從至元二年（1336年）至明洪武二十九年（1396年），正是日本處於南北朝的分裂時期。當時在封建領主統治下失意的武士，由於在國內沒有政治和軍事地位，便糾集一些奸人，棍徒和無業遊民，經常到中國沿海進行武裝騷擾和掠奪。因而給中國沿海各省的人民，造成了巨大的災難。曆史上將這些入侵的日本人稱之為“倭寇”。
從元朝開始，元政府就想徹底根除倭患問題。至元十八年（1281年），元世祖忽必烈曾經動員十四萬大軍，分乘4400艘戰船渡海對日本進行征討。元軍在海上雖然沒有遇到強烈抵抗，但當兵船駛入九州島伊萬裏灣內的鷹島時，卻意外地遇上了狂風巨浪。結果，造成船毀人亡全軍覆沒。這就是當時發生在日本海域的世界上最罕見的海難事故——弘安海難。從一九八〇年開始，日本政府曾經在這個海域內進行了十一次發掘工作。先後打撈上來的遺物共有450件。經考證，確信為元軍戰船上的遺物為204件。其中有刻有蒙古文字的青銅製“管軍總把印”一顆。這些文物的發現，為研究這次海難事件提供了有利的實物資料。
朱元璋建明以後，倭患依然十分猖厥。明洪武十四年（1381年），明太祖朱元璋曾命禮部至書日本，“責其國王”。但“亦隻言天道禍福之理以導之耳，終不能（以）一兵加於其國”。這種空頭譴責，不僅不能解決任何實質問題，反而使日本認為中國對他“無如之何。”因此，對中國的騷擾，掠奪更加肆無忌憚。
到了明永樂時期，已經兵精糧足國力富強。因此在永樂十七年（1419年），明軍曾在遼東望海堝，將入侵的倭寇全部殲滅。雖然如此，明軍卻依然無力渡海征討，隻是對其稍加抑製而已。因此，後來在明正統年間（1436年至1449年），倭寇又有在東南沿海的桃渚大窩之犯。自明成化三年（1467年）至明萬曆元年（1573年），日本又由南北朝的分裂轉入戰國時期。百餘年的頻繁戰爭，嚴重地破壞了社會生產。於是，一些武士、浪人、商人便進一步組成更強大的海盜集團，在中國沿海進行更大規模的掠奪騷擾。而在此時，明朝已經今不如昔逐漸衰落。由於朝政腐敗，邊備鬆弛，加之東南沿海資本主義工商業的萌芽和發展，許多富商大賈暗與倭寇勾結進行走私貿易。因此到了明嘉靖年間（1522年至1566年），（尤其是在嘉靖二十六年（1547年）以後），倭患問題已經遍及到東南沿海的各個省份。嘉靖三十四年（1555年）倭寇竟攻掠蕪湖，深入到南京近郊。隻是到了嘉靖四十一年（1562年）五月嚴嵩敗露以後，這才從內部排除了幹擾。由戚繼光，俞大猶再次組織軍民繼續抗倭。經過四年多的艱苦抗擊，到了嘉靖四十五年（1566年），才將東南沿海的倭患基本平息。但一往過去，這些人犯，隻不過是一些武士、浪人、商人等自發性的海盜式掠奪和騷擾。其目的隻是為了搶奪“子女玉帛”為財貨而來。還夠不上一個國家對另一個國家的武裝侵略。
十六世紀末期，新軍閥豐臣秀吉以武力統一了日本六十六州。最後又廢黜了山城君，自號大閨王。據《明史紀事本末》講：豐臣秀吉原來是薩摩州人的一個奴仆。後來以販魚為業。某一日，擔魚在樹蔭下歇涼，恰好被外出狩獵的信長發現。信長當時不僅是山城州的首領，還居關白職位。“關白”是日本平安時代的官名。天皇年幼的時候，由太政大臣主持政務，稱做“攝政”。天皇成年主政以後，原來攝政的大臣改稱“關白”。雖然如此，各部大臣有事需要奏請還必須先向關白請示，然後再奏報天皇。所以關白仍然握有相當大的實權。信長發現豐臣秀吉以後，懷疑他是歹人，想立即殺死他。但豐臣秀吉憑著他那能言善辯的口才，竟然免於一死。之後，先在信長手下養馬（稱做木下人），後來又充當信長的謀士。由於他的出謀劃策，使信長的勢力範圍很快擴展到二十餘州。不久信長被自己手下的參謀阿奇支刺死。豐臣秀吉便借此時機發兵打敗了阿奇支，自己奪取了關白位。後來他又以關白位的特殊身份，利用軟硬兼施的各種手段，最後統一日本全境。