其實一向頗善察言閱色的黎元洪始終打著自己的如意算盤。他通過宋教仁被刺一案，再次領教了袁世凱的厲害，因此，他決心全力投向袁世凱。二次革命前夕，他致電袁世凱，賭咒發誓，大表“忠誠”，表示“元洪惟知服從中央。長江下遊，誓死砥柱，決不瞻顧。倘渝此盟，罪在不赦”。
袁世凱見電後，喜出望外，速回電道：“世凱若有欺天下之心，利一姓之見，亦罪在不赦。”
一封電函，黎元洪便敞開了北大門，迎接袁的嫡係北洋軍第六師南下，過武勝關，開進了湖北。
二次革命爆發後，黎元洪即派軍助戰，隨後又派兵開赴鄂贛邊界，防止江西討袁軍北上。整個戰爭期間，黎元洪與袁世凱密電飛傳，頗有同舟共濟，心心相印之感。不過，在這次革命中，黎元洪確實為袁世凱出了大力，由於黎元洪靠向袁世凱，使各省討袁軍紛紛失敗。
袁世凱當然不會忘記黎元洪，8月初，袁世凱贈黎元洪以一等文虎章，讚揚黎元洪“砥柱東南，功同再造”；8月下旬，袁世凱親筆書寫“民國柱石”四個大字，製成橫匾一方，派人專程送至武昌；鎮壓“二次革命”後，為感謝黎元洪在戰事中鼎力相助，袁世凱揮毫“中華民國副總統府”八字，製成長匾，掛在湖北都督府門外，以示對黎的寵信。
但這一切都是袁世凱設下的圈套。從表麵上看，黎元洪對袁世凱恭順有加，奉命惟謹，但畢竟不是北洋嫡係，加上手握兵權，這就成了袁世凱的一塊心病。盡管袁世凱幾次嘉獎黎元洪，但其本意是一直在尋找合適的機會將黎元洪調出湖北，安置虛職，褫奪兵權。袁世凱正式走馬上任後，便開始一步一步地實施了。袁世凱先是三番五次地授以黎元洪為總參謀長、江西都督、湖南都督等職，並4次電請黎元洪進京。
但黎元洪並非等閑之人，他深知其中利害關係：有兵才有實權，有地盤才有勢力，不可輕易離鄂赴京，因此幾次也都以謙詞婉言回絕。
但袁世凱豈能罷休，他見此計不行，便破釜沉舟了。1913年12月8日，袁世凱的頭號心腹北洋名將段祺瑞不告抵達漢口，匆匆一麵之後，便催黎元洪登上早已準備好的專車，進京磋商要政。黎元洪這次是無話可說了。9日晚，黎元洪離鄂，10日北京即發布總統命令，任命段祺瑞為湖北都督。此時，黎無洪還在路途中。
11日晨，黎元洪所乘專列到達北京，袁世凱為他舉行了熱烈而隆重的歡迎儀式。
黎元洪整理衣冠，入總統府拜謁袁世凱，寒暄過後，袁世凱告訴黎元洪，段祺瑞已被任命為湖北都督，黎元洪臉上露出一絲震驚，然後唯唯表示讚同。這是黎元洪精明之處，不讚同又有什麼好處呢？
短暫的會見之後，黎元洪被送到事先安排好的住所――南海瀛台，耐人尋味的是此地正是當年慈禧太後囚禁光緒皇帝的地方。
黎元洪來到瀛台，感慨萬千，心中真不是滋味，後悔不該來京城，但畢竟還是來了，既來之，則安之罷，黎元洪安慰著自己，走進了瀛台住所。
幾日之後，黎元洪的家眷也陸續來到北京，一一安排在四麵環水的瀛台。黎元洪月俸1萬元，公費2萬元，合計月支3萬元，與孫中山當年在北京時的禮遇規格完全一致。
黎元洪居住瀛台，袁世凱心放了下來，還時時地給予照顧，做到有求必應。袁世凱為了籠絡黎元洪，托湯化龍作媒，將黎元洪的次女紹芳許配給袁世凱的九子袁克玖為妻，從此黎袁兩家結為兒女親家。表麵上看，袁世凱與黎元洪一日比一日親密無間，可是隨著段祺瑞進駐湖北，遣散湖北軍隊，變三楚重地為袁氏囊中之物，黎元洪日益明白，自己已成為袁世凱的政治俘虜。欲出不能，欲歸無望，完全失去了行動自由的黎元洪憂形於色，日趨消沉，人漸消瘦。
1914年6月，袁世凱為實現當皇帝的美夢，特成立了名為代行立法院，實為禦用機構的參政院，又抬出黎元洪這一“共和元勳”兼任參政院院長，以混淆視聽，障人耳目。黎元洪深知袁世凱的用心，幾度推脫未準，無可奈何之下，隻好充當傀儡。
但不管怎麼說，黎元洪對於複辟帝製，是堅決反對的。當袁世凱征詢他的意見時，他說：“革命的目的是推翻專製，建立共和。親家，如果你做了皇帝，怎麼對得起武昌死難烈士？”但黎元洪在公開場合，並不敢表明反對稱帝的態度，隻好在行動上進行消極抵製。
8月底，黎元洪正式提出辭去參政院院長一職。9月底，黎元洪攜家眷遷出南海瀛台，住進東城東廠胡同將校俱樂部，從此閉戶不出，有賓客謁見，一概謝絕，對政事裝聾作啞，不聞不問。
袁世凱對黎元洪此舉，已無奈了。但作為兒女親家，逢年過節，還是有禮尚往來。1915年年末，袁世凱送黎家禮物時，特意用紅帖寫上：“賞武義親王”的字樣，差人送至黎宅，誘黎元洪默認。黎元洪雖做事一向優柔，但是對辭王拒封一事倒是認了死理，堅拒不從，因此對袁世凱以這種方式送來的禮物，死活不收。袁世凱沒有辦法，隻好改用“姻愚弟袁世凱”字樣再次送來禮物，黎元洪才收下。黎元洪拒受“武義親王”，也算是保全了“開國元勳”的一點名節。
瀛台新主黎元洪因腦溢血病逝於天津英租界10號，時間為1928年5月28日，享年65歲。
對於黎元洪，有人這樣評述了他的一生：黎元洪的一生是悲劇的一生。他由湖北新軍混成軍協統，平步青雲，一躍而為湖北大都督，在隨後的政治生涯中，又三任民國副總統，兩次榮膺總統桂冠，然而，作為一個不入流的政治家，他在政治上並無建樹，加之性格柔暗，胸無城府，這異乎尋常的青雲直上帶給他的卻隻是悲劇，一個令後人感慨和深思的悲劇。
盡管黎元洪一生沒有擺脫位尊權輕、任人擺布的命運，但畢竟他的名字與中華民國史上一係列重大曆史事件緊緊地聯在一起。他的儉樸、他的謙遜，與同時代橫征暴斂，不可一世的封建軍閥形成了鮮明的對比，這為他多少贏得些尊重。
賄選總統曹錕被囚延慶樓
1923年10月，曹錕通過賄選登上總統寶座，自以為得計，樂不可支，但好景不長，他就嚐遍了前幾屆總統所遇到的兵不能裁、督不能廢、軍餉無法應付、財政無從整理等種種苦頭。他不但無法履行上台許下的“統一全國”的諾言，就連直係內部也統一不起來。曹錕當上總統後，直係諸將紛紛以功臣自居，要求論功行賞。吳佩孚則更是擁兵自重，大權獨攬，目中無人。馮玉祥、王承斌、文燮元結合起來組成了反吳三角同盟。從此直係軍閥由鼎盛而日趨衰敗，逐步走向瓦解和滅亡。
1924年9月，第二次直奉戰爭爆發。曹錕接到張作霖從奉天發來挑戰書後，便急如星火地接連電召吳佩孚進京主持作戰要務。曹錕一日之內向洛陽連拍電報，由十萬火急到百萬火急，再到限時限刻，最後還派出一批勸駕專使到洛陽，催促吳佩孚啟程北上。