元祐六年（1091），三省要任命李清臣為吏部尚書，蘇轍認為不可。宣仁後以“缺官”為由仍想用李清臣等，蘇轍諫曰：李清臣等人“非有大惡，但昔與王珪、蔡確輩並進，意思與今日聖政不合”，“使黨類互進，恐朝廷自是不安靜矣。”就是說，李清臣等是神宗時的新黨人物，與如今的政見不合，若加進用，朝廷將不得安寧。宣仁後采納了蘇轍意見，進用李清臣等人之事遂止。
元祐八年九月，宣仁後死，哲宗親政。太後聽政期間，朝政取決於太後，廢除新法，不以哲宗為意，哲宗完全處於無權地位。太後一死，禮部尚書楊畏即上疏，請哲宗繼承其父神宗的法製，稱讚王安石變法，並請求召回章惇、呂惠卿、安燾、李清臣等人。紹聖初，哲宗即啟用李清臣為中書舍人，鄧潤甫為尚書左丞。此二人因久放外任，不得誌，心懷不滿，於是就向哲宗談神宗熙寧、元豐年間新法之事以激怒哲宗。此時，正趕上進士廷試，李清臣便撰寫策題，有意詆毀元祐之政。對此，蘇轍認為是異端邪說，上疏諫陳：“伏見禦試策題，曆詆近歲行事，有紹複熙寧、元豐之意。”接著又在肯定神宗功德的同時，指出：“至於其他，事有失當，何世無之？父作之於前，子救之於後，前後相繼，此則聖人之孝也。”認為神宗做得不對之處，哲宗予以補救，此乃“孝”舉，應該堅持，即力主繼續實行元祐更化，反對重行新法。並舉漢武帝和漢昭帝的例子說事：“漢武帝外事四夷，內興宮室，財用匱竭，於是修鹽鐵、榷沽（quègū，酒類專賣）、均輸之政，民不堪命，幾至大亂。昭帝委任霍光，罷去煩苛，漢室乃定……願陛下反覆臣言，慎勿輕事改易。若輕變九年已行之事，擢任累歲不用之人，人懷私忿，而以先帝為辭，大事去矣。”
據《宋史·本傳》記載：“哲宗覽表，以為引漢武方（比）先朝，不悅。落職知汝州。居數月，元豐諸臣皆會於朝，再責知袁州。未至，降朝議大夫，試少府監，分司南京（今河南省商丘市），筠州居住。三年，又責化州別駕，雷州安置，移循州。”其實，哲宗覽表“不悅”，蘇轍一貶再貶，並非因為他在上表中以漢武比神宗，而在於他反對哲宗起用李清臣、章惇、呂惠卿等神宗舊臣，全盤否定“元祐更化”，複行新法。哲宗要用神宗舊臣再行新法，蘇轍堅決反對哲宗“輕變九年已行之事”，即反對哲宗起用新黨，這就在執政理念上與皇上發生了根本衝突。加之“元豐諸臣皆會於朝”，“新黨”已重新上台執政，蘇轍被作為元祐舊黨的代表人物被一貶再貶，也就是情理之中的事了。