萬曆二十五年（1597年）十一月，明軍大集。邢玠決定集中重兵向日軍反攻圍剿。他將明軍分為左、中、右三路。分別由李如梅、李芳春和高策統領。令大帥麻貴、經略楊鎬，分督左、右路。由朝鮮東部的忠州、鳥嶺向安東趨慶州，專攻清正。為了防止行長東援，一方麵，令中路大軍在宜城附近設防阻援。另一方麵，在三路當中，又選精兵l，500人與朝鮮兵合營，由朝鮮西部的天安出發，向全州，南原大張旗鼓佯攻順天，牽製行長。人馬布署已定，於萬曆二十五年（1597年）十二月二十日，東方兩路大軍圍攻慶州。慶州位於朝鮮東南部。其南為尉山。尉山依山為險有水路、陸路與釜山相通。而慶州又依尉山為險。因此，隻要拿下尉山，慶州便垂手可得。大帥麻貴集中重兵首攻尉山。他先令高策扼守梁山，阻止釜山日軍前來增援。然後遣董正誼在西部詐攻南原。目的在於牽製行長，使他無暇東顧。接著，再遣盧繼忠統兵兩千，把守西江口阻止日軍從水路增援。布署既定，於十二月二十三日發起攻擊。首先由遊擊將軍擺寨，用輕騎誘敵深入。結果，斬首日軍400餘級。日軍見勢不妙，急忙退至尉山以南的島山固守。第二天，遊擊將軍茅國器，帥浙江兵再次攻擊。又斬獲日軍661級。此後，不管明軍如何挑戰，目軍終走堅壁不出。無奈，明軍隻得改為強攻。偏將陳寅親率眾兵砍斷兩重寨柵，猛打猛衝，頗為得力。日將清正見勢不妙，嚴令堅守，不許出戰。待陳寅砍斷第二重寨柵以後，即要接近島山城堡的時候，本應一鼓作氣立即登城殲敵。但經略楊鎬卻命令士兵割取日軍首級以便向朝廷報功。士兵得令以後，為了爭功領賞，便紛紛放棄前敵，爭搶首級。甚至為了一個首級竟互相爭鬥起來。結果，使明軍陣勢大亂。趁此時機，日軍加固城堡，重新布署，獲得了喘息機會。待李如梅再率兵進攻時，不但久攻不破，反而被日軍的冷槍冷炮擊傷甚多。無奈，隻得以久困斷糧之法，迫其投降。圍困十日以後，雖然困得日軍用紙充饑，軍心渙散。但清正仍是死不投降。他一方麵用假投降乏計怠緩明軍，爭取時間。另一方麵，又暗中派人請行長前來增援。行長接信以後，擔心明軍襲擊釜山大本營。因此，不敢全軍出動。隻派三千精兵，大造聲勢，分散明軍注意力，動搖攻城的決心。同時，又派朝鮮奸臣李德馨向明軍詐報說：“倭船揚帆而來。”楊鎬聽了以後大驚，單身策馬西奔。將帥帶頭逃跑，全軍即刻潰退下來。趁明軍慌亂時機，清正出城反攻。一舉殺死明軍一萬餘人。就連盧續忠的三千精兵也無一幸存。事敗以後，楊鎬、麻貴隻得率殘兵敗將逃至星州。星州堅守不住，又退回王京固守。至此，東路進攻宣告失敗。
此役明軍雖然慘敗，但邢玠，楊鎬和麻貴為了掩罪，不僅謊報尉山大捷，且將死傷的一萬餘人改稱百餘人，這種欺蔽朝廷的做法，為軍前讚劃丁應泰所不滿。但因邢玠等人與內閣大學士張位，沈一貫暗中勾通。為了說服、爭取丁應泰、邢玢、楊鎬等人，特將內閣起草有關尉山“大捷”的票擬，出示給丁應泰看。意思是內閣都幫助遮蓋，此事決不會敗露。但丁應泰卻忠直不從。不僅如此，還將尉山失守，邢玠、楊鎬和麻貴的臨陣脫逃，以及他們的欺蔽伎倆都如實地奏報給了明神宗。明神宗覽奏以後大怒。令將張位削籍為民，楊鎬罷職聽勘（以天津巡撫萬世德代替楊鎬），邢玠暫時不問。
邢玠為了推卸責任，他把這次戰役的失敗，歸於水軍力量不足。經他奏請明神宗以後，又從江南招募大量水兵參戰。萬曆二十六年（1598年）二月，邢玠重整旗鼓，再將明軍分為四路，對日軍進行第二次圍剿。中路為李如梅。東路為麻貴，西路為劉挺。水路為陳磷。嚴令各守信地相機圍剿。自從萬曆二十年（1592年）五月以來，日軍已在朝鮮盤踞長達七年之久。從東南至西南沿海一千餘裏，都被日軍占領，其中最重要的營壘有三處。即以釜山為中心，包括尉山、西生浦、機張營的東部營壘；以粟林、曳橋、順天為中心的西部營壘。還有以泗州為中心的中部營壘。這三處分別由清正、行長和石曼子統領。這三個營壘均以大海為依托，由數千隻戰船在海上接應。陣勢威嚴，實力極強。
萬曆二十六年（1598年）九月，明朝四路大軍再次發起圍剿。結果，西路劉挺攻取順天，隻是稍有斬獲。東路麻貴攻取尉山。因為輕敵大意陷入伏擊包圍之中，致使全軍覆沒。中路副將董一元攻晉州，雖然初戰一舉克複，但在攻取泗州日軍老營時，卻久攻不下損失慘重。最後隻得再退回晉州固守。總之，二次圍剿戰果極微，中日雙方損失相當。戰局仍然處在對峙階段。