9月22日，鹹豐帝倉皇逃往承德。英法聯軍在進行了休整並補充了給養和裝備之後，於10月5日自北京東郊繞向北郊，開始了新的軍事行動。10月6日，聯軍占領海澱，到達圓明園。管理圓明園的大臣文豐投福海自殺。當天，法國侵略者闖入了圓明園。他們發現園中“一間一間的屋子，充滿著價值連城的物品”，“一間一間的大廳，置有價值巨昂的瓶缸”，一座座庫房堆滿質量優良的綢緞和珍貴的毛皮，於是盡皆顯露出野獸一般的貪婪，飽掠而歸。英侵略軍得知法軍“整個軍營滿堆著成打的鍾表，無數的綢緞和一切你所想象的物品”，也蠢蠢欲動，隨即於次日加入了對圓明園的洗劫。除了瘋狂的搶劫，他們還野蠻地破壞，粗俗野蠻的聯軍士兵撕毀珍貴的古籍並用以點火吸煙，用刺刀戳破掛在牆上的名畫，遇到珍貴卻難以攜帶的瓷器等則“以棒擊毀，必至粉碎而後快”。10月18日和19日，英軍再次出動大批士兵焚毀了圓明園，許多未被英法聯軍掠走的珍貴古籍、檔案、書畫和滿園雕梁畫棟，盡皆化作飛灰。英法侵略軍滅絕人性地焚毀了無與倫比的藝術寶庫圓明園之後，又嚴重摧殘了頤和園。
兩園被毀，慈禧失去了恣情享樂的場所。1864年，慈禧垂簾聽政後，力圖恢複圓明園，可因財力枯竭，又有部分臣僚直言反對，修複圓明園的動議擱淺。即使重修頤和園也是困難重重，難遂心意。
光陰荏苒，轉眼間到了光緒十二年（1886），此時光緒皇帝已滿16歲，按古製已是一名成年男子，可以堂堂正正地以皇帝名義主持大清國的軍國大政了。慈禧盡管十分不願意放權歸政，但她不會忘記十二年前第二次垂簾時的詔書，煌煌詔書中這樣寫著：“垂簾之舉，本屬一時權宜，惟念嗣皇帝此時尚在衝齡，且時事多艱，王、大臣等不能無所稟承，不得已姑如所請，一俟嗣皇帝典學有成，即行歸政。”
是啊，慈禧不能不顧及祖宗留下來的規矩，不能不顧念群臣與萬民的議論。盡管她十分不原意放權，但她還是決定也必須“歸政”。數日數夜的周密思考，她覺得最主要的是實實在在的大權，不是坐在簾子後麵的形式。於是，她決定一麵歸政，一麵仍由她“訓政”數年。慈禧在準備退居幕後的時刻，乘機大興土木，作為她“歸政”後頤養享樂的場所。首先大規模修建就近的西苑，以後再逐步修建頤和園。勘修三海工程早在前一年就開始了。光緒十一年五月初九日，慈禧親下“懿旨”，令禦前大臣、軍機大臣、奉宸苑會同醇親王奕負責組織修建，並要他們“隨時具奏”。除修葺原有的建築外，重點興建儀鑾殿一組建築群作為她日常起居的寢宮。她看中“太液秋風”的風光，選擇在中海西岸中段、豐澤園與紫光閣之間的空地興建宮殿。後來又向西擴展地盤，以西什庫地麵對換法國建在蠶池口的天主教堂和百鳥房，又由總署籌撥十餘萬兩銀子去收購該處住戶、鋪戶的房地產，然後“圈砌圍牆，以昭嚴密”。
清宮檔案《中海修建儀鑾殿兩卷殿各座殿宇樓房遊廊門座牆垣海墁甬路等工丈尺做法清冊》，對儀鑾殿這組建築群的規模、樣式及做法等，都有具體詳細的規定。這是一組以儀鑾兩卷殿為中心，前後三進，坐北朝南的傳統宮殿式建築群。儀鑾兩卷殿是正殿，規模最大，共五間：正中一間作為召見大臣的地方，和它相鄰的東次間做慈禧的寢宮，五間共麵闊六丈九尺。進深達六丈餘，比保和殿的麵積還大，極為宏敞莊嚴。殿頂建成兩卷形式，兩卷殿即由此而得名。
儀鑾兩卷殿的前後各有東西配殿一座，共四座，每座五間；它們的後麵有福昌殿，也是五間，規模略小於儀鑾兩卷殿。所有這六座宮殿，前後均有遊廊相通。福昌殿後還有一座後罩樓，共十九間。在兩卷殿東西兩側及前後東西配殿的後院、後罩樓的後院、東西扒山遊廊後院，各建值房一座，共十座作為侍候慈禧太後及後妃的宮女、太監的住房，李蓮英即住在兩卷殿東側的值房內。兩卷殿前麵有屏門一座，叫儀鑾門，門前有琉璃影壁一座，最南麵還有一座宮門，門內有東西朝房各一座，是大臣預備召見和辦公的地方。整個建築的四周圍以高牆。儀鑾殿的內部裝飾及各種家具陳設，十分講究，力求精美，富麗堂皇。
在儀鑾殿東鄰另辟一大院落，修建膳房、茶房和藥房，供慈禧等人吃喝、看病。其中壽膳房三座，壽茶房兩座，前後院有東西廂房共八座。壽藥房相當於一所醫院，有前藥房兩座，後藥房一座，前後院共有東西廂房六座。這組建築群四周也圍上院牆。在儀鑾殿西麵，建造了四所宅院，每院有正房和東西配房各一座，遊廊相接。
儀鑾殿建築群工程耗資數百萬兩銀子。三海工程由德順、聚順、恒順、天利、三成、東升、義升、德成、德興、義和、聚豐、德源、隆聚和廣泰等十餘家木廠巨商承包。由於宮廷內庫空虛，常常不能如期發款，廠商不得不單獨或聯名索取，往往多次討償仍得不到支付。為了工程的進度，更為了早日住進儀鑾殿，光緒十一年十二月，慈禧下令粵海關監督設法籌款100萬兩，並強令他每年“報效”3萬兩，逐年還清此款。
醇親王因急於要得到100萬兩銀子支付西苑修建費，不得不致函李鴻章訴苦說：不催廠商加緊工作，怕延誤工期；要催廠商，各商便反過來紛紛催討工款。“既不敢瑣瀆無聽，又無法商諸同事，惟與立山蹙額相對，是可愁亦可笑也……智力已竭，而工效尚遠。”又不願負“借洋款修禁苑之名”，怕“受讕語訾議，殊為不值”。萬不得已求李鴻章幫幫忙，“指稱創建京師水操學堂或貴處某事”，借洋款80萬兩，以資急需。李鴻章自然樂於幫忙，共同商定，此項借款將來由閩海關提撥歸本，由江海、津海、浙海、江漢四關道按年攤派報效息款。這樣，醇親王才得以“不居借洋款修禁苑之名”，而實際借洋款修禁苑之惠。由於三海工程進度緊，工匠報酬低，光緒十二年十三年，曾先後爆發了三次工匠罷工，要求增加工資，但均遭到清廷的鎮壓，並增派大量清軍彈壓監督工匠。
經過三年的緊張施工，儀鑾殿和三海工程於光緒十四年四月先後竣工。
早在二月初一日（1888年3月13日），即以光緒的名義發布上諭，懇請慈禧住進西苑。隨後又發布“懿旨”，鄭重其事地宣稱：“凡苑囿之設，搜狩之舉，原非若前代之肆意遊畋。此舉為皇帝孝養所關，深宮未忍過拂，況工用所需，悉出節省羨餘，未動司農正款，亦屬無份國計。”這一派胡言，純屬掩耳盜鈴，自欺欺人。
在上諭中，慈禧急不可耐地宣布：擇於四月初十日（5月20日）駐蹕西苑。可惜，雖吉日良辰到，但儀鑾殿油漆未齊，暫不能使用，而又不便更改駐蹕時辰，慈禧感到掃興，無奈之中，隻好臨時屈駕西苑豐澤園內的澄懷堂。直到七月初一日（8月8日），慈禧才移駕儀鑾殿新宮，此後數年內，慈禧大部分時間均住儀鑾殿。
慈禧訓政兩年多之後，於光緒十五年元月（1889年2月）為光緒皇帝舉行大婚典禮，並宣布歸政，住儀鑾殿頤養天年。但她何嚐真正放棄統治權力？無非是幕前改幕後，繼續操縱權柄，視光緒如木偶。儀鑾殿替代了養心殿，成為統治權力的中心。各種奏折、上諭均要送儀鑾殿由慈禧審閱，光緒皇帝遇事都得進儀鑾殿向慈禧稟奏。慈禧照常在儀鑾殿召見大臣，商議政事。正如時人所言：“皇上親政後，遇除授尚書、侍郎、將軍、督撫各缺，仍恭請皇太後懿旨簡用，蓋由聖德謙衝，於用人行政諸大端猶彳複稟承慈訓，以示不敢獨斷。”可見，慈禧把用人的大權牢牢地抓在手裏。盡管如此，慈禧對光緒還是不放心，因此，密布了間諜，隨時搜集情報，對光緒的監督極嚴，甚至竟把心腹派到了光緒身邊。