兵部明職掌全國軍衛、武官選授、簡練之政令。清職掌全國綠營兵籍及武職官員的機構。職掌內外武職官員的除授、封蔭之典，乘載、郵傳之製，甄核、簡練之方，士籍、軍實之數。兵部下設四司：武選清吏司，考核武職官員的品級與選補、升調、承襲、封贈諸事，並管理土司；車駕清吏司，掌全國馬政及驛傳等事；職方清吏司，掌武職官員的敘功、核過、撫恤、軍旅之簡閱、考察、巡防等事，並管理關禁與海禁；武庫清吏司，掌全國之兵籍、軍器並武科考試之事。此外，清設稽俸廳，掌稽察武職官俸；會同館，管理京師驛傳事務；捷報處，掌遞送文書。
刑部刑部為主管全國刑罰政令及審核刑名的機構，與督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最後審理和複核，共為“三法司製”。刑部的具體職掌是：審定各種法律，複核各地送部的刑名案件，會同九卿審理“監候”的死刑、案件以及直接審理京畿地區的待罪以上案件。刑部的內部組織機構的設置是按省設司，明為十三司，名稱與戶部諸司同。清增加直隸、奉天、江蘇、安徽四司，為十七司。清刑部各司除分核本省刑名外，職掌他省及衙門的部分文書收發和某些日常政務。此外，清設督捕司，掌督捕旗人逃亡事；秋審處，掌核秋審、朝審各案；減等處，掌彙核各省及現審各案之遇赦減等事；提牢廳，掌管獄卒，稽察南北所監獄的罪犯，發放囚衣、囚糧及藥物等；贓罰庫，掌收放現審案內贓款及沒收各物件，並保管本部現銀及堂印；贖罰處，掌罰罪事；律例館，掌修訂法律。
工部工部為管理全國工程事務的機關。職掌土木興建之製，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寢供億之典。凡全國之土木、水利工程，機器製造工程(包括軍器、軍火、軍用器物等)，礦冶、紡織等官辦工業無不綜理，並主管一部分金融貨幣和統一度量衡。明清工部下設四司：營繕清吏司，掌宮室官衙營造修繕；虞衡清吏司，掌製造、收發各種官用器物，主管度量衡及鑄錢；都水清吏司，掌估銷工程費用，主管製造詔冊、官書等事；屯田清吏司，掌陵寢修繕及核銷費用，支領物料及部分稅收。除四司外，清設有製造庫，掌製造皇帝車駕、冊箱、寶箱、儀仗、祭器等；節慎庫，掌收發經費款項；料估所，掌估工料之數及稽核、供銷京城各壇廟、宮殿、城垣、各部院衙署等工程。