這次交戰，明軍取得了勝利，但身為主帥的袁崇煥並沒有受到重賞，隻是升了一級官。其根本原因在於袁崇煥不是魏忠賢的同黨，袁崇煥當年中進士的主考老師和推薦他做遼東防務的人都是東林黨的首領，因而，雖有“寧遠大捷”和“寧錦大捷”，袁崇煥還是討不到魏忠賢的歡心。這時，魏忠賢見袁崇煥成勢日增，便指使同黨，攻擊袁崇煥不去救錦州。沒辦法袁崇煥隻好辭了官，回老家廣東去了。
正好在這年八月，愛捉迷藏和做木工小孩氣的熹宗皇帝死了，因無子嗣，由他的親弟弟朱由檢繼位，改年號崇禎。崇禎帝當時才十七歲，他年紀雖小，卻十分精明能幹，與他哥哥大不相同，他不動聲色地翦除了魏忠賢的閹黨，然後逼得他自殺，巧妙而又幹淨地除掉了朝廷的一個毒瘤。魏忠賢死後，整天討好他的大臣或殺頭或充軍，被魏忠賢排擠在外的袁崇煥又取得了朝廷的得重用。
崇禎元年（公元1628年）7月，從老家應召回的袁崇來到北京，崇禎召見了他，問他遼東防務事宜，經過一番深談，可以說對他言聽計從。袁崇煥提出了諸如糧草供給保障、排除幹擾等要求，崇禎都一口答應，至於具體的守遼東的策略，袁崇煥認為可用以下三個原則：“一，以遼人守遼土，以遼土養遼人；二，守為正著，戰為奇著，和為旁著；三，法在漸不在驟，在實不在虛。”對袁崇煥的這些提法，都表示了讚同和照辦的意思，而崇禎的確是有一番事業心。
給袁崇煥還得到一柄崇禎賜給他的尚方寶劍，以表示崇禎對袁崇煥的信賴和支持，讓他去總督寧遠防務。但袁崇煥尚未到寧遠，那裏就發生了兵變，其原因很簡單，軍隊沒有糧餉。當時中央無力，財富均被各級官員和地主刮走，國庫空虛，拿不出錢來發軍餉。袁崇煥則建議用內帑（即皇宮中的錢）來發餉，崇禎是一個愛財如命的人，聽後十分生氣，從此對袁崇煥有了看法，不再像以前那樣信任他了。又過了不久，袁崇煥又誅殺皮島大將毛文龍又引起了崇禎的懷疑。
遼東南部海中的一個小島那便是皮島，地勢是很重要的，北邊可聯清，東可控朝鮮，西南則可衛護膠東半島的蓬萊、登州。皮島守將毛文龍曾抗滿清有功，但他後來成了魏忠賢的幹兒子，還貪汙橫行不法，並曾寫信給皇太極說：“爾取山海關，我取山東”。袁崇煥為了安定形勢，消除隱患，便於公元1623年（崇禎二年）7月伏兵捉住了毛文龍，宣布了他的十二條罪狀，請出皇上恩準可先殺後奏的尚方寶劍，將他誅殺。
袁崇煥向崇禎皇帝報告了誅殺毛文龍的原因和經過，崇禎十分驚訝，認為他擅殺大將，別有用心。但因當時正需要袁崇煥來抗清，就沒有加什麼責備。
皇太極自己知道力量敵不過明朝，所以他也一直想議和，但崇禎極其傲慢，根本就不予承認，雖經袁崇煥從中調停，總是不能成功。於是，於公元1629年（崇禎二年）11月，率兵十餘萬，繞開袁崇煥駐防的寧西，從西路直奔北京，經過艱難的行軍，攻進了長城，進迫遵化，明軍紛紛潰退，清軍攻克遵化。巡撫王元雍自殺，山海關總兵趙率教也戰死遵化城下。清軍攻下遵化後，直撲京師。這時袁崇煥火速來援，並且沿途還留下軍隊以截斷清軍的退路。
袁崇煥於11月10日抵抗薊州，但清軍卻繞過了薊州西進，接連攻下三河、香河等城，袁崇煥又急忙帶兵去保衛京師，駐兵於北京廣渠門外。清軍的猛烈進攻嚇得崇禎魂飛魄散，京師一片慌亂。現在袁崇煥來了，崇禎心神略定，對他讚賞備至。袁崇煥認為部隊疲勞，要求入城休息，疑心過多的崇禎心中十分疑忌，借故推托不許讓隊入城。袁崇煥便要求屯兵外城，崇禎他也不答應。隻是催促他快快與滿清軍隊交戰。
袁崇煥三百餘裏用了兩晝夜的速度緊急增援京師，早已是人困馬乏.但在崇禎的催促之下，不得不與滿清軍隊交戰。仗打得非常艱苦，兩軍相持了很久，袁崇煥身穿鎧甲，衝鋒陷陣，兩肋下受了幾處箭傷。後來滿清軍隊終於不支，退到南海子邊休整。崇禎見滿清的軍隊逃遠了，便十分緊急地催促袁崇煥追擊，圍殲敵人。
這時明軍來了幾路人馬，由袁崇煥統一了指揮權，但無成熟的決戰時機。萬一出城決戰會給明軍帶來不利的，滿清軍隊以置之死地而後生的態度來與明軍拚命，明軍很有可能潰退。如果發生了這種情況，那北京城就頃刻而下了。袁崇煥的意思堅守不戰是正確的。