不過，在20世紀60年代，聯邦調查局的主要調查重點是侵犯民事權利和有組織的犯罪。而到了70年代末，金融犯罪、有組織犯罪、販毒和其他暴力犯罪漸漸地被列入聯邦調查局的職責範圍。到了21世紀，針對國際恐怖主義、武器走私等重大犯罪行為的調查成為聯邦調查局的重任，另外，對計算機詐騙、白領犯罪等新型犯罪的偵查以及對政府要員做任職前的安全審查也變成聯邦調查局職責的一部分。
然而這一切並不是一帆風順的，一戰期間，FBI的主要職責是偵察敵方的間諜活動，逮捕逃避兵役義務的役齡男子，以防敵方間諜在美國本土的破壞活動。由於FBI的大肆宣傳和調查，使得當時的美國出現了間諜大恐慌，美國人民猶如置身黑暗的深溝裏。美國政府最終規定：凡是年滿14周歲、在美國生活而沒有獲得美國國籍的同盟國籍男子，都可以被認是敵僑而遭到逮捕、限製、采取安全措施或遷居，同時禁止敵僑擁有槍支、爆炸物以及無線電發報機，所有敵僑必須到相關部門登記。當時的FBI嚴格執行政府的命令，美國的德裔人士因此受到聯邦調查局的調查、逮捕、送進監獄。多年以後，這成了聯邦調查局的一個汙點。
隨著第一次世界大戰的結束，表麵上，FBI的工作因為總統柯立芝“美國人的事務就是做生意”的主張而恢複到戰前的狀態。然而在戰後的第二年，威廉·弗林出任調查局局長，這位局長跟後來的胡佛局長截然不同，他唯上司是從。因此，此時的FBI完全控製在司法部長帕爾默手中。帕爾默是來自賓夕法尼亞州的輝格黨成員，進步主義者，也是個熱衷於權力者。他利用手中的權力大肆捕殺共產黨人中的激進分子。使得當時的FBI在人們心中的美好形象再次轟然倒塌。
2.政府的人，別開槍
FBI的這些鬧劇留下的狼藉的印象在不久後又被它自己扭轉。那就是成功打擊了違反《禁酒令》的犯罪分子。
美國建國之初，很多早期移民到這片蠻荒之地的人是“清教徒”，這些人敬畏上帝，清廉度日，因此對於飲酒，他們非常反對。19世紀中期，美國一些地方的居民開始訴之於法律手段約束飲酒的人。這個民間浪潮時起時伏，綿延不絕，終於在20世紀初被政府認可，《禁酒令》得以出台。
然而酒作為一種能使人愉悅的東西，不可能因為禁止飲用而退出人類的生活。雖然在《禁酒令》剛實行時，有人認為這是一件好事。因為在一般的美國工人家庭，工人以前是把領回來的工資的一部分拿去買酒，而現在則可用於改善生活。但是，這一禁令所造成的弊端在不久後就呈現在人們麵前。這就是由於“禁酒令”的實施而在美國催生出了一個新的行業——“私酒釀造和銷售業”。比如，當時著名的芝加哥黑手黨以私自販賣酒而發家，開始發展壯大。許多不法分子用甲醇來勾兌酒精，使美國社會中毒、失明、殘廢、死亡的人數急劇上升。
此時，FBI審時度勢，沉重地打擊了當時的違法犯罪行為，並成功地抓獲了控製各個釀酒廠的最知名的黑道大亨艾爾·卡邦，使人刮目相看。大概就是在此時，已經人員興旺的FBI特工們得到了公眾“政府的人”的稱號。這句話是當時的美國電影明星凱裏所扮演的FBI特工的一句台詞的簡化：別開槍，政府的人，別開槍。
3.國家秩序救世主
隨著1927年西方經濟危機的到來，治安本來就不穩定的美國社會徹底地陷入了動蕩不安之中。先是社會秩序失控，接著是經濟危機。這兩種現象導致結果是美國的犯罪率直線上升。
麵對國內絕望的形勢，羅斯福總統大力推行新政，並使出鐵腕，建立一個全國性的執法機構，來維護國家秩序，便於新政的順利實行。一場反搶劫、反詐騙的全民性戰鬥即將打響，新的執法機構由禁酒局、調查局和身份證局合並而成，胡佛擔任局長。
自此，胡佛開始大刀闊斧地對聯邦調查局進行優化，他先是建立了調查局的技術實驗室。他說，調查局的特工在破案過程中勇氣雖然重要，但最重要的還是應該用腦子，善於思考。特工人員要能夠發現罪犯的蛛絲馬跡，然後通過儀器的精密分析，來把罪犯繩之以法。
剛成立的FBI實驗室規模雖然很小，但在政府的撥款與胡佛的大力運作下，很快就建立了各種各樣的武器、水印、打字機字體以及汽車輪胎檔案。隨後，胡佛又將目光對準了調查局的素質提高上。他成立了國家警察學院，用來培訓新員工。在胡佛的引領下，地方警察機構也紛紛建立起各種各樣的培訓學校，接著，胡佛在地方警察機構中培植了一幫支持者，而且也使FBI奠定了在全國警察體係中的軸心地位。