皇宮內，一些對馮保不滿的太監們也積極為朱翊鈞策劃，張鯨、張誠是東宮的舊太監，與朱翊鈞的關係也不一般，便乘機曆數他的罪過，請下令讓他閑住。朱翊鈞自幼就形成了懼怕馮保的心理，平常與小太監們一起做遊戲，見馮保來了，經常嚇得立即正襟危坐，口稱“大伴來了”。眼下他雖一心要除去馮保，但到了真的要動手時，又猶豫了起來，“要是大伴上殿來，我怎麼辦呢？”張鯨告訴他“既然有旨了，他哪敢再進來”。
朱翊鈞正與幾位貼心太監謀劃著，江西道禦史李植彈劾馮保的奏疏呈了上來。李植，字汝培，雲中縣人。他的父親李承式，從大同徙居江都，官至福建布政使。李植於萬曆五年（1577）中進士，初選為庶吉士，後改授禦史。萬曆十年（1582）冬天，張居正死了，而馮保依然大權在握，親近張居正的人總是通過徐爵與馮保勾結在一起。江東之的奏疏拔除了外廷與內臣的聯絡人。李植便乘勢向馮保這位幕後實力人物出擊。疏中開列了他十二條當殺的罪狀，手拿此疏，朱翊鈞興奮得都要跳了起來，情不自禁地說“我等這篇奏疏，已等得很久了”。
接下來的事情就好辦了。朱翊鈞先是任命張鯨以司禮太監兼署東廠，加強對文武百官和宮內太監的偵緝和監督，接著在李植的奏疏上批道：馮保欺君蠹國，本當重處，姑念他多年效勞，降為奉禦，安置於南京閑住，他的弟弟馮佑、侄子馮邦寧削去都督官職，下獄侯審，同黨張大受、周海、何忠等八人，貶為小火者，到孝陵司香。家產全部充公。幾天後，慈聖皇太後聽說馮保被趕出北京，遂問起此事，朱翊鈞推說“老奴隻是為張居正所惑，沒有什麼別的過錯，很快就將他召回”，她也就不再提了。
馮保一去，敢說話的人也就更多了，十二月十日，禦史李廷彥彈劾吏部左侍郎王篆貪縱不法；十二日，吏科給事中陳輿郊、陳燁論劾禮部右侍郎陳思育、太仆寺少卿於鯨，與馮保、徐爵朋奸，並有營私贖貨，縱宣淫欲諸不法行為；十八日，四川道禦史孫繼光、雲南道禦史向日紅與陳輿郊奏請起複吳中行等十餘名當年因議奪情而被削籍者的官職；十九日，兵科給事中孫瑋彈劾右付都禦史勞堪當年迎合張居正妄殺刑部侍郎洪朝選。奏疏一本本地呈進，朱翊鈞無不旨準，王篆等人一概勒令回籍或遣戍，吳中行等人一概起複，並且聲明，當時自己是一時誤聽，才導致降罰失中。
率先直麵論劾故相張居正的。是陝西道禦史楊四知，這位出生於江西鄱陽，籍貫屬河南祥符，萬曆二年的三甲進士，感受於朝中反張氣氛的日漸高漲，於萬曆十年十二月十四日也上疏開列了張居正的十二條罪狀，大抵上說他欺君蔽主、奢僭侈專、招權樹黨、忘親背禮。
不知是考慮到形勢尚未完全成熟，還是要故作姿態把自己打扮成一個仁君的形象，朱翊鈞下了一道很微妙的聖旨：我虛心委任張居正，對他寵待甚隆，他不思盡忠報國，而怙權行私，殊負恩眷，念他受先皇托付，侍候我於幼年，有十年的輔佐之功，姑且不予問罪，以全終始。至於疏中提及的同黨龐清、馮昕、遊七（即遊守禮），則下鎮撫司大獄。同時戒諭廷臣，各自省修職業，不必追提以往的事情。
朱翊鈞欲擒故縱、掩耳盜鈴的把戲，很多朝臣還是能心領神會的。次年正月八日，禦史張應詔劾南京刑部尚書殷正茂、總督兩廣兵部尚書陳瑞都向張、馮二人行過賄，十四日，禦史黃鍾論湖廣巡撫右副都禦史陳省與張有私情，十九日，南京刑科給事中阮子孝論張居正、王篆之子濫登科第，廿日，刑科給事中馮露、禦史韓國禎各劾總督陝西兵部右侍郎高文薦黨附馮保。朱翊鈞無不依奏予以罷職或除名。在此期間，工科給事中唐堯卿又提出：如今內黨盡去，而餘黨未拔，應下詔責成那些平日往來權門的人省改修職，朱翊鈞也予以采納。
在朱翊鈞的支持和操縱下，反張運動不斷地升級和擴大化。萬曆十一年（1583）三月，張居正官階被奪，潘晟被勒令閑住、張簡修除名，遊守禮論死，馮昕、胡守元遣戍。九月，雲南道試禦史羊可立指責他侵占前遼王的府邸和田土。次年三月，山東道禦史丁此呂的奏疏，更是別有用心。丁此呂，字右武，江西新建縣人，萬曆五年（1577）進士，由漳州府推官征授禦史。此人品德極差，喜歡投機占便宜，後以受贓被謫戍邊。他在奏疏中不但提出要追論張居正三個兒子科考時的主考、房考的過失，而且說張居正有謀逆之心，證據是已卯（萬曆七年，1579年）南闈的試題為“舜亦以命禹”，因為當今皇上別號禹齋，主考高啟愚之所以出此一題，又是因為張居正私宅正堂上掛有一副舜禹授受圖，舜禪讓於禹，豈不是張居正要禹亦以命張，謀逆之心已生，高啟愚以此獻媚嗎？頓時間。朝中掀起了一場軒然大波，凡與此案有瓜葛或與案中人有交往的無不恐懼不安。內閣與吏部的大臣知道事情的份量，他們竭力駁斥丁此呂的奏疏，指出諫臣言事多出風聞，如舜亦以命禹，是說的帝王相傳之道，至於禪讓之說不知出於何注疏，市井無籍之人，不顧經文旨意，肆言無忌，丁此呂身為言官，踵襲其說以害善良。慌亂之中，閣部大臣沒能想出很好的理由，為了息事寧人，試圖以舜禹禪讓為不經之說塞責過去。其實，受了十來年經筵、日講教育的朱翊鈞對於舜亦以命禹的含義與典故，自然是很清楚的，它不但包含帝王相傳之道，亦有聖賢禪讓之意。不過，他心裏還清楚，自己之所以取禹齋為別號，隻不過是效法那附庸風雅的皇祖父和皇父，因為皇祖父嘉靖皇帝除了自號天池釣叟、雷軒之外，還有一個別號為堯齋，皇父隆慶皇帝別號舜齋。他自信張居正不會有謀逆之心，應天南闈的試題當是暗頌兩朝。不過對張居正的仇恨，也使他有心大興一場獄案，將張居正剖棺戮屍。經大臣們的一再勸解，他雖然同意將丁此呂謫降外放，但還是將己卯應天南闈的主考官、現供任禮部尚書的高啟愚削籍為民。