第三，清查糧食。後金本來糧食就不足，大量遷民後出現糧荒。努爾哈赤為籌措糧食，除派夫役搬運繳獲明倉糧穀外，還派人清查遼民的糧食。他下令漢人要如實申報所有糧穀的數量，然後按人口定量。他不許漢人私賣糧食，要低價賣給汗的官衙。漢人缺糧食，向官倉購買，每升銀一兩。糧食極為短缺，如殺耀州喬姓，得糧十三石一升，分給駐居當地的蒙古男丁，每人隻得半升。遼民因缺糧食，餓死的人很多。糧食不足始終是努爾哈赤最頭痛的問題之一。為解決糧食問題，天啟四年即天命九年（1624）正月，努爾哈赤再命普遍清查糧食。對漢人的糧食，逐村逐戶清查，全部進行登記，委派諸申看守。規定：凡每口有糧五升，或每口雖有糧三四升但有牲畜的人，算作“有糧人”；每口有糧三四升而並無牲畜的人，算作“無糧人”。努爾哈赤命將“無糧人”收為阿哈；不久，下令將各地查送的“無糧人”全部殺死（《滿文老檔·太祖》第61卷）。屠殺“無糧人”可能是因為沒有餘糧養活這批人，或借以警告隱匿餘糧不報的人。然而，不管出於什麼原因，這都是對社會生產力的破壞。
第四，征發差役。後金向遼民征發繁苛的差役，築城、修堡、煮鹽、刈獲、夫役、運輸，不一而足。以金、複、海、蓋四州為例。後金占領遼東不久，蓋州出牛車運送貢賦鹽一萬斤到遼陽。天啟二年即天命七年（1622）春，金州、複州每十名男丁中，出二人修城。又命金、複、海、蓋等州衛，派夫役、出牛車運糧。先是，明朝存糧在“右屯八十餘萬”石（《明熹宗實錄》第19卷）。後金軍打敗王化貞，奪得右屯糧倉。努爾哈赤下令征派牛一萬頭、車一萬輛，每十名男丁中出一人，前往右屯衛運糧。被征的牛，命烙上印記，將牛的顏色、大小及牛主姓名填寫交上備查。但許多牛或死於路，或被奪占，或以羸弱頂替肥壯，牛主既耽誤農作，又損失重大。一年後仍命要飼養公差牛一萬頭。征發差役不僅礙誤春耕，也影響秋收。蓋州要在收成季節出男丁三千一百七十七人，牛一千零三十二頭，修築蓋州城。但工程未竣，又派這些男丁和牛到複州去收割莊稼。遼民的勞力、耕牛、車輛在春耕和秋收時被大量征發，妨礙生產，引起不滿。
第五，強占田地。後金軍進入遼沈地區，滿洲貴族、八旗官兵等，分占田地，建立田莊。努爾哈赤汗諭“計丁授田”，將許多所謂“無主之田”，按丁均分，每丁授糧田五日、棉田一日。大量漢人田地，被分而占。努爾哈赤汗諭設立田莊。每男丁十三人、牛七頭，編為一莊。備禦以上，給莊田一所。而官將實占田莊，“多至五十餘所”（李民寏：《建州聞見錄》）。努爾哈赤汗諭遼西漢民移至遼東，同遼東漢民“同耕”，漢人占漢人之田。後金強占土地的政策，使得滿洲貴族與八旗官兵，占有大量遼河流域的沃土。這對後來清軍入關，圈占畿（jī）輔田地，以及八旗駐防占田，都有直接的影響。
第六，誅戮諸生。後金進入遼沈地區後，由於占地、移民、剃發、苛役等，引起遼東漢人不滿，起而反抗，遭到屠殺。至於攻陷城池之後，陷開原“城中士卒盡被殺”，下鐵嶺“士卒盡殺之”（《清太祖武皇帝實錄》第3卷），事屬戰仇怨結，屠戮為快，過殺失當，另作它論。但努爾哈赤重滿抑漢之策，實屬偏激。其子皇太極對“昔太祖誅戮漢人，撫養滿洲”（《清太宗文皇帝實錄》第64卷），亦覺不當，略作前鑒。其時，據史載：“聞十三站等處，殺遼人之不順者，又執少壯、奪妻子，是以嘯聚林莽山穀間。”（沈國元：《兩朝從信錄》第14卷）被執、被奪者，設法出逃。努爾哈赤始定嚴懲逃人法：“諭凡逃人已經離家，被執者處死；其未行者，雖首告勿論。”（《光緒大清會典事例》第855卷）而未逃幸存之文士生員，多被收在後金汗、八大貝勒包衣下，或在滿洲各級額真下為奴。《清太宗實錄》載述：
先是，乙醜年十月，太祖令察出明紳衿，盡行處死。謂種種可惡，皆在此輩，遂悉誅之。其時諸生隱匿得脫者，約三百人。至是考試，分別優劣，得二百人。凡在皇上包衣下，八貝勒等包衣下，及滿洲、蒙古家為奴者，盡皆撥出。（《清太宗文皇帝實錄》第5卷）
上述可見，其時屠儒之酷烈。
上舉努爾哈赤進入遼沈地區後，強令“剃發”、大量遷民、清查糧食、征發差役強占田地和誅戮諸生等六例弊政，攪得遼民傾家蕩產，顛沛流離，衣食無著，憤不欲生。女真各級額真及軍卒居漢人村屯，又逞威福，占田宅，索糧穀，侮妻女。廣大遼東漢人不堪忍受女真貴族的威逼、驅掠，焚劫、殺戮，紛紛起來通過各種形式，反抗後金汗努爾哈赤的殘暴統治。
首先是逃亡。遼民難以忍受後金貴族的盤剝和奴役，為圖生存，成戶、成村、成地區地逃亡。如連山關流民男四十人、女二十人，驅趕馬十八匹、牛五頭、騾四頭和驢二頭，集體逃亡。夾山河村二十戶居民，男女共八十人，僅耕田七日，無法生活，把喂養的豬、雞、狗宰殺後放在筐子裏，密議逃亡，但被告密捕捉定罪。紅草島附近五村漢人，用秫秸杆編成筏子渡河逃亡。李永芳哀歎道：沿海一帶漢民想殺女真人，逃往明朝。據《滿文老檔》記載，有的遼民誘請後金駐守台堡官兵到家裏飲酒，或鴆殺，或乘其醺醉殺死，然後棄家逃亡。到天啟五年即天命十年（1625），因鬧糧荒，社會秩序混亂，逃亡的人更多。努爾哈赤命在城門設鑼，逃人出城要敲鑼傳報，以派兵追捕。盡管如此，“逃去之人，絡繹接踵”（《明清史料》甲編）。