7月11日，湖州太平軍包圍蔡元吉部軍營，派勁旅繞到思溪和雙福橋，斷絕運餉道路。蔣軍從水陸兩路赴援，被太平軍戰船抄擊，無法前進。楊輔清和黃文金分頭攻占袁家彙和荻港。湖州戰役再次陷入僵局。
太平軍死守湖州，是為天京保留周邊的最後一個據點。李鴻章集團軍把太平軍趕出了自己的戰區，曾國荃集團軍不讓太平軍接近天京包圍圈，左宗棠集團軍繼續在兩線作戰，攻堅與防禦必須並舉。由於軍餉不足，無法擴充兵力，承受的壓力可想而知。
因此，直到曾國荃攻克天京，湖州這個頑強的堡壘，仍然屹立在三個戰區的交界處，成為太平軍的最後一個避難所。
為了洪秀全的兒子
7月19日，曾國荃所部攻克金陵。太平天國失去了國都。以此為標誌，曆時十三年的太平天國運動進入了尾聲。
金陵攻克之後，湘軍的兩位大帥，應該都鬆了一口氣。可是，他們仍然處在緊張的狀態中。曾大帥有些恐慌，左大帥則很氣憤。
曾大帥麵對著兩樁公案。善於斷案的曾大帥一點也威風不起來，因為他此刻站在被告席上。
第一樁公案
若幹朝廷大員指控曾國荃集團軍在金陵燒殺擄掠。一支軍隊要在已經占領的地盤上放火，通常是為了毀滅罪證。大火能吞噬一切，當然也能燒光劣跡。太平天國積累的財富不見了，證人蒸發了，發泄仇恨的殺戮也消泯於無形了，你可以說是被這把火燒掉了，但他也可以說這把火隻是燒了幾間房舍。這把火，再加上太平軍焚燒王宮的那把火，更加燒出了一個不明不白。
但是，傳聞是燒不掉的，疑心也是燒不掉的。於是曾國藩成了輿論的靶子。在那些指控曾國藩的折子裏，左宗棠也署上了姓名。盡管慈禧沒有開庭審案，但曾國藩仍然有好些日子坐臥不安。
第二樁公案
洪秀全有個兒子，名叫洪福瑱。他在曾國荃攻占金陵時逃跑了。他這一跑，太平天國就有了繼承人，天國的軍隊，就可以在他的旗幟下重新集結，太平天國運動就可能延續下去。因此，洪福瑱的逃脫，對於清廷而言，是一個嚴重的事件。
洪福瑱能夠逃出金陵，當然不是曾氏兄弟的罪過。無論多麼厲害的軍隊，都不可能在混戰中把敵人一網打盡。但是，如果你向朝廷吹牛，說你已將敵人斬殺幹淨，而事實上卻沒有做到，那就是謊報戰功。這可能就是一個很大的罪過了。如果皇帝想拿誰開刀，有了這個罪名就足夠了。
洪福瑱確實是從金陵逃脫了。這件事，是左宗棠發現的。從金陵逃到浙江的難民，向他的部隊報告：洪福瑱從江蘇的東壩逃到了浙江的廣德，被天國堵王黃文金迎進了湖州府城。
什麼？竟有這等事情？此為重大軍情，不能不向朝廷報告。
左宗棠上報實情，並沒有指控曾氏兄弟謊報軍情。但是，主觀與客觀總難相符。在各方麵看來，他實際上等於提出了這條指控。
左宗棠百口莫辯。他確實不想指控曾國藩。他可以指控曾國荃縱容部下燒殺搶掠，因為他對這種行為非常氣憤。但他沒有必要指控曾國荃抓不到洪秀全的兒子。他很清楚，曾老九已經殺紅了眼，決不會心生惻隱，故意把這個小孩放走。而且，曾國藩之所以謊報戰功，也可能是因為他根本就不知道洪福瑱逃走了。如果他知道，也許他就不會這麼說。也就是說，曾國藩根本就不是謊報，充其量隻能算誤報。
事實上，曾國藩確實有理由相信洪福瑱已經死在金陵城內。護送洪福瑱的李秀成已經被捕，一個小孩還能逃到哪裏去呢？何況，從金陵逃走的幾百名太平軍，逃到淳化和湖熟以後，已被湘軍擒殺。為首的將領有名有姓，名叫李萬材，難道這還會有錯麼？
可是，洪福瑱真的是出現在浙江了。左宗棠揭穿了真相。曾國藩必須承擔責任。
當然，既然是打官司，被告就享有為自己辯護的權利。
曾國藩沒有直接為自己的行為辯解，而是向裁判者指出，左宗棠的部隊攻克杭州時，有十萬太平軍從杭州城內逃出。但是，當時並沒有誰彈劾責任人。那麼，這次金陵隻有幾百名太平軍逃走，就更不應該彈劾誰了。
砰的一聲，他把球捶到了原告那一邊。
左宗棠素以辯才著稱，自然不會沒有還手之力。
兩宮太後明鑒，杭州之所以有漏網之魚，那是因為我兵力單薄，無法對杭州合圍。漏網的敵軍不能說不多，但曾國藩說多達十萬，依據何在？曾國荃沒能把金陵的敵軍一網打盡，卻是另一碼事情。他的部隊已將金陵圍得水泄不通，不應該有人漏網啊。杭州和金陵，不可相提並論。最重要的是，杭州的敵軍首領漏網了，我是如實向朝廷彙報了的。而曾國荃沒能在金陵抓住洪福瑱，卻隱瞞了事實，沒有上報。
左宗棠的辯論，可以說是點到了要害。但他申明：我老左的動機不是打小報告踩壓同事，隻是認為亂報軍情，會貽誤戰機。我向朝廷報告，隻是為了揭曉真相。至於以後的公事，我還是會跟曾國藩和衷商辦，斷不敢稍存意見。
慈禧左一份奏折右一份奏折比照著看，既覺得這場辯論大賽很有看頭，又不想做出是非評斷。事實上，無論是偏袒哪一方，對她都沒有好處。
唉，我一個年輕的寡婦，何必為了這點芝麻綠豆的小事，得罪湘軍大帥呢？給兩邊都說說好話，調和他們的矛盾吧，也顯得朝廷愛惜人才。
朝廷於有功諸臣，不欲苛求細故。
當然，左卿如此對朝廷負責，也不能挫傷他的積極性，還要鼓勵他發揚下去。聖旨上要給他一個評價：左卿胸懷如此開闊，不愧為一代名臣。
也許，對於左宗棠和曾氏兄弟，這都是最好的結果。如果朝廷對曾氏兄弟動了真格的，恐怕左宗棠會後悔一輩子。
閩浙總督不好當
湖州戰役，雙方僵持到7月22日，蔣益澧來到棱湖督戰，令李邦達部攻擊思溪，令高連升部攻擊雙福橋，另派張景渠部會同淮軍攻擊晟舍。
從7月22日到7月30日，湘軍頻繁進戰，屢屢失利，隻得增修壁壘，與守軍相持。
慈禧依賴的三個總司令，此刻隻剩下左宗棠還在忙碌。
曾國藩進入金陵之後，處在眾目睽睽之下，不願擁兵自重，立即裁撤本部湘軍。曾國荃集團軍基本上解散了，他手下的將領們帶著大筆的銀子，回家休閑去了。
李鴻章集團軍也肅清了戰區，喝高了慶功酒，踏著仕途拾級而上。
惟獨左宗棠集團軍還得晝夜加班，不知道哪一天才能歇下。
8月3日，蔣益澧所部在思溪結紮浮橋，企圖救出被困的蔡元吉所部。部隊渡到中流，遭到太平軍攻擊，傷亡幾百人。左宗棠訓斥道：怎麼不動腦子？思溪和雙福橋既難攻下，就應該改圖荻港和袁家彙，進軍長超山，逆軍必定回顧。那時，蔡元吉部就可趁機殺出。
8月9日，高連升改攻荻港，擊破三座軍營。當晚，太平軍水師將領投降。湘軍水師從太湖抄襲袁家彙，高連升等部繼進。正如左宗棠所料，太平軍果然全軍回援。
8月14日，蔡元吉派遣楊應龍率五百人首先突圍，楊應龍力戰而死。蔣軍各部加緊攻擊袁家彙。當晚，蔡元吉率部涉水突出，兵力損失四分之三。蔡元吉部被圍三十天，糧食吃盡，煮桑樹皮為食，軍士陸續餓死，但無人叛逃。左宗棠念他死守有功，奏請清廷赦免他損兵折將之罪。
當天，張景渠會同淮軍攻破晟舍。太平軍起初以全力圍攻東埠，沒想到蔡元吉部突圍以後，晟舍又被攻破。太平軍士氣低迷，軍士們不願再戰。
8月17日，思溪和雙福橋的太平軍全部撤走，湖州守軍陸續出城投降。
8月27日，劉樹元部攻拔升山軍營，高連升部急攻袁家彙。忽然湖州城內起火，太平軍狂奔而出。蔣軍追逼到城下，守軍已經潰散。蔣軍急忙繞城西截擊，斬殺二千多人。水師從四麵進入，將太平軍戰船全部燒毀。
8月28日，蔣軍進占湖州。太平軍分別撤向廣德和孝豐。
8月29日，楊昌浚部攻占安吉，一路追殺，抵達孝豐，遭遇從湖州撤出的太平軍。楚軍聯合追擊，將太平軍逼到寧國。蔣益澧督率各部沿四安、梅溪殲敵一萬多名，解散幾萬人。左宗棠令衢州和嚴州的駐軍加強邊界防備，調王德榜、王開琳所部東返，扼守婺源。
9月3日，劉端冕部從寧國追擊太平軍，擊斃黃文金。太平軍餘部奔赴昌化，分兵進軍淳安，其餘部隊西奔績溪。左宗棠派羅大春從臨安和於潛出兵，扼守昌化。羅大春部到達時，昌化駐軍劉光明所部已經與太平軍交手，羅大春揮師夾攻，太平軍敗走昱嶺關。進軍淳安的太平軍抵達蜀口，遭到黃少春、劉明珍各部攔擊，折損黃文英以下一百多名將士。