到了1866年6、7月間，曾國藩再一次調整戰略。這時撚軍各股聚集到河南省沙河、賈魯河以西以南，曾國藩根據劉銘傳的建議，製定了防守沙河、賈魯河的計劃。這一計劃的要點是將撚軍陰遏在沙河、賈魯河以南以西，然後將其逼向河南、湖北交界山多田少的山區，再聚集湘淮軍將其消滅。這叫防河之策。但是沙河自西向東長千餘裏，賈魯河又泥沙淤積，湘淮軍人數不足，隻好補充以河南的豫軍。因為湘淮軍不及撚軍行動迅速，所以這是個沒有辦法的辦法。曾國藩希望此舉奏效，但也沒有完全指望成功，他事先奏報清廷，說賈魯河上遊朱仙鎮以北到省城開封四十裏，開封再往北到黃河岸三十裏，全部豫軍隻守這七十裏的地段，雖然地段很短，但這七十裏全是沙地，挖濠築牆都很難。將來如果得勝，守這七十裏的豫軍一同論功行賞；如果整個防河計劃不成，他願獨自承擔責任，而請朝廷不怪罪河南巡撫李鶴年。防河之策部署一個月後，湘軍劉鬆山、張詩日部在河南周家口西北的西華、上蔡一帶擊敗撚軍張宗禹（清方稱張總愚）部，殺撚軍五千餘人。撚軍賴文光、任柱試圖向東突圍，被淮軍潘鼎新部擊退。南部戰線，鮑超自湖北棗陽向淅川、內鄉，防西路；郭鬆林防湖北北部東路。另有彭毓橘、劉維楨各部支援。一時間，似乎已把撚軍包圍。
但是，各路撚軍再一次會合後，很快發現賈魯河上遊河南豫軍防守的開封南北一段，是清軍的薄弱環節。中秋節過後，八月十六日之夜（1866年9月24日），撚軍毀掉豫軍濠牆，衝過賈魯河，豫軍三營沒能堵住，等到駐朱仙鎮的劉銘傳發現時，撚軍已衝過賈魯河，直奔山東。雖然淮軍在追擊中殺傷不少撚軍，但防河之策還是失敗了。
這時撚軍賴文光、張宗禹、任柱、牛洛紅各股合一，直奔山東，試圖衝過運河。自受命攻打撚軍以來，曾國藩一直身體欠佳，心緒不好，撚軍衝破賈魯河防線，雖然並非完全意外，但此後曾國藩身體更差。曾國藩想請朝廷派左宗棠和李鴻章其中一人接辦剿撚，並寫信告訴了曾國荃。隨後細想，若左宗棠來，則淮軍、自己統率的湘軍、曾國荃部下以及鮑超，都不大容易與之合作，還是李鴻章比較妥當。於是一麵布置防堵，一麵於1866年10月1日奏請命李鴻章駐徐州，負責東路及山東防務。
撚軍雖然衝破了沙河、賈魯河防線，但在向東進軍的時候，卻沒能衝破曾國藩布置的運河防線。撚軍不得已又轉回河南省。撚軍經常是分兵作戰，10月中旬，撚軍在河南中牟一帶又分成兩支，一支由張宗禹、邱遠才統率，向西進入陝西，被人們稱作“西撚軍”；另一支由賴文光、任柱統率，仍活動在河南、山東等地，被稱為“東撚軍”。這以後東西兩支撚軍再也沒有會合。
六、疑謗叢集，求退圖保全
1866年12月12日（十一月初六日），曾國藩接到上諭：
曾國藩著回兩江總督本任，暫緩來京陛見。江蘇巡撫一等肅毅伯李鴻章，著援為欽差大臣，專辦剿匪事宜。欽此。
這道上諭，是指示由李鴻章代曾國藩剿撚，曾國藩回任兩江總督。
1949年以後，中國大陸有些人認為，曾國藩被免去欽差，是因為李鴻章的排擠，這恐怕過分誇張了曾、李的矛盾，其證據，有的是猜測之辭，有的是不可靠的私人筆記。其邏輯無非是這樣的：曾國藩和李鴻章是鎮壓太平天國和撚軍主將，鎮壓農民造反的人都壞透了的，這種極為反動的人之間的關係隻能是或為狼狽為奸，或是狗咬狗，沒有別的可能。
實際上，曾國藩的回兩江，主要是北京朝廷的排擠。
曾國藩受排擠的緣由，卻也頗為複雜。北京官場，一直有人不信任曾國藩，更有一般言官禦史時常挑剔。禦史一職，設立的原理是執掌臨察彈劾，獨立於各大臣之外，可以風聞奏事，聽否由皇帝自擇。中國曆史上，自設禦史一職以來，確有不少正直剛毅之士，為朝政的清良以及保持良好的社會風氣作了不少事情，有的甚至罷官殺頭也在所不懼。但是清未的禦史，雖然也不乏正直之士，但總的來說隻是最高統治者控馭臣下的工具而已。禦史們窺測最高統治者的意願，最高統治者想要壓抑的人，他們明了以後，便尋找材料，羅織罪名上疏，這樣的上疏即使統治者不能馬上采納，也可以為統治者的意圖鳴鑼開道，起到打擊某些最高統治者希望壓抑的政敵的作用。
禦史的另一個作用是參預政權中的黨爭，他們雖然沒有實權，但可以造成不小的輿論，讓受他們攻擊的一方狼狽不堪。壞就壞在按規定禦史可以風聞奏事，所說的事不必屬實，這樣他們可以不負任何責任地對要打擊的人雞蛋裏挑骨頭。當太平天國強盛，朝野無人，隻有曾國藩及其湘軍可用時，這些所謂言官都不敢發一言，但是太平天國已經滅亡，辦不的人就要受他們的百般挑剔。在中國近代史上，更有不少保守派人士任禦史之職，所以後來恭親王奕NFEB5和李鴻章辦洋務，最為頭痛的就是這些所謂“言路”。曾國藩在致郭嵩燾的信中就形容所謂台諫說：“自宋以來……性理之說愈推俞密，苛責君子愈無容身之地，縱容小人愈得寬然無忌，如虎飛而鯨漏。談性理者熟視而莫敢誰何，獨於一二樸訥君子，攻擊殘毒而已。”李鴻章後來也曾對曾國藩的孫婿吳永深有感觸地說：“言官製度，最足壞事。故前明之亡，即亡於言官。此輩皆少年新進，毫不更事，亦不考究事實得失、國家利害，但隨便尋個題目，信口開河，暢發一篇議論，藉此以出露頭角，而國家大事，已為之陰撓不少。”
當曾國藩開始剿撚後幾個月，就“中外紛紛謗議，責敝部不能與賊縱橫追逐”。這是曾國藩在給郭嵩燾的信中說的情況。到1866年，攻擊曾國藩的更多。僅在1866年（同治五年），抨擊曾國藩辦理不善的禦史，就有朱鎮、盧士傑、朱學篤、穆緝香阿、阿淩阿等人。如果朝廷願意維護曾國藩，完全可以將這些禦史的奏折作“留中”處理，即不討論、不外傳，但清廷卻將彈劾曾國藩的奏章直接寄給曾國藩看，這用意是十分明顯的：你如不能很快剿平撚軍，就盡早讓位。9月3日，曾國藩正在從山東濟寧到河南周口的路上，收到了禦史朱鎮的彈章。向來日記中少記大事、政事的曾國藩，在這天的日記中記下“閱之不無鬱惱”。恰好這十來天他的身體又鬧毛病，這時候，他已經產生了辭職隱退的念頭，他給曾國荃的信中說：“自問精力大減，斷不能久當大任，到周口後與弟謀一引退之法，但不以鹵莽出之耳。” 屋漏偏逢連夜雨。曾國藩這邊焦頭爛額的時候，老九曾國荃又弄出了一件事，這就是彈劾湖廣總督官文。
有清一代，地方上一般設總督、巡撫來管理，特別的地方，如東北等地由滿族的將軍來管理，西藏由駐藏大臣管理。總督有轄一個省的，如直隸；有轄兩個省的，如湖廣總督轄湖北、湖南；也有轄三個省的，如兩江總督。而內地十八行省，大多都設有巡撫。這樣就造成了有些地方總督、巡撫同在一城。當曾國藩的時代，督撫同城的有：湖北巡撫與湖廣總督同駐武昌，廣東巡撫與兩廣總督同駐廣州，福建巡撫與閩浙總督同駐福州，雲南巡撫與雲貴總督同駐昆明。總督和巡撫的權限劃分並不清楚，總督的地位雖比巡撫高，但巡撫並不是總督的下屬，所以這些同城的督撫兩人常常鬧矛盾。就清廷的立場來說，是故意讓督撫不合，朝廷容易操縱，地方上難以形成對抗中央的力量。但是弊病也就跟著來了，當督撫兩人都是能人的時候，常常互相不服；當督撫兩人都是貪官的時候，則會互相勾結、互相向朝廷隱瞞；而當一人能做事，一人為庸人的時候，能人常受庸人的掣肘。所以後來號稱曾國藩“四大弟子”之一的薛福成，曾主張裁去督撫同城的巡撫，但這事直到清未最後十年（1901年—1911年）的新政時期方得實現。
自太平天國起義以來，湖廣總督一職大部分時間是由官文擔任。官文是庸才一個，但他也有一個“長處”，便是深曉作官之道，北京朝廷中的許多人被他用銀子喂飽了，再加上他是滿人，深得朝廷信任。曾國藩在家書中說官文“心術亦爾光明，惟最善聯絡京官，牢籠鄉紳，鄂人官京師者津津樂道”。胡林翼任湖北巡撫時，用盡辦法籠絡官文，得以放手幹事，但是凡胡林翼辦好的事，官文的功勞反倒在前麵，而且還常常受官文掣肘，李續賓三河之敗，官文就有一定的責任，所以胡林翼內心也常常嘔氣。這種事情，別人不知道，但曾國藩很清楚，所以胡林翼死後他撇開官文上奏為胡林翼請功。他後來也在給郭嵩燾的信中說：“世多言官帥休休，有容不佞，觀其用人行政，自度萬難與之共事，然後知胡公所處極難耳。” 胡林翼病逝以後，湖北官場開始混亂起來。官文先是彈劾了與湘係關係較好的湖北巡撫嚴樹森，然後湖北的事就由他一手攬了起來。當由官文指揮的湘軍成大吉部嘩變時，官文隱瞞朝廷，隻說士兵拔營索餉，恰好被撚軍乘機進攻，導致敗退。曾國藩在家信中感慨地說：“湖北軍政多出於閽人、仆隸及委員之嗜利者，奏牘則一味欺蒙，深為可歎。”這與胡林翼任湖北巡撫時的情形真是不可同日而語。曾國藩進一步感歎：“以各省用事之人言之，軍事將見日壞，斷無日有轉機之理。”盡管如此，胡林翼死後，曾國藩還是盡量聯絡官文，當曾國荃攻占太平天國天京時，本沒有官文什麼功勞，但曾國藩推官文領銜上奏；此後長江水師章程，本為曾國藩和彭玉麟起草製定的，但也請官文一同會奏。新任湖北巡撫的曾國荃能力比不上胡林翼，但也不是庸才，而以他倔強蠻狠的性格，決不肯象胡林翼一樣甘於受氣，甘於忍辱負重。曾國荃是1866年4月21日正式上任的，沒幾個月就覺得官文實在讓人難以忍受，這時舊怨新恨一齊湧上心頭，遂於舊曆八月二十六（10月4日）上奏彈劾官文。曾國藩得知曾國荃要彈劾官文，立即寫信叫他不要上奏，他說：“此等事幸而獲勝，而眾人耽耽環伺，必欲尋隙一泄其忿。彼不能報複，而眾人若皆思代彼報複者。”報複是一層，其實還有一層曾國藩不好形諸筆墨，那說是自湘軍起兵與太平天國作戰，大江南北各省布滿湘軍，湘係集團成員出任各省督撫的也已不下十人，曾國藩雖已作出決無不忠清廷的表示，但湘軍武力如此之雄，影響如此之大，清廷終究不太放心，官文坐鎮武昌，便有監視湘淮軍之意，所以清廷輕易不會更動。曾國荃彈劾官文，勢必引起清廷的不滿，即便是對曾國荃讓步，日後必有報複，但一向倔強的老九聽不進勸告，還是將彈折奏上。曾國荃彈劾官文的名目有貪庸驕蹇、欺罔徇私、寵任家丁、貽誤軍政，沒有一件虛妄。到12月，清廷將官文免職，但不久就管理刑部，稍後又任直隸總督，這充分顯示，清廷雖然對曾國荃讓步，但對官文的信任並沒有改變。