但崇禎卻開始懷疑袁崇煥了，認為他是在擁兵自重，要挾製自己，甚至謀權篡位。至少也是要強迫自己采用他一貫與滿清議和的主張。這麼一想，崇禎那顆自負而又傲慢的心就受到了很大的損傷，心裏開始有了想法。
而此時，滿清軍隊在城外燒殺搶掠，而京郊的百姓也都大受其害，且崇禎身邊的幾名太監也多在京都存有田產，都深痛自己大破其財，想來想去.這怨憤就潑在了袁崇煥的身上，怨清兵是袁崇煥引來的，是想要萼挾皇上與清人議和的。一時之間，這些輿論不知怎麼就漫天而起，甚至大罵袁崇煥是“漢奸”，弄得人心惶惶，真假不分。竟有人站在北京城的城牆上往城下袁崇煥士兵的頭上扔石頭，一邊扔一邊罵“漢奸兵”，而且石頭還把士兵砸死砸傷。
而崇禎知道了這個消息，疑心就更大了，恐慌起來。恰好在這時候，皇太極依照《三國演義》上的“群英會蔣幹中計”一節，使起反間計來。就在這以前，清軍捉到了兩名明宮派在城外負責養馬的太監，一個叫楊春，一個叫王成德。在撤回途中，皇太極派副將高鴻中，參將鮑承先、寧完成等人監守。這三人是歸降滿清的漢人。到了晚上，鮑承先與寧完成二人依照皇太極所授的密計，大聲“耳語”道：“這次撤兵，並不是我們打了敗仗，那是皇上的妙計，你看到麼？皇上單獨騎了馬逼近敵人。敵軍中有兩名軍官過來參見皇上，商量了好久，那兩個軍官就回去了，皇上和袁崇煥已有密約，大事不久就可成功了。”兩名太監正躺在旁邊，把這些話聽得十分清楚。第二天，姓楊的太監見敵人撤退時十分慌亂，便趁敵人的“疏忽”逃奔而歸，並馬上把這些話報告了崇禎。這些話被崇禎聽了以後，就像他那多疑而又忮刻的性格，肯定是馬上就相信了。
他便立刻召袁崇煥進了宮，在宮中將他逮捕下獄。袁崇煥的部將祖大壽等人見狀，十分驚慌都不明白是怎麼回事，沒事辦法隻好出城等候消息。
三天過後，聖旨下來，說袁崇煥和敵人謀反被捕，隻問袁崇煥一人，餘者不問。將士聞訊大哭，還有的將士破口大罵，頓足而號。如果在這個時候有人倡議.說不定在此時真會反了。
祖大壽當然十分悲憤，他即刻率軍回到錦州，就在途中遇到了馳援的袁軍主力，了解了北京的狀況後，也當即掉頭回京。
祖大壽也便掉頭而回，崇禎十分恐慌，他同時深怕清軍再來攻城，連忙派人去讓袁崇煥寫信，召回祖大壽。這實在是一個奇怪的邏輯，既不肯正式下詔讓袁崇煥寫信，又派各部官吏前往勸說。袁崇煥先是不肯寫，認為這種做法於情理不通，既不奉明詔，於獄寫發書召兵回京，無異於私人行為，但崇禎無論如何不肯向袁崇煥認錯。在群臣的勸說之下，袁崇煥“以國家為重”，寫信召回祖大壽。祖大壽本把崇禎派的使者看做敵人，但有袁崇煥的親筆信，他遲疑不決。這時，祖大壽的母親說：“如果您不回軍，隻能加重袁督師的罪名，如果您回去攻下一些地方，打一些勝仗，或許能救袁督師出獄。”祖大壽聽了母親的話，率師返回，沿途攻下了清軍占領的兩座城池，清軍的兩條歸路就這樣被斷了下來。
聽說袁崇煥下獄皇太極大喜過望。他本來已攻克了北京以南二十公裏處的良鄉，立刻回師盧溝橋，破了所謂的“車軍”，又大破明軍四萬多人，擒獲和斬殺了一些明軍的高級將領，京師大震。但聽說祖大壽率兵返回，因為怕歸路被截，所以就寫了幾封議和信，從山海關慢慢退了兵。
清兵這麼一退，崇禎又感覺心中平定了。是時，朝野上下、軍隊之中替袁崇煥辨冤求情的人，紛紛上書，連孫承宗也寫詩說：“東江千古英雄乎，淚灑黃龍半不平。”還有許多人情願以身代之。袁崇煥就在獄中給部下寫信，讓部下安心抗敵，半年之後，明軍便把清軍趕出了長城。
就在這半年之中，如果袁崇煥再有什麼樣的罪行也應試調查清楚了，殺與不殺也能做出決定了。但卻就在清兵退出長城以後殺了袁崇煥。一條反間計，可以滅亡一朝一國。由此看來，反間計的確可以毫不誇張地稱它為百計之首。