而令光緒帝在精神上承受最大苦痛的是得不到珍妃的消息。
其實，珍妃的遭遇同光緒帝一樣，受到了慈禧太後的殘酷迫害。戊戌變法不久，西太後對珍妃施以刑杖，撤去簪珥，囚於偏僻的鍾粹宮北三所，並再也“不許進見”光緒帝。珍妃也成了打入冷宮的囚犯，由兩個宮女監視，“門自外鎖，飯食自檻下送進”，“窘苦備至”受盡折磨。不過，珍妃很堅強，“她從來沒有向哪一個太監作過什麼詢問或是請求，她始終是靜默著。雖然她心裏自必也極想知道光緒的近況，和他們倆以後有沒有再見麵的日子。”
光緒帝通過小太監探聽到珍妃的下落以後，多想與她互抒情懷，在幾個太監的幫助下，總算搞了幾次“偷渡”。當光緒帝悄然走近關押著珍妃的那座冷宮，其情景是如何的淒涼，那三具大鎖無情地橫在兩扇大門中間，把光緒帝與珍妃隔離為“咫尺天涯”的兩個世界。每次他們隻能攀著窗柵，湊在那橫釘著木板的隙縫裏說上幾句心裏話，每次又各自帶著一顆破碎了的心依依惜別。
就是這樣，光緒在他生命的最後十年裏，一直過著這種囚禁生活，直到光緒三十四年十月二十一日（1908年11月14日），先於西太後一日死在涵元殿的東室，結束了他的一生。由於光緒和西太後之死隻隔一天，因此人們不免產生疑團，對光緒之死，留下種種傳說。
一種說法認為，慈禧太後在病危期間，惟恐自己死後光緒帝重新執政繼續推行新政，翻她一手製造的種種冤案，所以派太監下毒害死了光緒帝。以下書籍均有記載。
《清室外記》：“皇帝賓天之情形及其得病之由，外人無由詳知，惟藏於李蓮英輩之心中。關於太後、皇帝同時而崩，北京城中，言人人殊，然欲查其原因，則實毫無線索。但日處憂鬱之中之帝，一旦再操大柄，自為李蓮英之不利。”
《清稗類鈔？迷信類》：“因謂孝欽病革，不願先帝升遐，授命親信太監扌益斃之者。”
《崇陵傳信錄》：“帝聞太後病，有喜色”，（太後）曰：“我不能先爾死。”
《瀛台泣血記》：“萬惡的李蓮英眼看太後的壽命已經不久，自己的靠山，快要發生問題了，便暗自著急起來。他想與其待光緒掌了權來和自己算賬，還不如讓自己先下手為好。經過了幾度的籌思，他的毒計便決定了。”
第二種說法，認定光緒帝是被袁世凱進藥毒死的。因為戊戌變法時由於袁的告密，才使慈禧太後血腥鎮壓維新運動。慈禧太後死後光緒帝重新執政，必然不會輕饒了他，所以袁世凱下此毒手。溥儀在《我的前半生》中說：“我還聽見一個叫李長安的老太監說起光緒之死的疑案。照他說，光緒在死的前一天還是好好的，隻是因為用了一劑藥就壞了，後來才知道這劑藥是袁世凱使人送來的……據內務府某大臣的一位後人告訴我：光緒帝死前不過是一般的感冒，他看過那些藥方，脈象極平常，加之有人前一天還看到他像好人一樣……病重消息傳出不過兩個時辰，就聽說已經‘晏駕’了。”
第三種說法，是最近有的學者從考證中國第一曆史檔案館所藏的清宮醫案中得出光緒帝係是正常病死的結論。
不論光緒是被人害死還是正常死亡，大清皇帝被囚於瀛台，最後死於涵元殿，使得瀛台這座美麗的小島，失去了昔日的光彩，使這宛如身披綠紗，亭亭玉立在碧波之上的少女，過早地步入暮年。
這是一個悲劇。
西苑三海的特大“奇聞”
1886年（光緒十二年），浩大的西苑三海拓建工程開始。大興土木，營建宮殿，為配合這項工程的進行，清廷除在全國各地購買材料外，還將西洋的現代科技引進了西苑建設工程之中。1888年（光緒十四年）11月，由神機營總辦恩佑經手向丹商祁羅弗洋行購買的電燈、鍋爐等西洋產品啟運到達北京。
但這些洋東西如何安裝，卻成了一個問題。因為中國的建築講究風水，而這些洋東西一旦出現在宮殿裏，會不倫不類，有礙於風水。且在封建禮教統治了幾千年的中國，在那些身穿朝服，足不出城，因循守舊的大臣眼裏，洋東西就如妖怪一般，令他們害怕，要在宮廷內安裝這些洋東西，有違祖宗的傳統。為此，西苑三海要裝電燈，就如特大“奇聞”，驚恐的“號外”一樣，使眾臣食不甘味，夜不安寢，特別是內務大臣極力反對，但慈禧很喜愛西洋的洋玩意兒，她說：“鍾表是洋玩兒，我們照樣使用，沒出什麼事嘛？”但電燈畢竟是第一次使用，和鍾表不一樣，危險性很大。所以特下旨讓官務府員外郎的英年查辦此事。11月26日，英年奉旨到西苑四處察看，測量地勢，掌握氣脈。
他搞清了西苑的地勢和氣脈後，便來到儀鑾殿，向慈禧稟示：“西苑地處排列屬壬字，壬字延年，可在儀鑾殿西圍牆外安裝電燈、鍋爐，擇明年正月二十一日丁卯時動土，丙午時安裝。”
其實這次安裝電燈、鍋爐，純屬“迎合懿旨”之舉。電燈專為慈禧享用而設，慈禧居住儀鑾殿，電燈、鍋爐必須就近安裝方便為易。但當時，電燈並沒有安裝在儀鑾殿內，而是安裝在儀鑾殿的西圍牆外，恐怕是對電燈還是存有顧忌，因為電燈要用電，需發電，使用不當也會帶來危險的。所以殿內照明仍用舊式的蠟燭和油罩燈。
新安裝的電燈，把儀鑾殿外照得如同白晝。就在這天，慈禧特地到儀鑾殿外，十分高興地說：“電燈真亮呀！”遂下旨給英年許多禮品。這是清宮裏的第一盞電燈，電燈帶來了光明，鍋爐則帶來了溫暖，慈禧一高興，就在儀鑾殿住了整整十年，到光緒十七年四月才離開儀鑾殿，駐蹕頤和園。
曾經安裝第一盞電燈的儀鑾殿，在庚子年八國聯軍入侵北京後，曾為聯軍統帥瓦德西占住，並於此時失火燒了此殿，當年清宮的第一盞電燈就在庚子年那一場大火中燒毀了。
同是在光緒十四年（1888），在北海到中海之間，清宮中的第一條鐵路修建完畢，這是當時國內已鋪設的第四條鐵路。