朱翊鈞生於嘉靖四十二年（1563年）八月十七日酉時。那時，他的兩位兄長早已死去，而弟翊鏐還未出世，是獨子，深得父親喜愛，意欲冊立為皇太子。
隆慶二年（1568年）春，張居正以內閣輔臣身份，向穆宗上《請冊立東宮疏》，建議及早冊立朱翊鈞為皇太子。他向皇上指出，太子是國之大本、君之儲貳，從來聖明帝王莫不預定儲位，表示對宗廟、社稷的尊重。張居正說，當初他在裕王府邸時，就知道皇子聰明歧嶷，睿質夙成。去年皇上登極之初，禮部官員就曾疏請冊立皇太子，而皇上以為皇子年幼，擬先賜名而後再冊立。本朝早立皇太子不乏先例，宣宗於宣德三年（1428年）立英宗為皇太子，時年二歲：憲宗於成化十一年（1475年）立孝宗為皇太子，時年六歲；孝宗於弘治五年（1492年）立武宗為皇太子，時尚未滿歲。現在皇子已六歲，伏望皇上於今春吉旦，早立儲宮之位，以定國本，以慰群情。
這一建議被穆宗采納。隆慶二年三月初八日，為了冊立皇太子，穆宗親自告於奉先殿。奉先殿即皇極殿，俗稱金鑾殿，在皇極門內，居中向南，金磚玉瓦，巍然屹立於須彌座台基上，南向，九間，是紫禁城內最大的建築物。殿中設寶座，四周環繞六根瀝粉金漆巨大蟠龍柱，頂上罩蟠龍井。這個莊嚴肅穆的宮殿是皇帝舉行隆重儀式的場所。爾後，穆宗派遣英國公張溶、鎮遠侯顧寰、駙馬都尉鄔景和、安卿伯張鋐等祭告郊廟社稷。
三月初九日，穆宗在皇極殿傳製：冊立皇子（翊鈞）為皇太子。命成國公朱希忠為正使持節，大學士徐階為副使，捧冊寶詣文華殿行禮。朱希忠，字貞卿，鳳陽懷遠人。嘉靖十五年（1536年）承襲父親朱鳳的爵位成國公，其後又掌五軍都督府事，是當朝的一位元老重臣。徐階，字子升，號少湖，一號存齋，鬆江華亭人，嘉靖二年（1523年）進士，曆禮部尚書、東閣大學士，嘉靖四十二年（1563年）取代嚴嵩為內閣元輔。世宗卒，穆宗立，他以顧命大臣仍為元輔。由他們二人作為正副使節，主持皇太子冊立典禮，顯示了穆宗對太子的珍愛。
冊立皇太子的冊文，是一篇典型的官樣文章，它以皇帝的口氣寫道：
蓋聞萬國之本，屬在元良；主器之重，歸於長子。朕恭膺景命，嗣托丕圖，遠惟右昔早建之文，近考祖宗相承之典，爰遵天序，式正儲闈。谘爾元子（翊鈞），日表粹和，天姿穎異。誕祥虹渚，夙彰出震之符；毓德龍樓，允協繼離之望。是用授爾冊寶，立為皇太子，正位東宮……
這一天，穆宗還頒詔天下。詔書中重申“預定儲貳，所以隆國本而係人心”的道理，表彰朱翊鈞“英姿歧嶷，睿質溫文，仁孝之德夙成，中外之情元屬”。還向臣民們表白，冊立皇太子實在是出於群臣的再三懇請。“昨朕嗣登大寶，文武群臣即以建儲為請，朕以子年方在幼衝，未之許也。茲者禮官複稽先朝彝典，疏懇至於再三。詢謀僉同，理難終拒，爰諏吉日，祗告於天地、宗廟、社稷，授冊寶立（翊鈞）為皇太子”。為了普天同慶，皇帝特地頒布“寬恤事宜”，除了對宗室子女、親王郡王及其他皇室親戚，還有兩京文官，在外文武官員，各邊將領及各處軍職人員，給予優惠外，還申明了對臣民們的皇恩：
自隆慶二年三月十一日以前，凡官吏軍民犯法，除真犯死罪，及驅騙侵欺錢糧等，罪在不赦外，其餘不論已發覺未發覺、已結正未結正，一概赦免；
浙江等處布政司，並南直隸、北直隸府州縣，隆慶二年份秋糧（農業稅），除漕運四百萬石外，其餘各存留地方者，減免十分之三；
南直隸、浙江原先派征藍靛、槐花、烏梅、梔子、紅花等染料，今後都準予免派，由工部召商買送織染局應用；