同治四年三月十七日，曾國藩接到朝廷來的諭旨，見首行無“議政王”銜，立即發覺情形不對，並且吃了一驚，幕僚們也非常驚訝。三月二十八日，也就是1865年4月23日，曾國藩見到京師三月初八發來的革去恭親王差使的諭旨，其中有“目無君上，諸多挾製，暗使離間，不可細問”等語言。在曾國藩看來，這都是些莫須有的罪名，他在日記中寫道：“讀之寒心，惴悚之至，竟日忡忡如不自克。”這天晚上，他輾轉床側，睡不安穩。過了幾天，曾國藩與彭玉麟見麵，兩人談論時事，感慨萬千，曾國藩在日記上寫的是“郗久之”，在這位忠實而又肝膽相照的親信麵前，曾國藩很可能抑製不住自己失望難過的情緒，而涕淚交流。讓曾國藩難過的不是恭親王一個人的進退，而是讓他隱隱感到朝廷政治昏暗，難望振興。更讓人著惱的是，昔日半為曾國藩師兄半為曾國藩老師、號稱理學大師的倭仁，在這關鍵時候竟絲毫不講原則，任憑慈禧太後縱操縱，甚至助紂為虐。雖然後來因為多數朝臣反對罷黜恭親王，特別是恭親王奕的幾個弟弟都是同治皇帝的叔叔力爭，慈禧太後不得不仍命奕負責軍機處和總理衙門，但議政王的頭銜沒有還給他，而經過這場風波，恭親王表示服從慈禧太後，並且明確了恭親王奕一定要在慈禧太後的控馭之下辦事，而不是與之準平等合作。
數日後，曾國藩雖然見到奕複職的上諭，心情並沒有好起來。他給他李鴻章的信中寫道：“恭邸近事雖有後命，殊覺未滿人意。初八詔旨，措辭過重，讀之戰粟。” 在這之前，清廷下詔詢問，如曾國荃身體已經複原，即進京鄙見，準備起用曾國荃。曾國藩開始還沒有拿定主意，待三月十七日見到諭旨上沒有“議政王”字樣後，立即叫曾國荃不要出山，他在家信中寫道：“十七日接奉三月初八日寄諭，首行軍機大臣之上少議政王三字，殊堪大詫。以前無不有此三字者，雖恭親王病假之時，亦尚有之。若非生死大變，則必斥逐，不與聞樞密大政矣。”曾國藩不僅不讓老九出山，而且叫他閉戶三年以後再說。
讓曾國藩煩惱的還不止恭親王被黜一件事，這就是鮑超部湘軍潰散的事。鮑超是湘軍中的一員勇將，深受曾國藩和胡林翼的重視，把他從一名弁兵提拔到統將，官至提督。但是鮑超對部下的紀律約束不嚴，他所部固然是湘軍中能打仗的一支，他也是紀律較壞的一支。進入同治年間，鮑超部下又有許多士兵結成哥老會。哥老會雖然沒有明確的宗旨，但是會黨成員之間講究互相聯絡扶助，哥老會的交誼勝過了軍令。越到後來，會黨的反抗情緒越強。再加上軍費緊張，經常爾餉，有時甚至士兵的口糧都發生問題，這也導致士兵極為不滿。當時新疆少數民族宗教首領起事甚急，占烏魯木齊，湘軍攻破金陵後，清廷命鮑超帶兵赴新疆彈壓。曾國藩覺得新疆情況複雜，恐怕鮑超應付不了，密奏讓鮑超先隨同陝甘總督楊嶽斌（楊載福，鮑超原為楊載福部下）等肅清甘肅後，再尋恰當機會赴新疆；同時建議一定要確有每月三十萬的軍餉，否則決不可輕發。曾國藩又告誡鮑超不要全帶湘軍出秦隴關外，因為楚勇家鄉離甘、新太遠，濕潤的地方生長的人難以適應幹燥的沙漠氣候，不服水土，建議他最多帶原部下六千人，其他兵員可在川北就近招募。後來鮑超讓部下宋國永先帶八千人赴川，其他鮑部士兵由婁雲慶統帶赴福建鎮壓太平天國餘部。不料宋國永一支走到湖北金口，士兵們就鬧餉嘩變，哥老會是其中的骨幹。當時鮑超告假在老家四川，宋國永彈壓不住。另一支婁雲慶部也在福建上杭因糧絕而嘩變，江西巡撫沈葆楨聞迅急發餉銀六萬兩送到軍中，才算把軍隊穩住。清廷聞鮑超部下嘩變，急命鮑超不必赴新疆，讓他召集潰散的勇丁，前赴福建鎮壓太平餘部。曾國藩又上奏為嘩變士兵說情，說是鮑超霆軍嘩變，實是長期乏餉所至，與一般叛逆不同，隻要解散就好，不必嚴厲處理。
就在這樣的情況下，曾國藩接到了讓他剿辦撚軍的諭旨。王命難違，他不得不出征，但是他卻麵臨非常多的困難。因此，曾國藩於1865年6月2日上奏強調：萬難迅速出征。 難以迅速出征的第一個原因是軍隊兵員不敷分配。曾國藩直接指揮的湘軍，自攻占金陵的將近一年時間裏已大部裁撤，駐金陵的還有十六營，陰曆三月時曾遭禦史參劾，當時決定疏浚奏淮河完工後立即遣散。湘勇不習慣北方的幹燥氣候，吃大米的南方人又不習慣北方的麵食和雜糧，現在聽說要到北方打仗，都不願前往。曾國藩采取願去則去，不願去則裁撤的原則，將這十六營裁去十二營，又重新招募兩營，駐金陵的湘軍算是共六營三千人隨曾國藩出征。另外原屬張運蘭部下的易開俊、劉鬆山表示願隨北征。這樣湘軍總共有九千人。曾國藩此次出征依靠的主要是淮軍，計有劉銘傳、周盛波、張樹聲、潘鼎新諸部共二萬二千人。其中潘鼎新軍已由海輪運赴天津，防止撚軍衝擊京師。但是淮軍實際上也吃不慣麵食的問題，這在北方人看來簡直是不可思議，而對於南人來說確實是不容易克服的困難。這些軍隊加起來，仍然感到兵力不足，曾國藩想在徐洲一帶招募勇丁，按照湘淮軍的方法訓練成軍，但這樣需要時間。
不能立即出征的第二個原因是需要購買戰馬，籌辦騎兵。撚軍用騎兵打遠距離運動戰，清軍若全靠步兵，就根本抓不到撚軍交戰，而隻能等撚軍來打。僧格林沁的蒙古騎兵已戰敗潰散，建立騎兵，須從頭開始，需要時間。
第三個原因是需要時間籌備黃河水師，防備撚軍渡河北上。但防守範圍涉及直隸（今河北省）、山東、河南三省，因為黃河水淺，長江所用吃水較深的戰船不能在黃河使用，需要另行製造，短時間內不可能完成。 戰略戰術也必須改變，不能再象僧格林沁那樣尾隨撚軍狂追，而且曾國藩文人帶兵，不能直接率軍作戰，他隻能坐鎮一地遙控指揮，這也決定了他不能采取僧格林沁的作戰方針。這我們後麵再介紹。但是戰略方針一變，就需要一定的籌備時間。 種種情況，曾國藩說，要展開戰略行動，大約要在半年以後。
總的說來，行動迂緩一方麵是客觀情勢的影響，另一方麵也和曾國藩用兵較為謹慎有關，不僅展開戰略行動需要時間，曾國藩還說，湘淮軍與僧格林沁的作戰戰術不同，行動遲緩，不善運動戰。打仗穩妥，這是湘淮軍的長處，也是短處。因此，曾國藩請清廷劃分戰區防區，他自己負責山東、河南、江蘇、安徽四省交界處十二府州，其餘則由各省巡撫負責。在奏折的附片中，他又請派大員督辦北路軍務，他情願以閑散人員在營效力。
也許清廷以為曾國藩又是擔心事權不一，不好辦事；也許是清廷急於撲滅這股威脅頗大的造反軍隊，在接到奏報之前，就下了一個與從前曾國藩節製四省軍事同樣的命令：“所有直隸、山東、河南三省旗、綠各營及地方文武員弁，均著歸曾國藩節製調遣，如該地方文武不遵調度者，即由該大臣指名嚴參。”另一方麵，又一再催促曾國藩趕快北上，甚至曾讓他乘海輪抵達前線。實際上，這次曾國藩決不是擔心權力小，因為後路有李鴻章坐鎮金陵，曾國藩不怕後勤供應不上，與從前沒有地盤導致常常有兵無餉不同。曾國藩顧慮的是撚軍不是一下子就可以消滅，時間一長，朝廷、言官都會不耐煩而多有責備，那時候任你有一百張嘴也說不清。於是曾國藩一再請求清廷收回節製三省的成命，以免將來師老無功，責備也多，但清廷堅決不允。
清廷最擔心的是撚軍向北衝向京師，於是李鴻章命淮軍潘鼎新率部五千人由輪船渡海赴天津，保衛畿輔，讓清廷放心，也使曾國藩可以從容展開戰略行動。僧格林沁殘部駐山東，新敗之後軍心不穩，曾國藩又命劉銘傳軍赴濟寧，以穩定山東的局勢。自己仍然做各項準備工作。 直到1865年6月21日，曾國藩才乘船北上。31日，抵達蘇北清江浦，開始了對撚軍的軍事行動。
三、以有定之兵，製無定之“寇”
雖然撚軍聲勢已遠遠比不上太平天國，但也決不是輕易可以消滅的，僧格林沁的敗亡便是例證。所以圍剿撚軍，首先要有個總的戰略，僧格林沁就是沒有可行的戰略，而隻是緊跟撚軍尋求決戰，所以吃虧的。
曾國藩的戰略，用他自己的話來說，就是以有定之兵，製無定之“寇”。
撚軍依賴騎兵，行動迅速，每日常奔馳三百裏以上。湘淮軍不能緊跟在後麵追擊，如果緊跟追擊，也恐怕走僧格林沁的老路。所以，曾國藩不用緊跟追擊的辦法。他製定了以堵截為主，以追擊為輔的戰略。同治四年閏五月二十一日，也就是1865年7月13日，曾國藩奏報，以四鎮為駐重兵的根據地，這四鎮是：安徽的臨淮關、江蘇的徐洲、山東的濟寧、河南的周家口。四處不但駐有重兵，還要多多儲備糧草、彈藥。力圖把撚軍圈在安徽、江蘇、山東交界一帶。四處互相配合，一處告急，三處往援，往來迅速，呼吸相通。軍隊分配，淮軍劉銘傳一軍、潘鼎新一軍都可以獨當一路；淮軍張樹聲和周盛波兩軍合起來來一路；湘軍劉鬆山和易開俊兩軍合起來當一路。恰好構成四路。另外命李鴻章之弟李昭慶訓練馬隊，訓練好以後與僧格林沁殘部馬隊合為一軍作為遊擊之師。後來劉銘傳部改作遊擊之師，而易開俊因為眼病開缺，所部交劉鬆山統帶。
依照朝廷和某些地方官的見解，曾國藩的方略太過迂緩，他們還是希望象僧格林沁那樣跟蹤追擊，尋求決戰；甚至河南反對撚軍的民眾紳士，習慣了僧格林沁那種表麵上極為勇猛的追敵方式，見曾國藩遠離戰場外調度，也表示不理解。但曾國藩堅持自己的見解，隻能以攔截為主。後來撚軍分為東西兩支，曾國藩的戰略也略為變通，著眼點還是堵截。他8月28日上奏說“ 臣雖至愚，豈不思步步進逼，急圖殄滅之方。惟臣細觀賊情，已成流寇行徑，若賊流而官兵與之俱流，則節節尾追，著著落後。假令此時追至汝、洛，待賊南趨光、黃。又折而追至光、黃，或賊東趨徐、兗，又折而追至徐、兗，雖終歲奔波，終無大損於賊。 臣之愚見，常欲堅持初議，於撚匪必經之途駐紮重兵，如劉銘傳駐周家口，賊若竄扶溝、鄢陵，即自周口（即周家口）迎頭痛擊之。張樹聲等駐徐洲，賊若回竄永城、蕭、碭，即自徐洲迎頭擊之。推之賊竄蒙、宿，則劉鬆山等自臨淮迎頭擊之。賊竄曹、單，賊潘鼎新自濟寧迎頭擊之。變尾追之局為攔頭之師，以有定之兵，製無定之寇，庶幾漸有歸宿。皇上如以臣議為可采，則於臣駐兵四處之外，請旨飭下湖北、河南巡撫，於豫之鞏、洛、宛、鄧，楚之隨、棗、黃、麻，各駐勁兵一到，與諸將堅約，重在攔頭迎剿，不重在賊退尾追，似亦製勝之策。