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上次說到劉裕平滅了“孫恩民變”，而就在劉裕為東晉政府拋頭顱灑熱血時，東晉政府的內鬥也達到了白熱化。
東晉當時的皇帝是司馬德宗，史書記載司馬德宗是個弱智，吃飯喝水都不能自理，大權自然旁落。國家的實際控製人是司馬德宗的親叔叔司馬道子，以及司馬道子的兒子司馬元顯。不過司馬道子父子也不是一手遮天，盤踞在長江中遊的荊州州長桓玄就和司馬道子父子不對付。這個桓玄的老爸就是曆史上那個說出“不能流芳百世，也要遺臭萬年”的鼎鼎有名的大人物桓溫，曾經出任東晉政府的大司馬，還差一點篡奪了東晉的江山。桓玄雖然沒有老爸桓溫的能力和氣魄，但篡位的野心可是比他老爸有過之而無不及。
桓玄和司馬元顯都想攫取東晉帝國的絕對權力，慘烈的政治鬥爭不可避免，最終隻能靠內戰來解決。公元402年，司馬元顯以皇帝司馬德宗名義下詔書宣布桓玄的罪狀，任命司馬元顯為驃騎大將軍，全國剿總司令，征討桓玄。並任命劉牢之為前將軍，擔任前鋒大都督，率領“北府軍”，一起討伐桓玄。司馬元顯算盤打得不錯，和******用地方軍閥打擊另一個地方軍閥的思路如出一轍。
劉裕當時就是一個武將，沒太多想法，向劉牢之請戰，決心一舉平滅桓玄，護衛皇家。但此時劉牢之的心態卻起了變化，劉牢之其實和桓玄一樣，都是地方實力派，司馬元顯借助劉牢之之手平滅桓玄，讓劉牢之起了“兔死狐悲，唇亡齒寒”之心。劉牢之兒子劉敬宣勸劉牢之提防桓玄，說桓玄就是當代的董卓。結果劉牢之衝兒子咆哮道：“你說的那些普通常識，我難道不知道。擊敗桓玄當然不難，隻是平滅桓玄之後，叫我如何對付司馬元顯？”最終，劉牢之在桓玄和司馬元顯這兩個政治勢力中選擇投靠桓玄，並秘密派劉敬宣晉見桓玄投降。
劉牢之的陣前倒戈讓司馬元顯措手不及，軍隊瞬間崩潰，司馬元顯被桓玄抓住後毫無懸念地砍了頭，政治鬥爭就是這樣，不是你死就是我死，沒有第三個方案。桓玄當即被皇帝任命為丞相，全國各軍區總司令等一係列職位，完全替代司馬元顯，當了東晉帝國的實際控製人。
桓玄一坐穩位置，就拿劉牢之開刀了，讓劉牢之擔任會稽郡郡長（浙江紹興），以期把劉牢之調離“北府軍”駐地京口。劉牢之既驚又怒道：“一開始就奪我兵權，大禍就要到來了嗎？”並找劉裕商量：“我想北上和廣陵的高雅之彙合，起兵反抗桓玄，你能跟我一起去嗎？”劉裕說到：“將軍率數萬精銳投降桓玄，如今他名望以達巔峰，聲威震動天下，我們無論如何也和他不能抗衡。如果將軍執意要去，我當脫下軍裝，返回京口做我的老百姓。”劉牢之的外甥何無忌問劉裕：“我怎麼辦？”劉裕建議道：“依我觀察，你舅父難逃桓玄毒手，你不妨跟我回京口，如果桓玄尊奉皇室，我們就侍奉他，不然，我們再從長計議。”
劉牢之決心叛變，但手下將領大多不願跟隨劉牢之反叛，劉牢之知道自己已經對軍隊失去了控製，擔心反叛密謀已經被桓玄知曉，於是逃亡，並在逃亡途中精神崩潰而上吊自殺。