元祐六年(1091),三省要任命李清臣為吏部尚書,蘇轍認為不可。宣仁後以“缺官”為由仍想用李清臣等,蘇轍諫曰:李清臣等人“非有大惡,但昔與王珪、蔡確輩並進,意思與今日聖政不合”,“使黨類互進,恐朝廷自是不安靜矣。”就是說,李清臣等是神宗時的新黨人物,與如今的政見不合,若加進用,朝廷將不得安寧。宣仁後采納了蘇轍意見,進用李清臣等人之事遂止。
元祐八年九月,宣仁後死,哲宗親政。太後聽政期間,朝政取決於太後,廢除新法,不以哲宗為意,哲宗完全處於無權地位。太後一死,禮部尚書楊畏即上疏,請哲宗繼承其父神宗的法製,稱讚王安石變法,並請求召回章惇、呂惠卿、安燾、李清臣等人。紹聖初,哲宗即啟用李清臣為中書舍人,鄧潤甫為尚書左丞。此二人因久放外任,不得誌,心懷不滿,於是就向哲宗談神宗熙寧、元豐年間新法之事以激怒哲宗。此時,正趕上進士廷試,李清臣便撰寫策題,有意詆毀元祐之政。對此,蘇轍認為是異端邪說,上疏諫陳:“伏見禦試策題,曆詆近歲行事,有紹複熙寧、元豐之意。”接著又在肯定神宗功德的同時,指出:“至於其他,事有失當,何世無之?父作之於前,子救之於後,前後相繼,此則聖人之孝也。”認為神宗做得不對之處,哲宗予以補救,此乃“孝”舉,應該堅持,即力主繼續實行元祐更化,反對重行新法。並舉漢武帝和漢昭帝的例子說事:“漢武帝外事四夷,內興宮室,財用匱竭,於是修鹽鐵、榷沽(quègū,酒類專賣)、均輸之政,民不堪命,幾至大亂。昭帝委任霍光,罷去煩苛,漢室乃定……願陛下反覆臣言,慎勿輕事改易。若輕變九年已行之事,擢任累歲不用之人,人懷私忿,而以先帝為辭,大事去矣。”
據《宋史·本傳》記載:“哲宗覽表,以為引漢武方(比)先朝,不悅。落職知汝州。居數月,元豐諸臣皆會於朝,再責知袁州。未至,降朝議大夫,試少府監,分司南京(今河南省商丘市),筠州居住。三年,又責化州別駕,雷州安置,移循州。”其實,哲宗覽表“不悅”,蘇轍一貶再貶,並非因為他在上表中以漢武比神宗,而在於他反對哲宗起用李清臣、章惇、呂惠卿等神宗舊臣,全盤否定“元祐更化”,複行新法。哲宗要用神宗舊臣再行新法,蘇轍堅決反對哲宗“輕變九年已行之事”,即反對哲宗起用新黨,這就在執政理念上與皇上發生了根本衝突。加之“元豐諸臣皆會於朝”,“新黨”已重新上台執政,蘇轍被作為元祐舊黨的代表人物被一貶再貶,也就是情理之中的事了。