事件發生後，黨中央、國務院十分關切，多次指示要盡最大努力設法尋找彭加木同誌。在黨中央、國務院的親切關懷、指示下，在總參、國防科委，蘭州、烏魯木齊部隊的大力支持和新疆維吾爾自治區黨委、政府、軍區的直接領導下，由我院新疆分院與當地駐軍協同配合，組織專門力量，從六月十八日到十二月二十日，以彭加木同誌遇難地點庫木庫都克為中心，在東西長二百公裏、南北寬二十公裏的範圍內，采取地空配合、點麵線結合以及大密度的耕地式仔細尋找等方式，先後組織了四次大規模的尋找。直接參加尋找的（不包括負責後勤物資供應的空中、地麵運輸的人員）有二百四十多人，四次在現場尋找的時間累計為六十六天。出動大小汽車六十六輛，出動飛機二十九架次。飛行約一百小時，尋找的麵積累計為四千多平方公裏。此外，蘭州軍區還曾專門派出部隊到甘肅後坑一帶尋找。在第三次尋找中，公安部還曾派上海、南京、山東省市有經驗的公安幹警攜帶警犬參加了現場尋找。
對彭加木同誌遺體的尋找工作，各方麵都盡了最大努力，無論從尋找的時間、規模、使用手段，還是從投入的人力、物力來說都是空前的，這充分體現了黨和國家對科學事業和科學家的高度重視、關懷和愛護。但是，除第一次尋找中，在出事地點東北方向大約十公裏處發現彭加木同誌腳印、坐印及一張糖紙外，沒有發現其他線索。據記載，曆史上曾多次發生類似事件，但大都未能獲得肯定的結果。根據當地地理環境、氣候特點，同時根據這次尋找工作的實際情況，可以判定是在彭加木同誌迷路昏倒後，被狂風吹動的流沙掩埋了。這樣判定的具體理由是：
一，由於病魔的折磨和“文化大革命”中受迫害，彭加木同誌身體不好，而在他出走前已連續六晝夜沒有很好休息，體力更加不支，因而他不可能走得太遠；而且隻帶了一壺水，未帶其他常備的食物、藥品，說明他根本沒準備遠走。
二，彭加木出走的第二天下午和晚上就有八、九級大風，流沙活動相當頻繁。
三，遇難地周圍數百公裏是渺無人煙的荒漠地帶，除有野駱駝、野兔之外，從未發現過其他可以傷人的野獸；土匪壞人在此無生存條件，因此，既不可能被野獸傷害，也不可能被壞人劫持。
彭加木同誌是一位有成就的科學家，是一位堅強的共產黨員和革命戰士。新中國一誕生，他就以滿腔熱情和百折不撓的意誌投身於社會主義的科學事業。三十年來，他兢兢業業、艱苦奮鬥、忘我工作，為開發利用邊疆資源，建立邊疆科研基地，他不顧多年的病體，曾先後十五次到新疆幫助工作和進行考察，對新疆科學事業的發展作出了貢獻。六十年代中期他被樹為上海市黨員學習的標兵。同時，中國科學院也曾多次係統地介紹宣傳他的模範事跡，號召廣大科技工作者向他學習。他與病魔鬥爭的頑強意誌和“甘當鋪路石子”的精神，激勵著廣大科技工作者不畏勞苦，努力攀登科學高峰。十年動亂期間，麵對林彪、“四人幫”的殘酷迫害，他不妥協，不屈服，堅持戰鬥在科研第一線，表現了一個共產黨員應有的優秀品質。粉碎“四人幫”以後，他由衷地擁護黨的三中全會的路線、方針、政策，對祖國的未來充滿信心，以對黨對人民高度負責的精神，把全部精力傾注在“四化”建設上。他最後一次帶領考察隊對羅布泊的考察，勝利地穿過幹涸湖盆，在近代史上第一次打開了羅布泊神秘大門，為今後的考察奠定了基礎，具有重大意義，也是他為發展我國的科學事業作出的最後一次貢獻。
為了表彰彭加木同誌為黨的事業、全心全意為人民服務的革命精神和英雄行為，1981年8月24日，上海市人民政府特授予彭加木同誌“革命烈士”光榮稱號。
1981年10月19日，彭加木烈士追悼大會在上海龍華革命公墓隆重舉行。人們在一個透明的紀念盒裏，裝著新疆庫木庫都克的一抔沙土。紀念盒安放在上海烈士陵園，象征著烈士的英靈永存。
與此同時，新疆維吾爾自治區黨委和政府在烏魯木齊市舉行了悼念彭加木同誌大會。這位為邊疆科學事業獻身的英雄，受到了邊疆人民的尊敬和愛戴。
1983年3月13日，胡耀邦同誌在中共中央召開的卡爾·馬克思逝世一百周年紀念大會上的講話中，高度評價了彭加木。指出：
“在新時期中，我們希望我國知識分子，以馬克思、恩格斯這樣的最完全的知識分子作為自己的崇高典範，繼承和發揚‘五·四運動’和‘一二·九運動’以來中國革命知識分子的光榮傳統，學習彭加木、欒茀、蔣築英、羅健夫、雷雨順、孫冶方等同誌的獻身精神，更加努力地學習馬克思主義，精益求精地掌握新的知識，腳踏實地地到群眾中去、到實踐中去。”
迄今，30年時間已經過去，彭加木依然杳無音訊，已確切地宣告死亡。
彭加木犧牲了。他的死使人們記起了他最愛吟誦的詩人臧克家的名句：
有的人活著，
他已經死了；
有的人死了，
他還活著。
彭加木死了，但是他活在千千萬萬人民的心中。
我願借用方誌敏烈士在《可愛的中國》一書中的幾句話，結束本書。方誌敏烈士的遺言，仿佛道出了彭加木的最後的心聲：
……假若我還能生存，那我生一天，就要為中國呼喊一天；假若我不能生存——死了，我流血的地方，或者我埋骨的地方，或許會長出一朵可愛的花來，這朵花你們就看做是我的精誠的寄托吧！在微風的吹拂中，如果那朵花是上下點頭，那就可視為我對於中國民族解放奮鬥的愛國誌士們在致以熱誠的敬禮；如果那朵花是左右搖擺，那就可視為我在提勁兒唱著革命之歌，鼓勵戰士們前進啦！