白彥虎的部隊繼續西進，襲擊安西，抵達敦煌。
朝廷急迫地催促金順出關。金順請求率領幾營兵力先行。朝廷要求左宗棠為他籌辦糧草和運輸。
然而，當時正是青黃不接的時候，左宗棠到哪裏去籌金順每月所需的三十多萬斤的糧食和九萬多斤的草料呢？戈壁灘沒有水草，騾馬無法擔負運輸任務。駱駝怎麼樣呢？需要八百隻，一時難以找齊。如果全軍出關，駝隻還要增加幾倍。從涼州運到甘州，再從甘州運到肅州，路程九百多裏，單是關內運輸所需的車輛和騾馬，一時也無法湊足數量，更不要說關外運輸所需的駱駝了。
左宗棠答複清廷：全軍出關，應該緩行，金順先帶幾營出關，也無必要。我並不擔心金順全軍出關會減少圍攻肅州的兵力，隻是擔心他倉促成行，勞費太大，對戰事無益有害。應該等到八月份，新駝到達肅州，新糧已經上市，那時候肅州必定已經攻克，金順全軍陸續向西開進，在玉門短時修整，然後直指安西和敦煌，形勢非常有利。仲秋出關，期限雖然推遲了兩個月，卻是對大局負責的辦法。
這份奏折分析得頭頭是道，慈禧準了他的折子。
9月4日，左宗棠的長子左孝威病死於家中，左宗棠遭到巨大的打擊。
孝威此病，是因孝順而起啊。夫人在世時，他割下臂肉為母親做藥引，埋葬母親之後，到蘭州看望我，途中得了疾病，回家後一病不起。臨終時神誌十分清醒，真是令我哀痛！這孩子天性孝順友愛，心中沒有算計，誌向堅定，老天為什麼這麼早就把他收去了呢？聽說湖南巡撫將他的孝行奏告朝廷，有旨加以旌表，也算是一點安慰吧。
馬文祿看見了左宗棠
肅州久攻不下，左宗棠知道，他該去肅州了。那裏是西征大本營，遲早要去的地方。1873年9月10日，率領親軍從蘭州動身西行，路上走了二十三天，於10月3日抵達肅州。
左宗棠到達時，金順已在城東北開地道填濠，與各部約定日期，發起總攻。
10月4日，左宗棠繞城走了一圈，巡視長濠。馬文祿登城了望，看見左大帥的旗幟，倒吸一口冷氣，感覺到離死期不遠了。第二天派人參謁徐占彪，請求投降，領兵出關殺敵，以報效朝廷。
左宗棠接到徐占彪的報告，搖搖頭，沒有說話。
大帥來到肅州，靜默無聲，是更大的壓力。
10月6日，中秋節，徐占彪和楊世俊令部隊填濠登城。守軍發炮轟擊，炮彈和石頭如雨點般砸下，攻擊受阻。
10月7日，徐占彪一聲令下，東北城牆下地雷爆炸，宋慶手下的將領張林冒著槍彈和石頭衝鋒，率先登上城牆，被守軍擊斃。攻擊部隊稍稍退卻，守軍很快將缺口堵上。
第二天，徐占彪和楊世俊下令在西南城牆下開挖地道。10月10日，所有地雷同時引爆。守軍在城牆上開鑿深坑，布下伏兵。楊世俊揮刀殺上城牆，中彈陣亡。徐占彪上陣，命令軍士發動更猛烈的攻擊。部隊衝上去，立刻有五百多人負傷。左宗棠下令停止攻擊。
崑山，肅州是一座大城，工事堅固。我軍仰攻，傷亡太大，可惜了這些精銳啊。馬文祿跑不掉了，就讓他多活幾天。令部隊增修濠壘，將馬文祿困死！
10月24日，金順從東北缺口登城，占領城頭，紮下軍營。從此城內老弱陸續出來投營。
10月30日，劉錦棠的老湘軍從西寧開到，駐紮城南。攻城部隊齊聲歡呼，守軍膽顫心驚。
11月4日，馬文祿隻身出城，參謁左宗棠，請求招撫。左宗棠說：馬文祿罪在不赦，必須繳出全部馬匹和武器，分別造出本地回民和外來回民的戶口冊，呈交官軍。
馬文祿上次受撫時，城內還有三萬多名漢民。到現在，多數已先後被他殘殺，隻剩下男女幸存者一千一百多人。馬文祿先將外地回民造冊，分批放到城外，這些人來自關外沙州、甘州、西寧、河州與陝西。左宗棠將他們安置在廢堡之內，將一千五百七十三名好戰者登記下來。
11月12日，左宗棠下令，將馬文祿以下九人處以磔刑，將那一千五百七十三名外地回民處死。清軍各部奉命分路入城。當晚，斬殺四千多名本地回民，解散九百多名老弱婦女。
肅州戰事結束，文官武將紛紛要求派飛馬高舉紅旗向朝廷報捷。左宗棠不許：有一點戰功，就大肆鋪張，那是驕奢輕狂的萌芽。有德者在一方平定時，憂慮更甚。表麵的安寧，必然掩蓋著深層的問題啊。還是按常規陳述戰況，向朝廷奏報吧。
此事風傳開來，人們頗感詫異。左大帥是怎麼回事？如此沉得住氣？慈禧聽到消息，也有所不解，連忙垂詢：左卿不願紅旗報捷，難道有什麼顧慮？
此次親臨前敵，督飭將士，克複堅城，關內一律肅清，朕心實深喜悅，自應特沛殊恩，用昭懋賞。左宗棠著以陝甘總督協辦大學士。該大臣前經賞給騎都尉世職，並著改為一等輕車都尉世職，欽此。
左宗棠一到立功受賞的時候，就會想起已經去世的劉鬆山。斯人已逝，軍功章卻都有他的一半。
伏念劉鬆山忠勇絕倫，為世名將。前由豫省轉戰陝北，撫用降人，徑趨靈州、吳忠堡，直逼金積，力扼賊吭，深陷重險，百戰百勝，雖遇伏捐軀，而毅魄英魂，猶足寒梟雄之膽。隴事轉機，實肇於此。該提督身後，兄子道員劉錦棠接統舊部，力著戰功。靈州既平，複立平湟偉績。此次臣赴肅州，即簡銳卒赴甘州聽調。肅州首要各逆殄除，實資其力，亦何莫非劉鬆山遺烈也。臣維劉鬆山報國之誠，每一追思，猶為隕涕，合無仰懇天恩，準將賞加微臣一等輕騎都尉世職，合之劉鬆山原得之三等輕車都尉世職，照三河殉難撫臣李續賓例，追賞劉鬆山，令其嗣子鼒承襲，感荷鴻慈，實無既極。
左宗棠的這番謙讓和追思，既是為了死去的劉鬆山，也是為了活著的劉錦棠。慈禧上次沒有允從他轉讓賞賜，這一次卻順從了他的意思。
陝甘的戰事結束了。朝廷用於陝甘的巨大開支到底值不值？這個問題是不說自明了。但是，左宗棠要做清白人。軍事結束了，軍費的實際開支，必須得到朝廷的認可。自從進入陝西以來，直到攻克肅州之前，龐大的軍費從他手裏經過，開銷出去，他必須向朝廷報銷，以免將來說不清楚。朝廷知道他非常儉省，為了接濟百姓，還把軍費用於地方的賑災和教育事業，決不會跟他計較。但左宗棠辦事，喜歡一清二白，想把這個時期的賬目做個了結，甩掉賬務的包袱，輕裝上陣，開始收複新疆。
慈禧自然沒有異議，同意將陝甘的軍費開支報銷存檔。