武後參與朝政的第三年，即公元662年春天，在她的建議下，唐高宗下令改變百官和衙門名稱：原來三省中的門下省改為東台，中書省改為西台，尚書省改為中台；三省長官也相應改了名稱；侍中改稱左相，中書令改稱右相，尚書仆射改稱匡正；尚書左、右丞改為肅機。六部尚書也改了名，吏部改為司列，戶部改為司元，禮部改為司禮，兵部改為司戎，刑部改為司刑，工部改為司平；各部尚書改為太常伯，侍郎改為少常伯等等。據說這些官名、衙名都是由武後自己擬定的。衙門、官名雖已改變，但其職能依然如故，它本沒有什麼特別意義，隻不過表麵上給人氣象一新之感。
武後參與朝政不久，還曾一度和高宗產生了一些矛盾。《通鑒》卷二百零一記載說：
初，武後能屈身忍辱，奉順上意，故上排群議而立之；及得誌，專作威福，上欲有所為，動為後所製，上不勝其忿。
這大概是由於高宗多病，武後又辦事幹練，有很多政事沒有請示高宗，自己就擅自處理了，所以高宗認為武後“專作威福”。
另外還有的史籍所記與此略有不同，說武則天立為皇後，“已得誌，即盜威福，施無憚避，帝亦儒昏，舉能鉗勒，使不得專，久稍不平”。這條史料與上述那條有所不同。是說高宗“儒昏”，處理朝政不如武後那樣英明果斷，因此高宗處理朝政而“使不得專”，受武後掣肘，時間久了，便忿然不平。這一情況也許是符合史實的，因為這時武後的地位已經鞏固，因常常參與軍國大事，政治地位變了，於是也變得不那麼溫良恭順，乃至於獨斷專行，因此招致了高宗的不滿。
不僅這時武後有些“專作威福”，就連由她所提拔的李義府也有恃無恐，變得越來越飛揚跋扈了，這也引起了高宗的反感。
李義府時任右相（中書令），主持官吏的選舉工作。他雖是被貶官後升為宰相，仍是惡性不改，在他改遷祖父墳墓時，周圍的七個縣令親自出馬，征調民間牛車，為他祖父載土築墳。其中高陵令不堪勞苦，累死在途中。在安葬時，他又興師動眾，七十裏長的路上人流相繼不絕。唐初以來，即使王公送葬也從沒有這種宏大的排場。李義府本無藻鑒官吏的才能，又怙武後之勢，專以賣官為事，銓序失次，人多怨憤。盡管他把選官事搞得烏七八糟，人們怨聲載道，但是百官還是畏懼他的勢力而不敢上言。時間久了，高宗也對李義府的一些醜事有所耳聞。
公元663年四月的一天，唐高宗從容地對李義府說：“聞卿兒子、女婿皆不謹慎，多作罪過，我亦為卿掩覆，未即公言，卿可戒勖，勿令如此。”