景泰四年（1453年），身為皇太子見濟忽然因病而死。後來一部分較正派的官員，主張恢複見深做皇太子，遭到祁鈺的壓製。另一方麵，複辟的陰謀，卻暗地醞釀著，終於爆發了“奪門”的事件。“奪門”的主角是太上皇祁鎮，他在土木堡喪師辱國被也先俘虜，幸賴於謙等領導軍民抗戰勝利，才得被釋回國，但是祁鎮不考慮軍國大事和抗戰的客觀，從而對於謙等抱有莫大的私憾。祁鎮回到北京後，祁鈺已經代替了他的皇位並且把他禁錮在南宮，因此他們兄弟之間是仇恨深重的。“奪門”事件的主要推動者是石亨、徐有貞、曹吉祥、楊善、王驥、張軏等。其中石亨、張軏掌握京營軍權，王驥的職務是守備南宮，曹吉祥是京營監軍太監。所以走通宮禁，有便利條件。他們就利用京營軍權，做發動宮廷事變的工具，楊善過去諂附王振，曾做過出使瓦剌的使臣，迎得祁鎮回國，超出了祁鈺的旨命，祁鈺對他不滿，後來又向曹吉祥、石亨獻媚，自然就密切勾結起來了。徐有貞（即徐珵），在也先入侵時主張南遷，被於謙所駁斥，為輿論所不齒，後來諂附陳循，升官到副都禦史。這一群貪殘陰險、結黨營私的官僚們拚湊到一起，都想利用祁鈺和祁鎮兄弟二人的尖銳矛盾，有些人假裝為祁鎮奪回皇位，大攪混水，其實他們隻是乘勢摸魚，做自己升官的打算。
景泰八年（1457年）正月，祁鈺已經病重，再也不能臨朝，命石亨代行郊祭典禮。石亨等密謀，認為是發動複辟的好機會，石亨、曹吉祥、徐有貞、張軏、王驥等潛納京軍進皇城，率眾急奔南宮，毀牆裂門，掖祁鎮登輦，闖入皇宮，強登奉天殿，宣告複辟。祁鎮複辟後，反誣於謙、王文等謀叛，逮捕下獄。廷審時，徐有貞當眾喝令法司把於謙等痛加拷掠，王文不勝激憤，激辯不已。於謙笑道：“亨等意耳，辯何益！”遂被判處謀逆罪，坐死刑。抄家產時，發現於謙“家無餘資，蕭然僅書籍耳”。將殺於謙時，祁鎮猶豫說：“於謙，實在是有功”。徐有貞秘密進言道：“不殺於謙，此舉（奪門）為無名”，遂下毒手。隨後凡於謙所推薦選拔的文武官吏都受到迫害，石亨等更嚴厲地殘害抗戰派人物，又列名鏤版榜示“於謙黨”於天下。於謙死後，天下又陷入了廢弛。
於謙死了以後，當然由石亨的黨羽陳汝言擔任兵部尚書。不到一年，所幹的壞事因為太多逐被敗露，貪贓累計總達巨萬。皇帝召大臣進去看，變了臉色說：“於謙在景泰帝朝受重用，死時沒有多餘的錢財，陳汝言為什麼會有這樣多？”石亨低著頭不能回答。不久邊境有警，皇帝滿麵愁容。恭順侯吳瑾在旁邊侍候，進諫說：“如果於謙在，一定不會讓敵人這樣。”皇帝無言以對。這一年，徐有貞被石亨中傷，充軍到金齒口。又過了幾年，石亨亦被捕入獄，死於獄中；曹吉祥謀反，被滅族，於謙事情得以真相大白，就這樣民族英雄於謙，在當時那樣腐朽的封建的政變中被慘遭殺害。
成化初年，他上疏申訴冤枉，才得以恢複於謙職位，賜祭，誥文裏說：“當國家多難的時候，保衛社稷使沒有危險，獨自堅持公道，被權臣奸臣共同嫉妒。先帝在時已經知道他的冤，而朕實在憐惜他的忠誠。”這誥文在全國各地傳頌。弘治二年，采納了給事中孫需的意見，贈給於謙特進光祿大夫、柱國、太傅，諡號肅湣，賜在墓建祠堂，題為“旌功”，由地方有關部門年節拜祭。萬曆中，改諡為忠肅。杭州、河南、山西都是曆代奉拜祭祀不止。
另外北京還出現了懷念於謙的童謠：“鷺鷥水上走，何處覓魚嗛（指於謙）”。於謙家屬被械係，長子於冕遣戍龍門。指揮同知陳逵感念於謙的忠義，收殯於謙的遺骸。於謙婿朱驥把於謙的靈柩運回了於謙的家鄉，就葬於西湖三台山麓。
於謙曾經在景泰時的故宅，在北京崇文門的西裱禙胡同，於謙被殺後都籍沒充公。成化初，於冕被赦，上書訟父冤，明廷恢複於謙生前原有官爵，並將故宅改為“忠節祠”，祠內閣上有清人孫詒經的“熱血千秋”和“帝念有功，群小讒謀冤太慘；公真不朽，故居歆祀地猶靈”等題詞。在現在北京曆史博物館裏存有一幅於謙墨跡，是他在保衛北京時寫給兵科給事中葉盛詢問巡視東城防務情況的手令。明代民族英雄於謙的遺物是永遠為人民所愛護和珍視的。在三台山於謙墓前，成化間當地人民也建立了“旌功祠”來紀念他。於謙的祠墓就和南宋英雄嶽飛的祠在一個地方都在西湖岸邊，同樣為祖國人民所崇仰。