始下清、撫，譬火始然；三路覆師，厥攸灼矣；開、鐵去而遊騎縱橫，火燎於原；今且並窺遼、沈，遂成不可響邇之勢。（《熊襄湣公集·東事答問》第8卷）
但是，遼東經略熊廷弼，卓然獨立，力挽狂瀾，針對上述時弊，采取整頓措施。
第一，躬自巡曆，嚴肅軍紀。熊廷弼初抵遼陽，派僉事韓原善往撫沈陽，憚不敢行；繼命分守道閻鳴泰往，至虎皮驛慟哭而回。於是熊廷弼親自巡曆，自虎皮驛抵沈陽，又乘雪夜赴撫順關，勘視屯紮形勢。總兵賀世賢以近敵斥堠，恐有不虞，極力加以勸阻。他說：“似此冰雪滿地，斷不料經略輕身往。”（《熊襄湣公集》第8卷）並鼓吹進撫順關。後金偵報經略巡邊，努爾哈赤命斬木運石堵絕山口，以防明軍襲擊。經略熊廷弼令嚴法行，駢斬逃將劉遇節、王捷、王文鼎，獻首各壇，舉哀大哭，以祭死節兵民。頓時“居民哀感，官軍恐栗”（《熊經略疏稿》第1卷）。他又誅貪將陳倫，劾罷總兵官李如楨，號令專一，軍紀整肅。
第二，籌措糧餉，招集流亡。熊廷弼蒞任後，上書朝廷，疏請調撥銀兩、糧秣；整飭軍伍，裁汰冗兵糧餉；招集流亡，返鄉耕農，足食裕糧。熊廷弼招集流移數十萬人，使“去者歸，散者聚，嬉嬉然室家相樂也；商賈逃難回籍者，今且捆載麇（qún）至，塞巷填衢，不減五都之市也”（《熊襄湣公集》第4卷）。並興屯墾，植糧穀，助兵餉，安民心。
第三，修整器械，繕治城池。熊廷弼在疏言中稱，除請內庫撥發器械外，自籌打造定邊大炮三千數百尊，百子炮數千尊，三眼槍等七千餘杆，盔甲等四萬五千餘副，槍刀、銳叉二萬四千餘件，火箭四十二萬餘支，火罐等十餘萬個，雙輪戰車五千餘輛等（《熊襄湣公集》第4卷）。他又浚濠繕城，修遼陽牆垣，“城高厚壯，屹然雄峙”（《熊襄湣公集》第8卷）；城外挑濠三道，每道寬三丈，深二丈，濠外複築大堤瀦水，以加強守禦。
第四，激勵士氣，任用遼官。熊廷弼為振奮士氣，集官兵於教場，殺牛數百頭，置酒數千壇，蒸餅數十萬個，連饗軍士四日，風聲頗盛。又遍巡各營，操練隊伍，賞功罰過，整肅軍容。並任用遼官，采納遼人之議。遼人劉國縉倡遼南四衛聚結抗金，受到熊廷弼的器重與俯納。
第五，聯朝結蒙，兩翼策應。遼東左翼為朝鮮，先是抗倭援朝，戰退倭兵，使朝鮮收其疆土，複其城郭。朝鮮雖出兵寬奠，助明楊鎬之師而兵敗，但仍忠於明朝。遼東右翼為蒙古，其漠南察哈爾部林丹汗，誓抗後金。熊廷弼聯絡朝鮮，籠絡蒙古，以從左右兩翼，挾製後金，緩圖大舉。
第六，疏陳方略，布兵固守。《遼籌》載《答經略熊司馬書》有雲：“惟清野堅壁，以老其師；設機置炮，以挫其銳；出奇埋伏，以乘其惰；厚集固守，勿輕與戰。而奴來不得誌則去，因以重困矣。此安危之機，在台省固自有妙算也。”熊廷弼在廣集眾議，巡視堡隘，刺探敵情，審度形勢之後，上《敬陳戰守大略疏》，請集兵十八萬，馬九萬匹，在靉陽、清河、撫順、柴河、三岔河、鎮江諸要口，設置重兵，畫地而守，分合奇正，以成全局。無警就地操練，小警自為堵禦，大敵互相應援。更挑精悍者為遊徼，乘間捉哨探，撲零騎，擾耕牧，輪番迭出，漸進漸逼，使其疲於奔命，徐議相機進征。
熊廷弼鎮遼一年，勇於任事，躬親徼（jiào）巡，號令嚴肅，雷厲風行。他整頓了瀕於潰散狀態的軍隊，穩定了陷於混亂狀態的前線，守備大固，功績卓著。史評其事功曰：“一時大臣，才氣魂力，足以搘拄（zhīzhǔ）之者，唯熊司馬一人耳。”（全祖望：《鮚埼亭集》，《書明遼東經略熊公傳後》）
努爾哈赤在熊廷弼任遼東經略的一年零三個月期間，見遼東軍容整肅，邊防改觀，便改變了全力向遼東進攻的部署。他把兩支軍事觸角，一支伸向北關，吞並葉赫（見第五章），另一支伸向東部漠南蒙古諸部（見第七章）。據《滿文老檔》所載，這段時間有關蒙古的記錄共二十二條，而有關明朝的記錄僅四條。這反映出努爾哈赤對明朝采取了謹慎的態度。但他也進行了一些小規模的試探性行動。