可惜好景不長，李自成的軍隊進入北京之後，就開始了對明朝官員沒收家產、追繳贓款的行動，很多明朝官員身受酷刑甚至被折磨至死，吳三桂的父親吳襄也被嚴刑拷打。這個消息傳到吳三桂耳中，他十分氣憤，於是秘密率兵返回山海關，準備向李自成報複。吳三桂知道，如果自己去北京，免不了也和父親一個命運，那還不如另謀出路，為父親報仇。
但他背叛李自成，馬上就陷入了腹背受敵的命運，南邊是李自成的農民軍，北邊是清軍，憑他的實力，無法和這兩支力量抗衡，於是，吳三桂在不得已的情況下，投降了清朝。
不過，他當時是有所保留的，他與多爾袞進行接洽的時候，是以明朝臣子的身份，請求清軍幫助他報國恨家仇，剿滅農民軍，而且要求多爾袞入關之後，輔佐明朝的皇太子登基，並且不允許清軍從山海關入關，把這個重要關口牢牢控製在自己手裏。
可能有人會覺得吳三桂提出的讓多爾袞擁立明朝皇太子登基的想法是幼稚的甚至可笑的，但是實際上，清軍雖然多年與明朝作戰，但一直都沒有放棄講和，而且多次表示願意接受明朝的統治，隻是想做東北的主人而已。所以，吳三桂才會覺得，清軍不過是和自己一樣，都是明朝的臣子，他認為，清朝就像唐朝那些割據的藩鎮一樣，所以才提出要輔佐太子登基的條件。多爾袞對此滿口應承，並且馬上派兵，在山海關附近和吳三桂聯手擊敗了李自成。
隨後，清軍馬上大舉入關，占領了北京，可是，多爾袞並沒有遵守先前的諾言擁立明朝太子登基，反而把清朝的小皇帝順治搬到北京君臨天下。吳三桂與多爾袞訂立的契約是秘而不宣的，所以吳三桂吃了一個大虧，雖然報了家仇，但是國恨卻並未得報，反而是他引清軍入關這一事實讓他背上了漢奸的罪名。後來，多爾袞等清朝統治者又有意利用吳三桂，讓他去追繳明朝的殘餘勢力，吳三桂親手殺了明朝的桂王，讓漢奸這個名聲坐實了。
從吳三桂本人來說，他在明朝滅亡之後，先降李自成，後投靠清朝，都是迫於形勢，畢竟不是每個人都可以像文天祥那樣以身殉國，生存還是亂世中難得的權利，吳三桂去爭取生存權，這件事本身是不應受到太大指責的。可是，他卻被多爾袞蒙騙，恢複明朝江山的願望沒有達成，自己還落得一個漢奸的罪名，但他在清朝也獲得了極高的地位，為了自己的現實利益，他沒有澄清，也無法澄清，反而隨波逐流。更可悲的是，他的投降，對清朝來說，隻不過是錦上添花，而不是雪中送炭。他的投降舉動沒有對曆史產生任何有效的影響，隻是讓清軍入關更為順利。可是，深受民族主義熏染的漢族文人們，卻不能原諒吳三桂的投降，他們認為異族統治中原完全是吳三桂的罪過，把所有的怒火都發泄在了他的身上。對清朝統治者來說，他們也願意為自己找一個替罪羊，因為這樣就可以減輕他們被漢人仇視的程度，更利於他們的統治了。於是，在漢族士大夫與清朝統治者的合力設計之下，吳三桂背負上了無數惡名，甚至被描寫成了一個因為爭風吃醋而不顧民族氣節的敗類。
回過頭來看，吳三桂之所以要投降清朝，一來是因為他自己要爭取生存的權利，二來是明朝已經無力回天，無法找到一個可以替他報國恨家仇的力量，所以他隻能把清軍作為合作者。作為合作者，多爾袞依靠當時的形勢利用了吳三桂，但是並沒有給予吳三桂他所承諾的那些條件，反而繼續欺騙吳三桂，而且在漢人麵前突出吳三桂的漢奸形象，讓吳三桂無路可退。最後，吳三桂作為一個孤立的人，無法扭轉形勢，也無法盡自己的力做光複明朝的事，隻好任由多爾袞擺布。
在形勢出現壓倒性優勢的時候，如果想要利用這個形勢來盡自己的一點人事，恐怕不大容易。吳三桂過於天真，以為多爾袞會信守承諾，結果，他失敗了。
就在這三對關係的相互作用之下，明朝滅亡，清朝建立了。如果沒有皇太極設計殺掉袁崇煥，那麼明朝的邊患也許不會那麼嚴重，如果邊患沒有那麼嚴重，也許明朝會有更多的力量來應付李自成的起義軍，那麼明朝也許就不會滅亡，如果明朝不滅亡，那麼吳三桂就無法以一個總兵的身份引來清軍入關。
這三組一環扣一環的關係，結成了一個六邊形，而這個六邊形，就是明清之際曆史的走向。