1865年5月26日、27日，曾國藩接連收到三道諭旨：
曾國藩老於戎事，籌畫動中機宜。著即克期出省，督率南路水陸援兵，偵控賊蹤（撚軍），相機剿辦。曾國藩以欽差大臣總督誓師，呼應較靈。其江南、北應調何軍，出省後應駐保處督師，均著該大臣斟酌妥辦。欽差大臣協辦大學士兩江總督一等毅勇候曾國藩，著即前赴山東一帶督兵剿賊，兩江總督著李鴻章暫行署理。
國瑞奏，官軍接仗失利，親王僧格林沁力戰陣亡……兩江總督已有旨令李鴻章署理，即著前赴金陵接印任事。曾國藩軍營調兵集餉事宜，該撫（指李鴻章）並當妥為籌畫，不得稍有遲誤。曾國藩於接奉此旨後，即著先就現有兵力，帶領出省北上。其餘各路得力兵勇將弁，不妨陸續檄調，未可久待征兵，致勞廑盼。總督印信，暫交藩司萬啟琛收存，無庸俟李鴻章到金陵交卸。該大臣公忠體國，久著勳勤，必能趕緊赴援，盡掃寇氛。
僧格林心，蒙古科爾沁旗人，貴族出身，他的姓叫：“博爾濟吉”。整個清代，清政府為了鞏固自己的統治，極力拉攏蒙古貴州，皇族經常與蒙古貴族聯煙。僧格林沁與皇族的關係起源於嘉慶帝時，當時嘉慶帝的女兒嫁蒙古貴族索特納木多布齋，這公主沒有生育兒子，到道光帝在位的時候，道光帝準許公主也就是他的妹妹從丈夫的族人中選一人為嗣。公主見僧格林沁相貌堂堂，是個有出息的樣子，便立僧格林沁為自己的嗣子。於是，僧格林沁就成了道光帝的外甥、鹹豐帝的表兄，也算是同治皇帝的表伯父。僧格林沁先是承襲了郡王，然後帶兵打仗。他勇猛剽悍，是滿蒙貴族中不可多得的好手之一，他的第一功是率軍消滅了太平天國的北伐軍，鹹豐帝非常高興，封他為親王。當慈禧太後和恭親王奕發動政變的時候，他手握軍權，是慈禧太後的得力的支持者之一，所以深得朝廷的信任。
如果說，清廷對曾國藩、李鴻章、左宗棠等統率的軍隊總是不大放心的話，那麼僧格林沁率領的軍隊則一直被視為朝廷的嫡係。保衛中原，護衛京師，清廷一直依靠僧格林沁，不料一聲霹靂，僧格林沁戰死了。
殺死僧格林沁的，是撚軍。 “撚”是淮北方言，大意是一群、一股、一夥，淮北人稱之為“撚子”或“撚”。有人說撚子產生在嘉慶年間，有人甚至說康熙年間就在撚子存在。最初他們隻是一撚一撚地分散販賣私鹽，有時也與彈壓他們的官府對抗，活動在安徽、江蘇、河南、山東、湖北幾省。幾乎與太平天國起義同時，撚黨也扯旗造反，號稱撚軍。太平天國定都天京並派兵北伐後，撚軍更為活躍。但撚軍和太平天國有很大的不同，他們分散作戰，打家劫舍，但互不統屬，也沒有明確的政治目的。到1855年，各路撚軍聚集在安徽亳州雉河集（今安徽渦陽），推舉張樂行為盟主，另一個主要首領叫龔得樹，但他們互不統屬的特點並沒有完全改變。他們曾接受太平天國的領導，並多次配合陳玉成的軍隊作戰，但仍保持行動自由，他們自己把這叫做“聽封不聽調。”
湘軍攻占安慶後，太平天國英王陳玉成在廬州（今合肥）派扶王陳得才、遵王賴文光等遠征西北，試圖另外打出一條路來，當太平天國天京被圍緊急時，陳得才和賴文光兼程回援，但因清軍堵截，走到鄂、皖之交時，天京就已被湘軍攻陷。這時張樂行已在曾格林沁的攻擊下敗亡，其他撚軍多加入太平軍。因為曾國藩取得了鎮壓太平天國的首功，清廷滿心想由這支嫡係部隊取得鎮壓撚軍的勝利，也壓一壓湘淮軍的氣焰。最初僧格林沁確實取得了一定的勝利，1864年11月初，僧格林沁與陳得才大戰於安徽霍山黑石渡，由於有許多撚軍部將投降清軍，陳得才大敗。經過這一戰，陳得才覺得太平天國的事業已經無望，遂仰藥自殺。
清廷和僧格林沁滿以為太平軍和撚軍受此重創，已是強弩之末，不難一鼓蕩平。不料太平軍和撚軍在一位奇人遵王賴文光的統率下，又重新振作。遠征西北時，賴文光是陳得才的副手，現在在強敵壓迫之下，太平軍和撚軍完全合到一處，賴文光成為他們的新領袖，以後這支軍隊也就完全稱為撚軍。賴文光將部隊作了大的整頓，原來太平軍擅長打千裏縱橫奔襲的運動戰，撚軍擅長作聚而散、散而聚的遊擊戰，賴文光發揮這兩種戰術的長處，又根據敵軍僧格林沁軍隊的情況，改步兵為騎兵。當清軍來擊時，撚軍迅速退卻，引清軍來追，往往拖得清軍精疲力竭，然後乘清軍不備，突以騎兵包抄消滅之，這種戰術屢屢奏效。僧格林沁勇猛剽悍，但卻疏於算計，脾氣又特別暴躁，於是中了撚軍之計。
1865年初，賴文光便用這種戰術對付僧格林沁。撚軍一會兒進兵山東，一會兒卻又退到江蘇。進時如急風暴雨，退時又飄忽難追。僧格林沁本有輕敵之心，以為撚軍不敢與他交戰，但他又求戰不得，情緒不免焦躁，又以為撚軍糧食已盡，遂率騎兵窮追不舍。僧格林沁常常幾十天不離鞍馬，率部下日夜狂追，手累得舉不動馬韁繩，就用布帶子把手掛在肩膀上，不顧一切地繼續猛追。到了5月初，撚軍已拖著僧格林沁在河南、山東、江蘇三省交界跑了幾千裏，拖得清軍人困馬乏，精疲力竭。而且僧格林沁的騎兵猛追撚軍，步兵被拉下很遠。步、騎分離，完全失去了步騎互相配合互相掩護的作用。賴文光看準了機會，聯合了山東地方的造反武裝，在山東菏澤西北的高樓寨設伏。5月18日，僧格林沁率騎兵衝進高樓寨，陷入了撚軍的重重包圍，一番慘烈的廝殺之後，僧格林沁慘敗。在突圍的時候，僧格林沁被撚軍殺死，除他的部將陳國瑞帶傷逃走外，僧格林沁的騎兵全部被消滅。
老練的曾國藩，冷眼旁觀戰局，早知道僧格林沁已陷入危險中，但是，曾格林沁向來看不起他，看不起湘軍，以曾國藩的地位和與僧格林沁的微妙關係，很難說上參謀或勸解的話。曾國藩的年譜上說：“公（曾國藩）亦草密疏，稱賢王不可久勞，宜假休息，養銳氣，會有故未上。”這“故”指的什麼，年譜裏隱晦未說，實際是指恭親王奕遭遣的事，我們後麵再說。曾國藩本就覺得不好進言，因為僧格林沁看不起他，會認為他的進言是輕視僧王，再有恭親王的事，就更不好說了，所以隻能眼睜睜看著僧格林沁掉進撚軍的陷井。
當僧格林沁追擊撚軍到山東時，清廷也覺察到僧格林沁親自率兵窮追的危險性，於1865年4月1日指示：“僧格林沁之兵，轉戰經年，疲勞過甚，正宜駐於平原曠野地方，蓄養銳氣。凡山徑崎嶇、藪澤低窪處所，斷不可再行冒險前進。且該大臣但須指揮調度，使各路將士合力進剿，賊股即可殄滅，亦豈可身臨前敵，致蹈危機！”但是驕傲的僧格林沁豈肯聽話，等到清廷確確實實發現不妙時，一切都已經晚了。
僧親王之死，不但是自太平天國造反以來清政府方麵戰死的地位最高的官員，也使清廷自以為可靠的軍隊崩潰了。
清廷不得不再用它不願用的湘淮軍。
二、不違王命，萬難迅速出征
如果說，當初打太平天國時，曾國藩可以咬牙幹到底，那麼，現在已不願意再率軍出征了。他已經54歲了，在那個年代，54歲已經算是個十足的老人了。他的精力已經大大衰減，早年的銳氣也隨著時間的流逝和閱曆的增加而逐漸消退。不僅如此，這一段時間裏，他的心情常常抑鬱，也使他的鬥誌消減。
曾國藩心情抑鬱的原因是恭親王奕遭受彈劾。 自從恭親王奕與慈禧太後合作發動政變以後，奕主持政務，權傾朝野。然而正象曾國藩等人觀察的那樣，奕人雖聰明，辦事也算幹練，但卻不知求人自輔，缺乏根基，在權勢隆盛的背後，早已埋藏著危機。慈禧太後當太平天國勢盛時，再加上自己還缺乏主政經驗，須倚重奕，便對奕加意籠絡。但此時太平天國已滅，兩人的就矛盾尖銳起來。1865年3月21日，有日講起居注官蔡壽祺上疏，彈劾曾國藩、李鴻章、曾國荃、官文、胡林翼、駱秉章、劉蓉等一大堆人，說他們敗壞紀綱，捏報戰功，其所謂戰功都是因人成事。又說這些人貪婪鄙陋，隻能授以小官，怎可委以重任。簡直將湘軍的戰功一筆抹殺。對於這樣一個亂放炮甚至可以說胡說八道的奏折，慈禧太後破例不予申斥，於是蔡壽祺膽子大了起來。他窺測太後之意，於3月30日直接上奏參劾奕。他給奕安了四大莫須有的罪狀，叫做“貪墨、驕盈、攬權、徇私”。又直接要求奕“退居藩邸，請別擇懿親議政”，即罷斥奕。慈禧太後看到蔡壽祺奏折，正中下懷，她立即撇開奕，拋開軍機處，直接召見大學士周祖培、大學士瑞常、吏部尚書失鳳標、戶部侍郎吳廷棟等八人。慈禧太後拿出她善於表演的手段，涕淚交流，說是奕跋扈，叫他們重治奕，甚至“逮問”。諸臣不敢應命，慈禧太後威脅說：“他日皇帝長成，汝等獨無咎乎？”就是說，將來皇帝長大，你們不怕吃罪嗎？周祖培表示：“此事（蔡壽祺安的罪名）須有實據，容臣等退後詳察以聞。並請大學士倭仁共治之。”4月1日，周祖培等會同倭仁詢問蔡壽祺，蔡壽祺對他所說的各項罪名都無法指實，隻有納賄一層說出薛煥、劉蓉，然而又說是得自傳聞，沒有實據。倭仁等見狀，隻好用模棱兩可的話奏上，說是“黜陟大權，操之自上，應如何將恭親王裁減事權以示保全懿親之處，恭候宸斷”。慈禧太後早已想好處分辦法，他拿出自己先已寫好的有不少錯別字的諭旨，命諸人潤色後，打破慣例，不通過軍機處，立即下詔。詔書上列舉蔡壽祺所說的莫須有的罪狀後，說： 恭親王著毋庸在軍機處議政，革去一切差使，不準幹預公事。
一夜之間，奕所有的職務和權力全被免掉。
在曾國藩的眼裏，恭親王雖然有些浮躁，但卻是不可多得的賢王、賢臣。曾國藩從不輕易和京師的權臣打交道，但卻多次與恭親王通信，這也說明他雖然不能算是奕的同黨，但至少對奕的印象不錯。早在1860年10月，曾國藩在給曾國荃的信中就說：“恭親王之賢，吾亦屢見之而熟聞之，然其舉止輕浮，聰明太露，多謀多改，”那正好是英法聯軍進北京，恭親王奉命留京議和，鹹豐帝命曾國藩派鮑超赴京勤王之時。北京政變以後，恭親王主政，曾國藩覺得在大政方針上並無明顯失誤。清廷已經度過了英法聯軍侵占北京、鹹豐皇帝病死造成的巨大危機，太平天國也已經基本剿滅，以後應該是勵精圖治，創造一個真正的中興的局麵了。不料卻出現了這意想不到的事情。