曾國藩的戰略，綜合了敵我各個方麵的情況，是適宜的，未敗敵而已先立於不敗之地。隻是這一戰略看起來是相對迂緩，一旦偶爾失利，各方的責難就會增多。
古語說，兵馬未動，糧草先行，曾國藩在清江浦設轉運局負責供應四路軍需，這裏通過灘河、潁河可以到達臨淮關、周家口，通過運河可以到達徐州和山東濟寧。水陸轉運，比較便捷。
軍事上的布置如此，但是曾國藩不光著眼軍事籌劃，他還要雙管齊下，在政治上也孤立撚軍。曾國藩分析，撚軍似流寇，又不全象流寇。安徽鳳陽、安徽潁州（今阜陽）、江蘇徐洲、河南歸德（今商丘）、河南陳州（今淮陽）一帶，是撚軍經常活動的地區；而安徽的蒙城、亳州是撚軍的老家，撚軍頗為眷戀這個老家。而上述地區的民圩仇視官兵，對撚軍反到多有同情。現在既要在四處設重兵遏阻撚軍，又要查辦民圩以消除撚軍的根基。重點是亳洲、蒙城、宿洲、永城四地。撚軍首領藏身民圩的，查訪確實，勒令該圩交出，如不肯交，即將該圩剿洗；交出的，隻斬撚軍首領，其他人一概不問。圩首並非撚黨，但圩首之下有撚軍同黨的，令圩首捆送一二人斬之，其餘不問。曾國藩還寫信告訴劉銘傳，說是“殺一撚即除一害，清一圩即少一患”、“臨陣擒斬百人，不如清圩時斬數人之得當也”。為了清圩，曾國藩還命各軍及地方官大力動員地方紳士。對於與撚軍沒有聯絡的民圩，則命其堅壁清野，對抗撚軍。有的地方還實行了保甲連坐之法，即五家具保結圩長，有事五家連坐；圩長具保結給洲縣官，有事則圩長連坐。曾國藩還特地上奏，請表彰從前力抗太平軍七年、最後於1862年冬被太平軍摧毀並被殺八九萬人的安徽寧國府宣城縣金寶圩，以便鼓勵民圩抵抗撚軍。查圩的辦法是成功的，在此以前，每隔一段時間，撚軍都要跑回老家轉一轉，或略作休息。自從曾國藩查圩之後，撚軍就再也沒能回來。
曾國藩所指揮軍隊的後勤保障，全靠接替他暑理兩江總督的李鴻章。為了聯絡方便，曾國藩奏請由李鴻章另一個弟弟李鶴章總理營務處。這樣，李鴻章兄弟六人，幾乎都與曾國藩發生了密切的關係。
四、收服悍將，約法三章
曾國藩剛剛出師，劈頭就碰到一件棘手的事，這就是從前幫辦僧格林沁軍務的陳國瑞與劉銘傳部發生爭鬥。
前麵說過，曾國藩擔心僧格林沁殘部不穩，命劉銘傳率部開赴山東。劉銘傳遵命攻占濟寧長溝，不料代領僧格林沁餘部的陳國瑞見劉銘傳部洋槍精利，竟想出手搶奪。一日陳國瑞親率五百軍士突入長溝，見淮軍勇丁即殺人奪槍，連殺數十人。
自從太平天國造反以來，清軍將帥之間不合的事已屢見不鮮，但象這樣公然火並並搶劫對方武器的事還是頭一回。陳國瑞是個什麼人呢？他十多歲的時候曾加入太平軍，後來投降了清朝，得到清總兵黃開榜的喜愛，收為義子，隸屬於袁甲三部下，後來又歸漕運總督吳棠節製。陳國瑞勇猛剽悍，打仗也算有心計，因此屢立戰功。等到僧格林沁督兵與撚軍作戰，陳國瑞又成為僧格林沁的得力部將，在圍剿首鼠兩端的苗沛霖以及鎮壓山東的造反民眾中，都以陳國瑞為首功。但是陳國瑞性情殘暴，又居功自傲，再加上僧格林沁的袒護，從無人敢對他說個不字。僧格林沁戰死，別的部下都因救援不力受到處分，隻有陳國瑞一人因屢立戰功免予處罰。這樣陳國瑞就更加驕橫跋扈，目中無人，於是便有殺淮軍勇丁搶槍這一幕。 但是劉銘傳又豈是好惹的主？
劉銘傳是李鴻章的合肥小同鄉。太平天國定都天京後，合肥一帶群雄蜂起，紛紛建堡築寨，有的隻是自衛，有的聽從清政府命令與太平軍作戰，有的卻割據為雄。為首領的多為地方豪紳，為了維持他們的地位和淮軍事組織，需要不斷地向農民攤派，征錢征糧。劉銘傳的父親是一們農民，有一天，劉父沒有按期繳納糧米，被豪紳百般侮辱。劉銘傳的哥哥們是老實人，敢怒而不敢言。劉銘傳當時隻有十八歲（十七周歲），隻不過是個大孩子，在私塾念書。當他從私塾回家，聽說父親受辱的事後，怒火萬丈，他一麵責備幾位兄長，一麵立即追趕那位豪紳。豪紳騎在馬上，居高臨下地打量著這位大孩子，狂笑道：你想決鬥嗎？我把刀給你，如果敢殺我，便是男子漢！不料劉銘傳手起刀落，將豪紳的頭砍了下來。接著提著豪紳的頭，騎上豪紳的馬，向周圍的人大呼道：豪紳勒索鄉裏，我已斬了他，願保衛鄉裏的跟我走。於是取代了豪紳，組織起地方武裝，與太平軍作戰。在加入淮軍之前，他與太平軍死纏爛打，已經身經百戰。入淮軍後，很快成為李鴻章的得力戰將。曾國藩指揮與撚軍作戰的幾支淮軍，以劉銘傳部最強，曾國藩還認為劉銘傳將才相當於多隆阿和楊載福。多隆阿死前任西安將軍，而楊載福當時已是陝甘總督，可見評價之高。
從以上經曆，足見劉銘傳的強悍敢鬥，決不亞於陳國瑞，再加上李鴻章向來喜歡袒護自己的部將。所以，陳國瑞打劉銘傳，簡直就是摸老虎屁股。如果僧格林沁在，劉銘傳倒還會對陳忍讓三分，現在僧格林沁已死，替陳國瑞撐腰的人已經不在，劉銘傳豈能容忍。聽以陳國瑞搶槍殺人，劉銘傳二說不說，立即親自督兵與陳國瑞算帳。陳國瑞的五百士兵都手執長矛，在狹窄的街巷中調頭困難，雖有搶的槍，卻還不會使。劉銘傳的軍隊都使用火器，一槍打倒一個。隻一會兒的時間，陳國瑞的五百人全都嗚呼哀哉。陳國瑞逃上房頂，劉銘傳叫人把他抓下來，放到空房裏，先餓他三天再說。三天以後，陳國瑞告饒，他說：“此五百人皆數年來糾合四方之精銳，一旦為君所殲，吾軍從此衰矣。”劉銘傳這才放他。
事情過後，兩人都控拆到曾國藩處，曾國藩素來不喜歡陳國瑞其人，但見他還算一員勇將，希望好生勸說他改掉那些驕暴不通人性的毛病，在他的稟文後批了兩千餘字。批文曆數陳國瑞種種不法悖廖的事情，與之約定三事：不擾民、不私鬥、不梗令（服從長官命令）。對不擾民，曾國藩說：“昔楊素百戰百勝，官至宰相。朱溫百戰百勝，位至天子。然二人皆殘殺軍士，殘害百姓，千古罵之，如豬如犬。關帝（關羽）、嶽王（嶽飛）、爭城奪地之功甚少，然二人皆忠主愛民，千古敬之，如天如神。願該鎮以此為法，以彼為戒。”對不私鬥，曾國藩說：“至於私相鬥爭，乃匹夫之小忿，豈有大將而屑為之……昔韓信受胯下之辱，厥後功成身貴，召辱已者而官之，是豪傑之舉動也；郭汾陽（郭子儀）之祖墳被人發掘，引咎自責而不追究，是名臣之度量也。該鎮受軟禁之辱，遠不如胯下及掘墳之甚。宜效韓公郭公之所為，坦然處之。”曾國藩對陳國瑞的勸解，就象是勸解自己的家人子弟，可以說是苦心婆心，他希望陳國瑞能改掉那些壞毛病，把自己鍛煉成為一名好的將領和國家的棟梁。因為陳國瑞文化程度不高，所以用語都盡量通俗些。曾國藩對陳國瑞能夠如此，可見他對其他的將領是如何訓練和指導的了。我們之所以引了這麼多曾國藩的原話，是希望讀者能夠體會曾國藩訓誡將領的風格。曾國藩還上奏，將陳國瑞調到河南，歸河南巡撫吳昌壽調遣，免得與劉銘傳同在安徽，再次發生衝突。然而陳國瑞不能領會曾國藩的苦心，不久曾國藩接到陳國瑞的回函，對曾國藩指出他的過錯，不肯承認；對於曾國藩的約法三章，也采取回避態度，不願認真執行。隻承認吸食鴉片一事。曾國藩認為，陳國瑞“沾染軍營油滑習氣，並無誠心向善”之心，掩卷歎道：“是真不可教也！”在陳國瑞看來，以為朝廷信任，曾國藩不能把他怎麼樣。這多少顯得可笑。曾國藩當以在籍侍郎辦湘軍的時候，就敢於奏參刁難他的江西巡撫陳啟邁，現在他是欽差大臣、兩江總督、協辦大學士，豈會怕陳國瑞一個小小的總兵。曾國藩立即上奏，參奏陳國瑞當僧格林沁被圍時，不顧主將，撤去幫辦軍務頭銜，革去黃馬褂，暫留處州鎮總兵實缺，責令戴罪立功，以觀後效。這一下，陳國瑞知道了曾國藩的厲害，老老實實到徐州拜見曾國藩，表示以後一定服從命令。
曾國藩終於製服了這個悍將。
五、師老無功，防河失敗
撚軍殺僧格林沁後，並沒有乘勝展開大規模軍事行動，而是向南回到老家淮北整修。曾國藩離金陵北上的時候，撚軍正將安徽布政使英翰圍在雉河集，英翰率二十餘騎突圍出外求救，命部下史念祖率兵堅守待援。曾國藩遂命淮軍周盛波部、劉銘傳部分頭增援雉河集。清軍援軍聚集，撚軍缺糧，賴文光等遂采取運動戰的老辦法，分兩路向西進入河南。曾國藩隨後進駐徐州。
不久撚軍又衝入湖北。恰好舊曆十二月初二日駐湖北的湘軍成大吉部嘩變，成大吉不僅彈壓不住，連他本人都受了傷，撚軍乘機與嘩變的湘軍結合，聲勢大振，占湖北的黃岡、黃安、黃陂、孝感等地，蔓延數百裏，並在黃陂殺斃清軍總兵梁洪勝。省城武昌震動，官文飛書求援。曾國藩這邊急調劉銘傳援黃州，而清廷再次命曾國荃出山並任湖北巡撫，以便加強湖北的防衛，盡快消滅撚軍。曾國荃這回不再猶豫，正式出山，他召集舊部，募湘勇六千人赴任。
但待清軍援軍雲集，撚軍又用運動戰的老戰術，迅速退湖北，長驅入山東。等清軍援兵來到，撚軍又轉向河南。在這期間，曾國藩的老部下鮑超和另一支淮軍劉秉璋部也投入剿撚戰鬥，曾國藩指揮的總兵力已超過八萬，這與打太平天國時總是以少勝多真是大不相同。問題是撚軍的流動速度太快，又分成多股，曾國藩把遊擊之師從劉銘傳和李昭慶兩支增加到六支，但因撚軍行動迅速，曾國藩始終找不到決戰的機會。他的軍隊也曾多次打敗過撚軍，但撚軍一敗就走，一日夜行百裏以上，清軍想要聚殲撚軍時，撚軍早已走得遠了。