一方麵是為了與元軍作戰，當時鐮倉幕府用後宇多天皇名義征召全日本武士20餘萬人，日本主要由武士組成的“禦家人”隊伍急劇擴大，勢力迅速壯大，日後朝廷官府漸漸對武士勢力難以駕馭；而與此同時，由於戰爭消耗了大量錢財，使當時當政的鐮倉幕府背上了沉重的財政包袱，無力給予“禦家人”土地和金錢上的賞賜，由此，幕府與武士之間的關係日漸鬆懈，武士脫離、反抗幕府統治的傾向和實力逐漸形成，這兩者都為日後日朝廷對主要由失主落難武士演變成的倭寇失控和對倭寇侵擾劫掠活動難以製約埋下了禍根隱患。
另一方麵是對日本民族的心理、島國和島國人的心態產生了巨大的影響。元世祖忽必烈兩次征日戰爭失敗後，日本人連日本勇武善戰的武士們也不敢相信當時如颶風般橫掃亞歐大陸數萬裏、征服無數部落、民族、國家的戰無不勝的蒙古聯軍，居然會敗在自己這樣一個小島國手下。由於戰勝了力量強大的蒙古軍隊，尤其是那兩場使元軍遭致覆滅的暴風的突然發生，大大加強了日本人的“神國”意識，使他們自以為自己是一個有神保佑的國家和民族，激發出了日本空前的民族自豪感和自信心，認為遲早會產生一個日本民族勃興的偉大時代，同時也使日本人尤其是日本的武士們產生了一種渺視中國，認為中國不堪一擊的狂妄自大的錯覺，從而滋生了侵占、掠奪、並吞中國大陸的野心，滋長了後來倭寇的產生和形成，助長了元明時期中國沿海倭患的頻發，乃至後來萬曆年間日本對朝鮮發動侵略，並準備從朝鮮入侵中國。史籍記載，元軍征日失敗以後，日本鐮倉幕府第五代執權北條時賴之子、自1268年起任鐮倉幕府第八代執權16年的北條時宗，曾先後兩次發布異國征伐令，企圖入侵臣服元朝的朝鮮。這個征伐令後來雖未執行，但被動員的武士中的一部分開始經常騷擾朝鮮南部沿海，此時倭寇已逐漸形成。
二是元朝中後期日本社會動蕩進入分裂割據的南北朝肘期，倭寇在動亂混戰中應運而生。元世祖忽必烈兩次征日戰爭失敗日本取得勝利後，在日元戰爭中發揮了重要作用的日本武士階層脫穎而出，成為國家民族的基幹力量。武士作為地主、領主、大名（大地主）的私人武裝力量，雖然既不從事經濟生產，也沒有行政管理經驗和能力，終日佩刀遊蕩，但社會地位很高。為了維護自己的社會地位，他們需要社會的動蕩衝突，唯有社會動蕩衝突，武士才有自己存在的價值，於是，他們竭力將社會投入動蕩。日元戰爭後，本來已處於內部爭權鬥爭中的日本統治階層，內部鬥爭更加激烈，武士們各為其主紛紛參與到了爭鬥中。經過多年的激烈爭鬥，到元朝後期時，日本內部分裂為以天皇醍醐和大封建領主足利尊氏為首的南北朝，日本同時出現了南、北兩個天皇，並有各自的承傳，相互攻伐不已。特別是日本南朝的“征西府”及各地分裂割據的地方大名勢力，誰都不服誰，你殺我伐，激烈混戰。在戰亂中失敗的大批武士、潰兵敗將淪落為無主無業的浪人，他們和大批失地失業的流民一起，為了謀求生路紛紛亡命海島，與海盜、不法奸商相結合，組成大大小小的“倭寇”集團，潮湧至中國沿海，進行走私和瘋狂掠奪，從而造成了元朝中後期倭患的發生。
三是元朝後期國內矛盾日益尖銳，社會動亂，國力羸弱，元統治者忙於應付國內各種社會問題，無力製止倭患倭亂的發生，倭寇便乘虛而入。由於元朝統治者實行不平等的民族政策和嚴厲的鎮壓手段，到元朝中後期時，國內矛盾不斷激化，元統治者的統治力量大為削弱，天下大亂，各地農民起義風起雲湧，聲勢浩大。同時中國北方連年戰亂，外加接連發生自然災害，元王朝疲於應付，海防自然也就顧不上了。如，元王朝原在澎湖列島設有巡檢司，經常能截擊倭寇海盜船隊，倭寇起先也就很少來。但到元後期時，由於天下大亂，原本駐在“澎湖巡檢司”的元朝軍隊，被陸續調往內地平叛，所謂“巡檢司”早就名存實亡，已沒有防衛能力。而此時，由於中原內地戰亂不休，不少沿海居民紛紛遷至台灣避亂，當地經濟漸漸繁榮。日本倭寇得知這一情況便趁虛而入來侵擾劫掠台灣，每次打劫收獲也就越發多多。由於收獲頗豐，其他倭寇也就眼紅，紛紛前來中國沿海劫掠，而元政府由於忙於應付國內的社會動亂，鎮壓各地起義，根本無力顧及倭寇的侵擾，於是元末中國沿海的倭寇侵擾就日趨增多，越演越烈。