內藤晚年在瓶原村講學時，還經常向學生們稱讚沈曾植的學問。
夏曾佑（1863—1924）寫有《中國曆史教科書》，這部1902年寫成的著作，是中國第一部用進化論觀念寫成的通史著作，打破按朝代編年記事的傳統寫法，第一次將中國曆史分成“上古世”（包括草昧的傳疑時代至周末）、“中古世”（秦至唐）、“近古世”（宋至今）三階段。內藤的“中國史三分法”是聞名日本及歐美中國學界的史學理論，它濫觴於1907年在京大首設“東洋史概論”課程，後來在京大講壇上經過多年的不斷完善。它也是把中國曆史分為“上古”（自開天辟地至東漢中期，其中盤庚遷殷之前，為神話傳說時代，殷遷都後始為信史）、“中古”（東晉至唐末）、“近世”（宋至清）三期，三期之間又有兩個“過渡期”。他們對於中國史的劃分，在關於“三分法”、上古時代的不可確信及近世的開端等問題上，頗有相似之處。內藤於1902年會見過夏曾佑，對他的學問、著作多有褒讚，內藤的學生、著名東洋史家神田喜一郎回憶說：“對於中國人寫的支那古代史，內藤先生高度評價夏曾佑的《曆史教科書》。我在京都大學學習時，其它的書籍不多，但先生因推崇夏氏的識見，總是勸勉我們一讀夏氏之書。”
內藤“三分法”與夏氏之書的關係，是介紹、研究內藤史學的人都未能注意到的，很值得進一步比較、研究。
曹廷傑（1850-1926），湖北枝江人，在東北地區任吉林知府等地方官三十餘年。針對俄國侵攘我國東北疆土的侵略行徑，他曾親臨邊境悉心査訪，搜集大量有關東北邊境的資料，對“明奴爾幹永寧寺碑”的查訪、拓製、研究尤堪稱道，前後編成《東北邊防紀要》、《西伯利東偏紀要》、《東三省輿地圖說》三書，是清末民初東北史地研究的重要學者。
內藤在1899年第一次中國行時，就在上海買過曹廷傑的《西伯利東偏紀要》，1902年第二次中國行時，在與沈曾植同遊北京琉璃廠書店時，竟邂逅曹廷傑，此後兩人多有互訪。以此為契機，1903年內藤寫成《明東北疆域辨誤》一文。1908、1912年內藤來中國時，都曾專門訪會曹廷傑，請教有關問題，內藤稱他為“精通吉林掌故之第一史家”。
劉鶚（1857—1909）是中國最早收集甲骨，並作成第一部甲骨著錄書《鐵雲藏龜》的人。內藤與劉鶚結識於1902年，在北京劉鶚的寓所，內藤見到了桌上攤放著的甲骨文片，並觀看了劉鶚作拓片的過程。這是內藤第一次見到甲骨片，他因而也可能是世界上第一個見到甲骨文片，並聽取中國學者對甲骨文字見解的外國人。他在此後的回憶中說當時我由報社派出，無心顧及這樣的閑問題，隻覺得是珍貴的東西，但沒有什麼研究。後來，內藤利用、研究甲骨文的成就，已如上述。此外，內藤還向劉鶚借閱《學海類編》、《雙溪醉隱集》、《島夷誌略》等典籍，雇人抄錄，帶回日本，以資研究。與劉鶚之交，正如內藤信中所言蒙寵招趨拜奉教，口飽旨酒嘉肴，眼飽古書珍器，真為入京以來第一福分也。
附帶說及，由於劉鶚的介紹，內藤還興致勃勃地欣賞了上海第一琵琶手盛月娥的演奏和昆曲狀元張五寶的演唱。
此外，內藤幾次來中國，還與嚴修、李盛鐸、董康、葉翰、王者馨等官僚兼學者的人物有過接觸與論學。他與中國大學者胡適雖未能實際謀麵，兩人在20年代初關於“章實齋年譜”的學術交往，也實為一段令人稱道的學壇佳話。