唐有鍾英勇善戰，於同年六月十六日，進攻了武定城，但鍾念祖因勢利導招慕了好些鄉兵，這些鄉兵不僅對整個武定州都熟悉，而且吃得苦耐得勞，辦法又多又機靈，見杜文秀一行直插獅子山，他們就隱蔽到獅子山對麵的五鳳山，跟人生地不熟的杜文秀一行玩捉迷藏。杜文秀久攻不克，被鍾念祖的鄉兵們弄得暈頭轉向，帶的糧草已將用盡，被鄉兵們折騰得快崩潰了。不得不撤回富民。杜文秀因攻不下武定城，隻好派兵自富民，羅茨插入高橋，消滅了駐紮在高橋稀少的清兵，然後回奔武定，在唐有鍾的協助下從鳳家城偷襲奪城。九月十九日，唐有忠部由三皇宮後挖地道，地道深十米，一邊直通鬆老山，一邊直通武定，清軍找不到洞口，進去一個被消滅一個，有去無回。唐有中一行，對州府的地形地貌了如指掌，隻是這清軍消滅不完，折騰來折騰去，滅了一個又招來一群，武定州可以向祿勸，富民乃至整個雲南增援，而義軍呢？物力和財力有限，在熬下去恐怕元氣大傷，於是，他們瞅準了清軍的彈藥庫，用他們的油炸他們的背脊骨。瞅準彈藥所在的位置，從地洞裏潛入炸藥庫，用炸藥轟塌城牆數十丈，終於占領了州城。1860年2－5月，李秀成在第二次擊破清軍江南大營後，乘勝攻下江蘇南部多個地方。同年9月，太平天國部署第二次西征，以陳玉成、李秀成軍為江北江南兩支主力，目的為進攻清軍後方以援救安慶。1861年上半年，北路的陳玉成因英國官員幹預而不敢進攻武漢；南路的李秀成進至湖北東南部，在附近地方招兵30萬人，李知道其他太平軍吃敗仗後，放棄進攻武漢三鎮，改向東進軍，攻下浙江大部份地區。
1861年9月，安慶失守。
1862年1月，李秀成率軍攻上海，清軍和洋人聯合抵抗，太平軍久攻仍未能占領上海。此戰引起控製上海的西方列強不滿，加上有教徒指稱太平天國根本為異端，其說詞詭異，不符合羅馬公教或新教教義，以及太平天國影響歐美各國在華利益，西方各國對太平天國運動轉向反對。5月，陳玉成在壽州被叛徒苗沛霖逮捕，押送清軍勝保。同年6月陳玉成被清軍處死。
1862年（同治元年）6月，洪秀全命令李秀成回援天京，李集結二十萬人兵力，10月起大戰湘軍四十多天，未能取勝。12月，李秀成奉命北渡長江。同年李鴻章攻江蘇南部，左宗棠攻浙江。
1863年12月4日，蘇州守將譚紹光被部下殺死，蘇州失守。1863年12月21日，天京外圍要塞盡失，並苦缺糧食，忠王李秀成建議“讓城別走”，洪秀全不準。
1864年6月1日，洪秀全在多日以野草充饑後病逝，幼天王洪天貴福繼位。7月19日天京失守，隨後清軍屠城，許多平民百姓被殺（相較之下太平天國攻下南京時並未屠城），其慘況無可描述。
湘軍攻破天京後太平軍放火燒城，湘軍在大肆搶劫後也到處縱火。
李秀成、洪仁玕護送幼天王突圍。李秀成讓好馬給幼主，混亂中與幼主失散，於同月22日在南京城外方山被俘，親書供狀數萬字後（《李秀成自述》），於8月7日被曾國藩處死。
10月9日，洪仁玕在江西石城（今江西石城縣木蘭鄉新河村古嶺組）兵敗被俘，11月23日在南昌被殺。
10月25日，幼天王洪天貴福在江西石城荒山山洞被搜俘，11月18日在南昌被淩遲處死。長江以南的太平軍餘部，譚體元部隊向廣東方向突圍，在1866年初於廣東梅縣被肅清。江北的太平軍賴文光部投入撚軍，於1865年殺清軍名將僧格林沁，繼續對抗清軍直至1868年。東撚軍於1868年1月5日在揚州東北瓦窯鋪覆滅，西撚軍於同年8月16日在山東茌平徒駭河被李鴻章淮軍消滅。最後一支留下太平天國年號的殘餘撚軍袁大魁部，於1869年在陝北保安被左宗棠消滅。