特指明清中央行政機構中直接對皇帝負責的吏部、戶部、禮部、兵部、刑部及工部。漢光武帝劉秀在尚書台設三公、吏部曹、民曹、客曹、二千石曹、中都官曹等六曹尚書，為六部前身。西晉時，有吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹，屬尚書省。南北朝亦有六部，然名稱因王朝而異。隋初六部名為吏部、禮部、兵部、度支、都官及工部。至唐代改度支為戶部，改都官為刑部，遂成吏、戶、禮、兵、刑、工六部，統於尚書省。宋代因之。元代改統於中書省。明代廢中書省，六部乃直接對皇帝負責，成為主管全國行政事務的最高機構。各部置尚書一人，總管本部政務，下有左右侍郎各一人，為尚書之副。清代於天聰五年(1631)仿明製設六部。初以貝勒(親王、郡王)分別總理各部部務；各設滿洲、蒙古及漢承政、參政、啟心郎、額哲庫等官。順治元年(1644)，停貝勒總理部務；並改承政為尚書，參政為侍郎，理事官為郎中，副理事官為員外郎，額哲庫為主事；啟心郎未改，至順治十五年裁。雍正元年(1723)以後常以大學士兼管各部，尚書以下各官時有增減。據光緒朝《大清會典》及《曆代職官表》記載，清代各部職官設有：尚書(從一品)、左右侍郎(正二品)、郎中(正五品)、員外郎(從五品)、主事(正六品)以及堂主事、司務、筆帖式、七品小京官等。六部職掌，明清略同，各部下轄諸司及官屬，則有出入。
吏部吏部為管理文職官員的機關，掌品秩銓選之製，考課黜陟之方，封授策賞之典，定籍終製之法。吏部下設四司：明清為文選清吏司、驗封司、稽勳司和考功司。文選清吏司掌考文職之品級及開列、考授、揀選、升調、辦理月選。驗封司掌封爵、世職、恩蔭、難蔭、請封、捐封等事務。稽勳司掌文職官員守製、終養、辦理官員之出繼、入籍、複名複姓等事。考功司掌文職官之處分及議敘，辦理京察、大計。
戶部戶部掌全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。其內部辦理政務按地區分工而設司，明十三司：河南、山東、山西、陝西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川、福建、雲南、貴州。清增江南司，為十四司。各司除掌核本省錢糧外，亦兼管其他衙門的部分庶務，職責多有交叉。除以上各司外，清還設有掌管八旗事務的八旗俸餉處及現審處。隸於戶部的機構有:掌鑄錢的錢法堂及寶泉局；掌庫藏的戶部三庫；掌倉儲及漕務的倉場衙門。
禮部禮部掌典禮事務與學校、科舉之事。考吉、嘉、軍、賓、凶五禮之用；管理全國學校事務及科舉考試及藩屬和外國之往來事。禮部下設四司，明清皆為：儀製清吏司，掌嘉禮、軍禮及管理學務、科舉考試事；祠祭清吏司，掌吉禮、凶禮事務；主客清吏司，掌賓禮及接待外賓事務；精膳清吏司，掌筵饗廩餼牲牢事務。四司之外，清設有鑄印局，掌鑄造皇帝寶印及內外官員印信。會同四譯館，掌接待各藩屬、外國貢使及翻譯等事。