，先要祭祀靈星。孔廟的大門命名為靈星，意思就是“尊孔如同尊天”，將孔子看得和上天一樣神聖，借以表達孔子的崇高地位。
欞星門在泮水橋後，石柱鐵梁，鐵梁上鑄有12個龍頭“閥閱”（即記錄功勳的柱子）。四根圓石柱上刻綴祥雲，頂端雕有怒目端坐的天將。額坊上雕飾火焰寶珠，“欞星門”三個大字熠熠閃光，是由清乾隆皇帝親自書寫的。明代時此門為木質結構，清乾隆十九年（1754年）重修時，改成石質。
三、第一進庭院
從欞星門進去，便是孔廟的第一進庭院。欞星門裏麵建有兩座坊，南為“太和元氣”坊，此坊建於明嘉靖二十三年（1544年）春，形製與“金聲玉振”坊相同，坊額題字係山東巡撫曾銑手書，讚頌孔子思想如同天地生育萬物一樣。 北為“至聖廟”坊，明代時此坊原刻“宣聖廟”三字，清雍正七年（1729年）改成為現在的名字。兩座坊前後而立，都是漢白玉石雕製而成，柱子上雕飾有朵朵祥雲。
後人為讚頌孔子思想對我國社會所發生的深遠影響，使用了“德侔天地”、“道冠古今”八個字，意即他的貢獻如同天地一樣大，他的主張自古至今都是最好的。因此在孔廟第一進院落的左右兩側，各修建了兩座對稱的木質牌坊，東邊題字“德侔天地”，西邊題字“道冠古今”。兩座木坊建於明朝初年，具有明顯的時代風格，均為四根柱子、黃色琉璃瓦。額坊下各雕飾有八隻石雕怪獸。居中的是四隻“天祿”，披麟甩尾，頸長爪利；兩旁的是四個“辟邪”，怒目扭頸，形象怪異。
四、第二進庭院
孔廟的第二進庭院自“聖時門”開始，取意於孟子所說的“孔子，聖之時者也”。據《孟子·萬章下》記載：“孟子曰：‘伯夷，聖之清者也；伊尹，聖之任者也；柳下惠，聖之和者也；孔子，聖之時者也。’”意思是說，在各位聖人之中，孔子是最適合時代的。“聖時門”始建於明永樂十三年（1415年），當時為三間的規模，弘治年間擴為五間，中間設有三個拱門，門的頂端是碧瓦，四周是深紅的牆皮，拱門內是杏黃的牆裏，顏色對比鮮明，卻透著厚重的曆史滄桑之感。由拱門內望，令人有深邃莫測之感。
過了“聖時門”，視野豁然開朗，但見偌大一個庭院，古柏森森，綠蔭匝地，芳草如茵。迎麵有三座石橋橫跨，橋下是流水潺潺，荷葉田田。微風過處，碧波粼粼，蕩漾起美麗的漣漪，飄送來清幽的荷香。因水“壅繞如璧”，所以名為“璧水”，橋因而得名，稱為“璧水橋”，四周環水雕刻有玲瓏的石欄。橋的南麵有東西二門，甬道相連，東匾題為“快睹門”，取唐代文人李渤“如景星鳳凰，爭先睹之”之語，即“先睹為快”之意；西匾題為“仰高門”，取自《論語》“仰之彌高，鑽之彌堅”之語，讚頌孔子的學問十分高深。
五、第三進和第四進庭院
“璧水橋”北麵為“弘道門”，此為孔廟第三進庭院的標誌，高近10米，長17米有餘，寬近9米。弘道門原修建於明朝洪武十年（1377年）。清初名為“天階門”，清雍正七年（1729年）據《論語·衛靈公》“人能弘道，非道弘人”的語意而欽定命名“弘門道”，以讚頌孔子闡發了堯舜禹湯和文武周公之道。弘道門內有元代碑刻兩塊，東麵的四棱碑為“曲阜縣曆代沿革誌”，記載了曲阜的變遷沿革，史料價值很高；西麵的碑為“處士王處先生墓表”，頗有書法價值，是1966年移入孔廟保管的。
進入孔廟的第四進庭院，即經過“大中門”。“大中門”原名為“中和門”，較“弘道門”長且狹窄，原為宋代修建，後經明朝弘治年間重修，現在的“大中門”係清代所建。門左右兩旁各有綠瓦拐角樓一座，係元至順二年（1331年）為使孔廟像皇宮一樣威嚴而建造的。角樓均為三間，平麵作曲尺形，立在正方形的高台之上，高台的內側有馬道可以上下。第四進院落疏闊有致，古樹遒勁蔥鬱，禽鳥翔集翩飛，顯得十分幽深。
六、第五進庭院
進入大中門，迎麵即為“同文門”。這就是孔廟第五進庭院的開始。清初此門曾命名為“參同門”，順治後改為此名。過了同文門，在庭院的北端有一座高閣拔地而起，頂簷下群龍護繞的一塊木匾上，寫有“奎文閣”三個大字，它就是以藏書豐富、建築獨特而馳名中外的孔廟藏書樓。
奎文閣始建於宋天禧二年（1018年），剛開始的名字就叫“藏書樓”。金章宗在明昌二年（1191年）重修時始改名為“奎文閣”，清乾隆皇帝時又重新題的匾額。“奎”本是星名，是二十八星宿之一，居白虎星座之首。白虎星座有星16顆，顆顆“屈曲相鉤，似文字之畫”，所以《孝經》稱“奎主文章”，後人進而就將“奎（魁）”視為“文官之首”的代名詞。由於後代封建帝王對孔子極力讚頌，遂將孔廟的藏書樓命名為“奎文閣”。
奎文閣高23.35米，闊30.1米，深17.62米，頂端為黃色琉璃瓦，三重飛簷，四層鬥栱。內部兩層，中夾暗層，呈層疊式構架。奎文閣結構合理，堅固異常，為古今中外的建築專家所交口稱道。奎文閣自明代弘治十七年（1504年）重修以來，經受了幾百年風風雨雨的侵襲和多次地震的搖撼。清朝康熙年間，曲阜地區發生了大地震，這次地震使得曲阜的房屋幾乎損毀殆盡，隻剩十分之一：“人間房屋傾者九，存者一。”但奎文閣仍然堅固無恙，巋然屹立，的確堪稱“奇跡”，不愧是我國著名的古代木結構建築之一。奎文閣西麵的碑亭中記載康熙年間地震的石碑就是奎文閣堅固的旁證。閣前廊下有二座石碑，東麵刻有“奎文閣賦”，係明代著名詩人李東陽撰文，名書法家喬宗書寫；西麵刻有“奎文閣重置書籍記”，記載著明代正德年間皇帝命令禮部重新整修奎文閣並欽賜書籍收藏的情況。