沒有大鍋飯
在左宗棠向浙江進軍的同時，清廷倚仗湘軍和淮軍，在與太平軍進行最後的決戰。決戰地域，分為三大戰區。投入決戰的部隊，分為三個集團軍。第一戰區是天京周邊地區，由曾國荃集團軍負責。第二戰區為鬆江、上海、蘇州和常州，由李鴻章集團軍負責。第三戰區在浙江省，由左宗棠集團軍負責。在這三大戰區中，左宗棠的責任區域最大，但他的集團軍兵力最少。
左宗棠集團軍，實際上是跨戰區作戰。他把一半兵力分布在安徽南部和江西東北部，那裏是兩江總督曾國藩的轄區。他這樣做，固然幫助了曾國藩，但更重要的是，他要保衛進軍的後路。
封疆大吏各有職責，左宗棠隻有把外省的太平軍擋在邊界之外，才有可能完成對本省的蠶食。皖南地區太平軍活動頻繁，多走幾步，就跨入浙江省界。為了後路有一個安定的空間，左宗棠寧願抽調一半兵力到皖南作戰。但是，當浙江軍情吃緊時，那就對不起，不管曾國藩多想留下楚軍，左宗棠還是隻能咬咬牙，狠狠心，將部隊撤回兩省邊界。曾國藩請他再次出兵皖南，他也隻好置若罔聞。曾國藩想要慈禧向左宗棠施壓，左宗棠也隻好向慈禧辯解。
那時候，左宗棠的話說得頗為激烈。
太後明鑒，浙江的部隊，應該以防守浙江為主。曾國藩是謹慎過頭了，在皖南不攻隻守，作戰不力，才會導致被動的局麵。
左宗棠給過去的老板駱秉章寫信時，說得更加難聽。
唉，滌公既不會靈活用兵，又不善於籌餉。宗棠為了顧全大局，隻能勉強遷就。這麼做實在辛苦啊，誰能體會個中滋味？
封疆大吏為了完善自己的轄區，把責任分清，不吃大鍋飯，那是理所當然。由此而鬧摩擦，也是家常便飯。慈禧當然不會偏袒任何一方。手心手背都是肉，對於兩位肱股大臣，西太後隻能調和矛盾。兩位大帥隻是爭個理字，不會有損大局，時過境遷，自然不了了之。
現在，左宗棠總算渡過了最困難的時期。他的戰略構想逐步實現。他已經肅清浙江西部和東部，然後東西對進，攻克了杭州。下一步的任務，就是肅清北部和南部了。
左宗棠於4月7日進入浙江省城。這標誌著太平天國從此失去了浙江這個大後方。
為了迅速地從大亂過渡到大治，左宗棠發布命令，禁止部隊搶掠，不許軍士進入民居，規定婦女和財物各隨其主，如果有人從太平軍中搶人掠財，一定嚴懲不貸。
部隊沒有擾民，省城有了基本的安定。但是，民生凋敝，必須盡快恢複繁榮。杭州城內先前有八十一萬居民，經過戰亂，隻剩下七八萬人。
左宗棠下令開設賑撫局，收養難民，招商開市。他上奏朝廷，請求蠲免全省本年的農業稅，停止收取杭州的關稅，籌資收購茶、筍、廢鐵，修浚河道，開設書局，刊刻經籍。一時間，杭州人心穩定，有了希望。
左宗棠派出追逐太平軍的部隊，到4月10日為止，陸續攻克了德清和武康。石門的太平軍覺得逃跑也是枉然，索性在當天投降獻城。
下一步，左宗棠要攻克湖州。
此地是太平軍在浙江北部的堅強堡壘。蘇州、常州、寧國和廣德的太平軍，都把湖州當作避難所。李世賢、黃文金等天國大佬全部聚集在這裏。餘杭城破時，陳炳文逃到德清，汪海洋逃到武康，李世賢從湖州出來與他們會合，打算奔赴孝豐。劉明燈和李耀南兩部在荻浦攔截，大獲全勝，解散幾千名百姓。
李世賢等部仍有幾萬人，打算各奔前程。天京以外的太平軍已經支離渙散。左宗棠要對付這些遊擊部隊，必須及時捕捉動態，快速做出反應。
高連升認為機不可失，趁機進兵湖州，擊斃幾千人，燒毀船舶一千多隻。李世賢所部繞道昌化，襲擊績溪，取道湖州，進入江西。汪海洋、陳炳文所部傍靠徽州，從深渡進擊淳安與遂安，遭到王開琳所部阻擊。
在這種時候，左宗棠決不允許本省的太平軍再次進入浙江的腹地，也不容許外省的太平軍越過浙江的邊界。
左宗棠增派劉明珍和劉清亮兩支部隊，加強嚴州和衢州的防衛。汪海洋聞風而退，返回屯溪。湖州剩下了黃文金與楊輔清兩部，營壘跨越菱湖、茅山、東林和菁山，拉起一道從東南到西北的屏障，又從長興延伸到安吉，連營幾十裏。
左宗棠決定對湖州發起總攻。各部接到書麵命令：湖州四麵臨水，必須先破菱湖，才能西進，實行合圍。茲令高連升、王月亮、蔡元吉所部從德清進軍靈山，攻擊西南；劉樹元、何培章所部從石門進軍埭溪，攻擊東南；劉連升、羅啟勇率領水師作為先遣部隊，攻擊菱湖。
4月17日，清廷下詔，賞加左宗棠太子少保銜，並賞穿黃馬褂。左宗棠麾下將士，都得到不同程度的擢拔。
4月19日，楚軍水師攻破菱湖太平軍一座營壘。
4月30日，湖州守軍出動幾萬人，攻擊高連升的軍營，另派一萬人從張村抄襲軍營後方。高連升登高瞭望，隻見敵軍陣勢後方密集，知道設有埋伏，不許部隊輕率進攻。相持到黃昏，太平軍手舉火炬進攻。高連升收兵回營，在壁壘旁密布火器，暗中發射。太平軍受創撤退。高連升令全軍出動追殺，太平軍自相蹂躪，傷亡慘重，屍體枕藉。抄襲張村的太平軍，遭到從武康出兵的羅大春部打擊，也被迫而退。
淮軍攻占常州以後，太平軍兵潰四方，金陵周邊的太平軍無處安身。廣德與寧國的太平軍決定南下。他們取道徽州與婺源，奔赴江西，隊伍絡繹不絕。左宗棠下令，堅決把這些敵軍擋在浙江界外。楚軍各部在邊界轉戰五天，把企圖東進的太平軍全部擋在江西境內。
一下子湧來這麼多太平軍，江西的清軍抵擋不住了，很快就丟失了南豐和新城。太平軍攻擊福建邊界，延平和邵武告警。
太平軍跑了這麼遠，還是來到左宗棠的轄區。左宗棠抽不出部隊南下，隻得命令福建清軍應戰。
5月7日，湘軍分水陸兩路，對菱湖發起攻堅戰。5月17日，蔡元吉所部逼近菱湖東南紮營，於5月19日渡河，攻破十座壁壘，進占荻港。劉樹元、何培章所部大戰長生橋。高連升所部會同水師攻破東林，正打算向西轉移到妙喜鎮，不料從常州潰敗的太平軍大批殺到，包圍了高連升的兩營先鋒部隊，戰役陷入僵持狀態。
寧國和廣德的太平軍，開始第二批大轉移，取道績溪，攻擊昌化。左宗棠堅持一個宗旨：不許他們立足浙江。張福齊和周紹濂所部扼守深渡，頑強阻擊。太平軍隻得從婺源奔赴德興。王德榜和劉明珍兩部在廣信的沙溪聯手攻擊，在廣豐的洋口擊敗太平軍，將他們趕到鉛山。
太平軍在浙江邊卡連連碰壁，紛紛湧向江西。李世賢所部駐紮崇仁，汪海洋所部駐紮東鄉。贛水以東，到處都有太平軍。
三個集團軍都把太平軍趕出自己的戰區，致使江西成為新的戰區。可是，這個戰區沒有形成得力的集團軍。清廷得到報告，頗為憂慮。
左宗棠說話了。兩宮太後明鑒，江西應該組建新的集團軍，把逆軍困在江西境內，不許他們返回皖南，救援天京。遺憾的是，江西本省沒人能夠勝任總司令，我推薦楊嶽斌督辦江西和皖南的軍務，此人是曾國藩的水師統領，忠勇無雙，確實可以獨當一麵。我這裏也可以提供一個人才，推薦劉典擔任副總司令。
慈禧說：此議可行。準了左宗棠的折子。
5月30日，王德榜所部在弋陽全殲從德興開來的太平軍。左宗棠增派王開琳部堅守邊界防線。
6月11日，洪秀全在天京病逝。也可能是因絕望而自殺。幼主洪天貴福即位。
湖州的太平軍還想作最後的掙紮。6月13日，楊輔清大舉進攻荻港，蔡元吉拚死抵抗。蔣軍水師和陸師聯合作戰十多天，進克袁家彙壁壘。黃文金從太湖塘的楊漊攻擊劉樹元的軍營，被守軍擊退。
6月27日，淮軍攻克長興。長興潰軍向湖州靠攏，逃入四安和梅溪的軍營。
蔣軍將領們見長興已破，提議全軍從湖州東南發起攻擊。左宗棠說：我軍在東南已駐重兵，若從此處攻擊，會加速逆軍西進。我們不能讓本省的賊軍侵擾外省啊。傳我的命令：劉璈等部從黃湖攻打孝豐，楊昌浚部進軍銅嶺，攻取安吉。派快馬送信，約淮軍攻打四安，將逆軍截斷！
江西集團軍正在組建。左宗棠的部隊在江西積極協助。王德榜和王開琳所部會師，在鉛山和湖坊擊敗太平軍。劉典所部開抵臨江，等待浙江的部隊開到貴溪會師。
7月6日，劉璈等部抵達孝豐。太平軍沒料到楚軍會殺到這裏，倉卒憑城抵抗。穀香山和劉端冕冒著炮火與石頭搭梯登城，一舉將太平軍擊潰，斬殺敵軍將領陳榮。
7月7日，楚軍攻克孝豐，留部駐守。蔡元吉所部深入挺進東埠。