除侵擾劫掠舟山定海外，史籍上還有多處元代時倭寇侵擾浙東沿海的記載，諸如，《元史?兵製二》記載，元武宗至大元年（1308年），日本“商人”打著通商貿易的旗號來到浙東慶元（今寧波），反抗元朝官吏的商貨檢查，發動暴亂，並大肆焚掠慶元。這一事件是日本商盜撕去“貿易”偽裝，暴露其倭寇搶劫掠奪本來麵目的最早事例。十年後，元仁宗延祐三年（1316年）日商在浙東再次因為交易糾紛爆發搶掠行動，規模之大迫使元政府派出軍隊前去鎮壓。這表明這時侵擾劫掠中國沿海的倭寇已初步具有了亦商亦盜的性質並已形成規模了。
浙江《寧海縣誌》、《元史》對倭寇在元後期侵擾劫掠中國沿海也有明確的記載，如：元惠宗元至正初（1341～1345年）倭寇入侵浙江寧波寧海縣，水車村陳性中與子師道率民眾抗擊倭寇，盡殲入侵倭寇。至正十三年（1353年），數千倭寇竄犯澎湖列島，大肆搗毀破壞元朝“巡檢司”在當地設置的要塞工事，劫掠大批錢糧後揚長而去。這是我國曆史上關於倭寇第一次侵擾台灣的記錄，此後倭寇對台灣的侵擾便日漸頻繁。
二、元代中後期中國沿海倭寇禍患發生的原委
史實清楚地表明，倭寇禍患在元代中後期已開其端。那末，為何元代中後期中國沿海的倭寇禍患會開其端呢？縱觀而言大約主要有三方麵原因：
一是元世祖忽必烈兩次征日失敗，誘發了倭寇的產生、滋長和助長了倭寇侵犯中國的野心。元世祖忽必烈於1260年在中原即位稱帝。同年，高麗元宗被廹向其稱臣，成為其東藩。1264年忽必烈定都大都（今北京）。1266年，他要求高麗派使者奔赴日本，希望與日本“通好”，要求日本像高麗那樣臣服。當時趙彝代表高麗及元朝到達日本，但空手而回。1268年(元至元五年)忽必烈再次命高麗使者攜國書赴日，書中要求日本效法高麗來朝“通好”，否則將至“用兵”。日本朝廷以“書辭無理”，拒絕接受。幕府執權北條時宗令大宰府備戰，加強九州沿海要地的警備，還組織了大規模的祈禱活動，以此來應對這場危機。其後，元世祖忽必烈又於至元八年（1271年）九月和至元九年（1272年）三月，先後兩次派遣朝臣趙良弼持國書赴日本出使，均遭日本朝廷拒見，無功而回。元世祖忽必烈對此十分惱怒，決定發動征日戰爭。
1274年（日文永十一年，元至元十一年）十月三日，忽必烈任命征東元帥忻都、右左副帥洪茶丘和劉複亨統率蒙漢軍2萬人、高麗軍5000人、水手6700人，計3．23萬人從高麗合浦出發征伐日本。十月五日至十四日相繼襲擊對馬、壹岐。十六日逼近肥前沿海諸島，使幾百名日本武士喪生。十九日元軍兵船駛進博多灣，翌日登陸。日軍守護少貳經資指揮日軍英勇戰鬥，但在元軍步兵集團戰法和火藥武器震天雷的威力下，日軍處於不利地位。激戰至暮，日軍撤至大宰府水城。因劉複亨受箭傷，元軍撤至船上。然而當夜突然出人意外刮起了暴風，刮翻元軍200多艘兵船，大批兵卒傷亡，元帥忻都隻得連夜駕乘剩餘船隻撤退回國。第一次征日戰爭就此結束，史稱“文永之役”。
但元政府不甘心失敗，在1279年(元至元十六年)滅亡南宋後進行了更大規模的戰爭準備。1281年(日弘安四年、元至元十八年)元世祖忽必烈發動了第二次征日戰爭。元軍兵分兩路。東路軍4萬人由忻都、洪茶丘統率；江南軍10萬人由範文虎指揮，兵船共4400艘。五月初東路軍仍自合浦起錨，一路掃蕩對馬、壹岐守軍後，六月初兵船駛抵博多海麵，占領了誌賀島。草野次郎、河野通有等武士多次乘小船襲擊元兵船，雙方互有傷亡。七月初江南軍到達，與東路軍彙合於平戶附近。七月下旬兩軍主力到達鷹島。在即將發動全麵進攻的七月三十日夜裏，突然台風驟起，暴風雨大作，元軍兵船大部在風暴襲擊中沉沒，隻有範文虎、忻都及部分兵卒得以生還。第二次征日戰爭又告失敗，史稱“弘安之役”。
元世祖忽必烈兩次征日戰爭的失敗，對日本產生了兩個方麵深刻而巨大的影響。