抗議什麼啊？
英國駐福州的代理領事賈祿，說左公對他接待不周，向駐京公使告狀了。
賈祿告什麼狀啊？我們對他挺客氣啊。
賈祿說，福建省對他的接待，和上海與廣東相比，存在失禮之處。他說左公對他行公文，沒有使用照會，而是用了劄件。還有，他來見左公時，左公沒有開門鳴炮。
還是這些雞毛蒜皮的事！他對此事不滿，這我知道，我也對他解釋過了。各省的將軍與督撫，給外國領事發公文，按照約定，都是用劄。我在浙江也是如此，到了福建還是如此。各國領事都認為很恰當，並沒什麼異議啊。廣東和上海究竟對他們用了什麼禮數，我一概不知。賈領事剛上任時，我給他發了一份劄件，問他有沒有輪船可以出租或出售。他對通商局的官員說，我用劄件是不對的，應該用照會。不應該稱他為“該領事”，而應該稱他為“貴領事”。他還說，上海、廣東都是用照會，領事去見將軍和督撫時，對方要開門鳴炮，為什麼福建不用這個禮節？通商局回答：浙江和福建向來遵約用劄，領事來見，從來沒有鳴炮開門的慣例。
外國駐我國領事的級別，相當於我國的道員，我堂堂兩省總督，給道員一級的官員發公文，不用劄件用什麼？領事來見督撫，是下級見上級，為什麼要開門鳴炮？外國列強貪得無厭，不懂中國的禮法，那些沒骨氣的人，唆使他們得寸進尺，無所不為。既然雙方簽了條約，那就按條約辦事嘛，除此之外，不能通融，否則我們越謙卑，他們越高傲。我會告訴總理衙門，如果英國公使再抗議，請他列舉具體事例，由我來一一回複！
7月14日，左宗棠盼來了慈禧的上諭。朝廷批準了設廠造船的請求。
左宗棠欣喜若狂，立刻著手籌備造船廠的建設。
9月19日，他帶著法國顧問日意格來到福州羅星塔。
這裏就是馬尾山了。好幾個西洋人跟我說過，山下那片空地適合興建船廠。
左大人，他們說得對啊。這裏真是好地方！我看就這裏最合適！
不錯，還是專家有眼光！事不宜遲，立即著手製訂設廠造船的計劃吧。
戰爭與和平
慈禧批準了左宗棠開設造船廠，但西北的戰爭，令她時時想起身在東南的左宗棠。她需要一名鋼鐵般的大帥，去指揮鎮壓撚軍和回民起義的戰爭。
9月25日，慈禧頒下上諭，令左宗棠調任陝甘總督，立刻到西北上任。
慈禧的命令，左宗棠不能不執行。但他真是舍不得離開福建。造船事業剛剛起步，八字剛有了一撇，廠址剛剛選好，正在與德克碑和日意格擬定規章條約。在這個關鍵的時候，他能撒手不管嗎？
而且，他已經在福建試行經濟改革，要徹底革除福建鹽政的弊端。試行票運一年來，鹽政收入比以前增加了三倍，好不容易堵住了朝廷裏反對派的嘴巴，他還打算推行進一步的改革。
對於福建的軍隊和官員，他也在逐步進行整頓，提出了減兵並餉的辦法，就要動刀子了。
但是，西北的軍情，容不得他告別戎馬生涯。10月23日，撚軍分為東、西兩支：東撚軍由賴文光領導；西撚軍由張宗禹領導，進入陝甘，以聯絡回民軍。在這種形勢下，甘肅的回民起義蓬勃發展。
怎麼辦？造船事業不能半途而廢，必須找一個能幹的誌同道合者來接手。10月31日，他奏請林則徐的女婿沈葆楨出任船政大臣。沈葆楨剛剛回家丁憂，左宗棠三顧茅廬，敦促他接任。
他想把福建的事務安排妥當以後再啟程，向慈禧請求延緩行期。即將離任的閩浙總督日夜操勞，精心籌畫，推進改革，心力交瘁。
左宗棠還有一件事情放不下。福建管轄的台灣島，是一個沿海重鎮，必須加強防務。他要把最信任的人派到島上。他令吳大廷出任台灣道，劉明燈出任台灣鎮總兵。11月11日，他上了一份折子，專門討論台灣的軍事部署。
台灣駐軍，應該按照台灣設郡之初的規定，三年換防一次。應該給台灣道增設一支直屬部隊，以增強道員的權力。還要建立道員監察駐軍的製度，用文官來監督部隊，以杜絕武官對上的欺瞞，督促部隊操練和防守。文官與武官互相維護，又彼此製約，才能嚴肅軍政。自從洋人入駐要口以來，遊曆內山，熟悉了形勢。如果我們不去管好，被洋人占領了，就會後悔莫及。
左宗棠擔心造船的經費。製造輪船是由他創議的，他要把經費全部落實，才能安心。他向慈禧表達一個決心：雖然我奉旨調到了新的崗位，但我決不會因為軍餉缺乏，就隻顧西征，而不顧輪船經費的統籌。
11月23日，左宗棠交卸閩浙總督官印，隨即進入軍營料理軍事，準備啟程西行。
左宗棠此時離去，心裏多少踏實了一些。船局規模已經粗定，購買機器和船槽的人已經到了國外。求是堂藝局已經開設，正在挑選聰穎的子弟入學，學習英法語言文字、算術、繪圖法，以備使用。
外國職員日意格等人得知左宗棠將要離開福建，都不免擔心船局的未來。左宗棠給他們吃定心丸子：我會一直關注船局的進程，我們製訂的政策不會改變，繼任者會保持政策的連貫性。
左宗棠製訂《船政章程》十條和《藝局章程》八條，呈上清廷。
學習造輪船，不僅僅是為了製造輪船，而是要全麵掌握製造和駕駛的技術；不但要求一兩個人懂得製造和駕駛，還要推廣，使中國人的才藝日益提高，互相教學製造與駕駛，長久傳習下去。藝局就是為此而開，挑選穎悟的少年子弟學習外國語言文字，閱讀外文書籍，研究西洋算學，讓西洋技術在中國傳播。
造輪船，是為了擁有得力的水師，保證輪船不為敵人利用。沿海水師尤其需要進行實力訓練，現在就要開始籌劃。
12月11日，左宗棠與日意格、德克碑最後敲定船政局的規劃。船政局包括以下設施：
工廠一座。功能：製造所需機器；
船廠一座。功能：修造船舶；
船政學堂一所。功能：培養造船人才和駕船人才；
船槽、鐵廠各一座。功能：修船和煉鐵。
雇用外國工匠造船製器，培訓中國工匠，訓練藝童。
左宗棠奏調胡光墉等五人，派給船政大臣沈葆楨差遣。這些人都是左宗棠為船政局挑選的骨幹。
兩宮太後明鑒：我離開福建以後，船局的洋人職工可能失去信心。洋人素性多疑，很難在短期內取信於他們。在事業開辦之初，必須堅定他們的信心。應該首先給這些西洋的合作夥伴吃顆定心丸，向他們聲明：以後船政局遇到需要向朝廷奏告的大事，仍然由我與沈葆楨會銜奏報，這樣他們就不會遲疑了。
11月23日，左宗棠出駐行營。挑選所部三千人從征，留下七千多人分別駐紮福建的各個郡縣。他起用劉典幫辦陝甘軍務，從湖南招募舊部三千人到漢口會師，再次提出組建戰車營和開辦屯田，請求戶部指定各省協助甘肅的實餉。
福建士民聽說左宗棠將要西行，聯名參謁巡撫，請求他代百姓呼籲，留下左大人。清廷降下溫旨（語氣溫和的紅頭文件），同意暫緩左宗棠的行期。慈禧說：大家如此愛戴左總督，等到甘肅戰事平定以後，朝廷還可以派他到福建來呀。
12月9日，左宗棠即將就道，進城辭行。士民再三挽留，請願的人擁塞了街巷。於是左宗棠再留幾天。
12月16日，左宗棠終於啟行，離開福州。
他離開以後的第七天，福州船政局在馬尾動工興建。船政局的求是堂藝局開學。中國的
第一個造船廠破土動工，中國的第一批船政人才開始啟蒙。
12月30日，慈禧批準了左宗棠的船政局規劃、資金籌劃和人事安排，說了很多誇獎的話。慈禧保留了他幹預福建船政的權力，遇到大事，他可以會銜上奏。
這一年，中央對左宗棠的考核再次定為異等。政績優異，軍功卓著。
構想建設兵團
左宗棠一行從江西取道湖北，於1867年1月11日在途中接到詔書，令他暫勿進京陛見，立即馳赴甘肅督辦軍務。左宗棠當上封疆大吏之後，還未曾有過進京麵聖的機會，這一次的機會又失去了。
1月21日，再奉上諭：張宗禹的西撚軍攻入陝西，著左宗棠從湖北進入陝西，先攻撚軍，再入甘肅鎮壓回民軍。
1月28日，黃州到了。賴文光和任柱的東撚軍已分兵攻進湖北，震撼了漢口、黃州與德陽。湖北巡撫曾國荃分派部隊抵禦。曾國藩從前線告病，返回兩江總督任上，李鴻章代他指揮軍事。
1月31日，左宗棠抵達武昌，在漢口後湖紮營，集結部隊。
2月5日，清廷命左宗棠督辦陝甘軍務。
左宗棠在漢口等待部隊集結，於2月14日上奏，全麵提出西征方略，用八個字概括：先撚後回，先陝後甘。
中原形勢比關隴更為重要，鎮壓撚軍比鎮壓回民軍更為急迫，所以應該首先肅清腹地，再進兵西陲，這樣我這支外省軍隊才會沒有後顧之憂，不至於餉道梗阻。西進問題，首先要肅清關外的造反軍隊，才能進軍陝西，然後肅清陝西的造反軍隊，才能進軍甘肅。到了甘肅，則要鎮壓各路造反部隊，才可在蘭州駐軍。此後餉道常通，部隊行軍沒有障礙，就可以專心於攻占，而不會受到牽製。應該看到，兵力尚未集結，騎兵尚未訓練，屯田還沒有進行，戰車營也沒有設立，懇請朝廷不要催逼太緊，假以時日，才有把握平定西陲。
同一天，左宗棠奏調廣東提督高連升率所部西征。劉典已授甘肅按察使，左宗棠奏請改賞他為京卿，幫辦陝甘軍務，推薦贛南道張嶽齡率所部三營取代甘肅按察使。
同時，左宗棠在漢口設立陝甘後路糧台，由道員王加敏總管，以轉運軍械糧餉。
對於左宗棠的奏請，清廷予以批準。這時，陝甘總督楊嶽斌已請病假，而甘肅的回民起義更加高漲。陝西巡撫劉蓉解任，留在原地攻擊撚軍，作戰不利，清廷嚴旨斥責。左宗棠上疏：楊嶽斌和劉蓉都處境不利，但他們在任時間已久，我的的才力並不能超過這兩人，請求朝廷在我未入關之前，仍令楊嶽斌和劉蓉全力支持，使我得以從容部署，與兩位大臣殫誠竭慮，以緩解朝廷的西顧之憂。
這道奏疏呈上之後，劉蓉已罷官回家，楊嶽斌則加緊請求返鄉。
2月22日，清廷上諭，任命左宗棠為欽差大臣，督辦陝甘軍務，令寧夏將軍穆圖善暫代陝甘總督。左宗棠逐步創製獨輪炮車，派人到北口購買戰馬，募集吉林的獵戶組建騎兵隊，奏調滿洲鑲紅旗佐領喜昌訓練騎兵。