聯軍占據京城後，首先對三海進行了洗劫。為了便於搶劫，各國對三海分片占據。北海仙人掌之北園廊一帶為法軍據守，其東北各處則為英兵據守，中海金鼇玉蟲東橋西南一帶如紫光閣等處為德兵占據，儀鑾殿為日軍占據。南海東南角曾囚禁光緒帝的瀛台為英、法軍合據。南海、中海的一部分為俄軍占據。各國軍隊在各自占據範圍內，偷竊古奇珍寶，使這一文物粹集之地遭到空前的災劫。
占據瀛台的英法兩軍，每到夜幕降臨時，或越牆而入，或鑽洞而進，偷取各類奇珍異寶。其中包括極佳之寶石鼻煙壺，唐朝畫家韓氵晃的名畫《五牛圖卷》，以及精美絕倫，嵌以金剛鑽及紅寶石，描繪極工的路易十五世時的金帶扣。這個金帶扣是舊瑞第派教士初來北京時所送之貢物。
聯軍在偷竊貴重寶物的同時，還對三海大肆毀壞。北海內的雕梁畫棟被蹂躪成墟，紫光閣中圖籍狼藉，瀛台中光緒的臥室麵目全非，無法辨認，滿地皆西兵殘毀之跡。
三海，這座曆代帝王的禦園，在八國聯軍鐵蹄的踐踏蹂躪下，失去了她昔日的輝煌宏煥。三海湖水，衝刷不去這無盡的恥辱。
正在八國聯軍橫行三海之時，瓦德西於9月27日抵達天津。他在天津就選定景色如畫的“冬宮”（瓦德西稱西苑為冬宮，頤和園為夏宮。因慈禧冬天大都住在西苑，夏天大都住頤和園避暑）為聯軍總司令部的駐地。
德國侵略者為了迎接瓦德西的到來，事先為聯軍總司令部備好住處，在宣武門等處張貼告示，招工打掃中南海。
俄軍很不樂意瓦德西把中南海定為聯軍總司令部住處，曾為此提出抗議。但在瓦德西的堅持下，俄軍不得不讓出中南海，但“其中大部分貴重物品，特別是一些大件，均被俄軍竊走”，把這塊地方糟蹋得不成樣子。雇工90人，整整清理了10天，才算“略可居住”，“所有戲台裝束、浣濯用品，破碎之瓷器玻璃，打爛之什物家具”猶在各處堆積如山。
據楊典誥《庚子大事記》記載，俄軍糟蹋珍貴書畫的野蠻行徑令人發指，該書閏八月二十日（10月13日）記：“南海打掃工竣，工人挑出書籍字畫各物七挑，悉被俄兵撕作大便用剩之物。據挑者雲，海內書片字帖，狼藉滿地，有不堪言狀者，所有上用物件，俄兵掠取殆盡。”
10月17日，瓦德西來到北京，與聯軍司令部一起進駐儀鑾殿。他在慈禧的原寢宮前召集兩個海軍大隊，還裝腔作勢地舉行戰地祈禱。瓦德西竊據儀鑾殿後，召開各國侵略軍頭目會議後，進一步策劃和部署鎮壓義和團、殘殺中國平民、屠戮中國官兵的強盜計劃和行動，他們大肆掠奪財物，踐踏中國主權，抖淫威逼迫清廷屈膝就範……
慈禧懾於列強的淫威，竟決定屈從。在她西逃之時，就積極謀求與八國聯軍和議。還在逃跑的路途中，就電諭李鴻章與奕匡力、榮祿、崇綺立即與八國議和。
光緒二十六年九月二十四日（1900年11月15日），中國的和談大臣慶親王奕匡力和直隸總督李鴻章，竟卑躬屈膝像以往進見慈禧太後那樣，來到儀鑾殿去會見瓦德西。
李鴻章從瓦德西手中接過《議和大綱》，回府之後，急忙將《議和大綱》發往西安。驚魂不定，日日打探列強態度、深恐洋人把她拋棄，當作首惡處理的慈禧，接到《議和大綱》後，一目十行，匆匆掠了一遍，賠款、駐兵等項根本不及細思，隻是留意“懲凶”一節，當她看清列強列名追究的11個朝廷大員中沒有自己，其中最高身份者隻有端王載漪時，如同囚徒得到大赦一般，大喜過望，立即去電，批準簽約，心甘情願地接受了列強提出的任何要求。並發出上諭，對列強待她的寬大感激涕零，稱“今茲決議，不侵我主權，不割我土地，念列邦之見諒，疾愚暴之無知。事後追思，慚憤交集”。因此，對主子的恩典奴才自當有所回報，“覽所奏各條，曷勝感慨！敬念宗廟社稷關係至重，不得不委曲求全，所有十二條大綱，應即照允”。並表示要繼續：“量中華之物力，結與國之歡心”，保證把國家民族的利益源源不斷地送給列強，以換取他們的保護。
李鴻章得到慈禧太後的禦旨後，再次到儀鑾殿進見瓦德西。
瓦德西聽完李鴻章轉慈禧之意後，哈哈大笑，隨即又鄙夷地看了一眼李鴻章，向外揚了揚手。
瓦德西作為一個勝利者，好不得意。他在儀鑾殿挾名妓賽金花居住半年整（1900年10月17日-1901年4月17日）。
光緒二十七年二月二十九日（1901年4月17日）深夜，儀鑾殿突然起火，“烈焰凶猛，半天皆紅”。瓦德西從睡夢中驚醒，此時他正睡在特地從德國寄來的“石綿行舍”裏，發現失火，幾個哨兵，便趕忙叫醒他，才沒有被燒死。瓦德西慌忙穿上衣服，抱著“帥笏”狼狽逃脫。他的參謀長陸軍少將許華茲何甫被活活燒死。
這次火災，先從儀鑾殿兩卷殿旁邊德軍臨時設置的廚房著起，火焰從窗戶躥出，燒著木架草蓋涼棚，然後延燒正房，焚毀了儀鑾兩卷殿、福昌殿和東西各配殿。
德皇接到瓦德西住所被燒毀的報告後，暴跳如雷，武斷地說，“顯係有人放火”，命首相畢魯向中國政府施加壓力。受了驚嚇的瓦德西，最初也認為是在西苑做苦工的中國夫役故意縱火，竟將無辜的中國夫役冤殺多人。事隔三天之後，失火原因查明。瓦德西在《瓦德西拳亂筆記》中寫道：“關於失火原因一事，餘曾立刻命人仔細考查；現在業已調查明白；而且華人方麵並無惡意放火之嫌疑。至於失火之原因，當係由於鐵爐之火，延燒壁上之木皮紙麵所致。該爐係在正房方麵食堂旁邊廚室之中，立於壁前。”
儀鑾殿火災之後，京城流傳種種傳說，其傳說多與名妓賽金花有關。但終因是傳說，正史之中難覓，隻在劉半農《賽金花本事》中有一節《儀鑾殿之失火》，全錄於此：
說起宮裏失火的那回事，便想起一般無聊的人，捏造蜚語，作踐我的可恨了！她們說我，天天夜裏和瓦德西一同睡在西太後的龍床上，有一天，睡到半夜，著起火來，我倆都赤裸著身子，由殿裏跑出。這簡直是汙辱我，罵我。我同瓦的交情固然很好，但彼此間的關係，卻是清清白白；就是平時在一起談話，也非常的守規矩，從無一語涉及過邪淫。這都是有人見我常常同瓦騎著馬並轡在街上走，又常常宿在他的營裏。因此便推想出我們有種種不好的勾當來。
瓦德西雖住在宮裏，可並不在殿裏睡。他是在儀鑾殿的旁邊，覓了一塊靜潔而又風景幽麗的地方，搭起一個帳篷，辦公睡覺差不多全在裏麵。那次失火是因為幾個兵士的不加小心，損失還很不小，把一個參謀長燒死在裏頭。
他們的那些軍官感覺到寂寞的時候，倒也想找個姑娘來陪著喝喝酒，常是懇求我給他們作介紹。我推辭不過，便派人到外邊去叫，叫來的都是些班子裏的姑娘，她們因貪圖掙錢，也都很願意來。來一趟是給一百銀元。她們往裏麵去陪酒時，我獨自一人便在旁屋內閑坐。悶了就燒口鴉片煙抽。我的煙癮就是在這時習染上的。