南京的官員也不甘於寂寞。十二年（1584）三月，南京浙江道試監察禦史李一陽，指出南京工部尚書劉一儒與張居正是兒女姻親，南京光祿少卿王蔚、傅作舟又與劉一儒交往密切，三人遂被削去官籍。同月，江西道監察禦史商為正（1527-1602）、浙江按察僉事曹一旱，被南京山西道禦史田一麟論為奔走故相之門，而分別免職和消籍。
朝中反張運動的不斷高漲，一些地方上的官員、鄉官、藩府也聞風而動。影響較大的事情就有兩件，一是高拱《病榻遺言》的流傳，二是遼王次妃上疏鳴冤。
高拱自從當年被從首輔位上趕回老家後，一直在鄉間隱居，鑒於張居正權傾朝野，他表麵上未對張居正流露過不滿，王大臣案發生後，更是小心度日，閉門謝客，偶而與張居正通上一兩封信，張居正回鄉葬父途經新鄭時，兩人還見了麵，表麵上故人重逢都很喜悅。萬曆六年（1578），高拱死時，張居正又在朱翊鈞麵前替他說項，使他得以準複原職，給與祭葬，接著又應其弟之邀，為高拱作傳、作墓誌銘。但是，高拱的心頭怨恨和恥辱卻一日未削，臨終之前，他用了約一萬六千字的篇幅，把自己和張居正的恩恩怨怨全部記錄下來，取名為《病榻遺言》交與子孫保存，希望有朝一日能洗刷自己的恥辱，全文包括顧命紀事、矛盾原由、毒害深謀三部分。如今《病榻遺言》迅速流傳開來，很快就有人借此來做文章。萬曆十一年（1583）閆二月，朱翊鈞看到刑部錄進的王大臣案書，就要調原主審官來與馮保對質，幸虧首輔張四維提出事情已經過去十年了，現在重新提起恐怕會駭人聽聞，朱翊鈞方才作罷。
遼王次妃所告的冤案雖是隆慶元年的事情，甚至追溯起來還可上溯到嘉靖十六年（1537）前後，但卻引起了朱翊鈞極大的興趣，要抓住不放。那還是張居正小時候的事，在湖廣荊州有一個遼王府，第一代遼王就是太祖高皇帝的第十五個兒子朱植，傳到這時已是第七代，嗣王名叫憲火節，而張居正的祖父張鎮就在遼府任護衛，有了這層關係，兩家有些來往。當時張居正是個初出茅廬、名震荊州的小神童，憲火節因年幼又在喪中尚未正式嗣王，代理府中事務的母妃見兒子。他終日遊手好閑，少不得要拿張居正與他比較，要他向張居正學習，氣頭上還說過“你這樣不求上進，終有一天會讓張居正牽著鼻子走”，就此憲火節的心底便埋藏著對張居正的敵視。長大以後，張居正仕途順暢，隆慶元年時已做到內閣大學士，而憲火節嗣王後，因崇奉道教也深受世宗的寵愛，曾經給他賜號為“清微忠教”真人，並賜予金印。但是，隆慶皇帝登極後，罷齋醮，懲方士，憲火節自然也就失寵了，就在隆慶元年，禦史陳省彈劾憲火節種種不法行為，他的真人封號與金印被剝奪，次年，巡按禦史郜光先再劾他十三條大罪，結果被廢為庶人，錮於高牆之內，在此期間，張居正曾想治他一個謀反罪，並將不願加害憲火節的刑部侍郎洪朝選加罪下獄論死，這便是案情的大致經過。
朱翊鈞對遼王妃的禦狀感興趣，並不在於張居正是否迫害了他的皇族成員，而是疏中提到張居正強占親王祖業，盜侵王府金寶，使他對張家的貲產產生了強烈的占有欲。慈聖太後起初還想過問此事，但此時心中主要關心的是幼子潞王的婚事。對於皇家來說，本無恩義可言，在他們的眼裏，張居正、馮保都不過是家奴，用得著時，可以優禮相待，可以加官晉爵，封妻蔭子，賜田賞物，贈金給銀，用不著時，便可一腳踢開，便可無所不用其極。如今朱翊鈞告訴她“馮保、張居正家貲甚厚，籍沒可助大婚”，為了家族的利益，犧牲兩個家奴算得了什麼呢？她同意了朱翊鈞的行動。
在刑部侍郎丘耩、刑科給事中楊廷相、錦衣衛都指揮賈應魁的具體主持下，張居正在京師、江陵兩地的家產被查抄，因封門而被困在家中餓死的有十餘人，一切搜檢、拷問，應有盡有，由於抄家結果沒有達到期望的數目，又牽上了曾省吾、王篆、傅作舟三家。在嚴刑拷問之下，張敬修自殺了，懋修兩次自殺未遂，才留住一條性命。張敬修臨死前，留下一道血書，字字血，聲聲淚，仰天長歎“嗚呼！天道無知，似失好生之德，人心難測，罔恤盡瘁之忠。歎解網之無人，嗟縲絏之非罪，雖陳百喙，究莫釋夫譏讒，惟誓一死，以申嗚其冤鬱。”