元祐六年(1091),蘇轍拜尚書右丞,進門下侍郎,相當於副宰相之職。前此,西夏來賀哲宗登極,相繼求和,且商議地界。朝廷許約,但屢次推脫,兩國地界未定。元祐四年,西夏人仍於疆事多方侵求,宋朝熙河將佐範育、種誼等,遂背約侵夏地以築質孤、勝如二堡,夏人遂即蕩平之。範育等又欲以兵納夏將趙醇忠,及擅招其部千餘人,而朝廷不接受。於是,西部邊界騷然不寧。有鑒於此,蘇轍請求罷去範育、種誼,別選老將出守熙河。宣仁後同意蘇轍意見,但當權大臣不從。到元祐六年,熙河前線又上奏章:“夏人十萬騎壓通遠軍境,挑掘所爭崖(chán),殺人三日而退。乞因其退,急移近裏堡寨於界,乘利而往,不須複守誠信。”即是說,準備不守誠信,乘西夏退兵之際,將邊界堡寨向西夏境內推進。
對此,朝廷召大臣議論。蘇轍認為,要議此事,“當先定議欲用兵耶,不用耶?”宰相呂大防說:“如合用兵,亦不得不用。”蘇轍說:“凡用兵,先論理之曲直。我若不直,兵決不當用。朝廷須與夏人議地界,欲用慶曆舊例,以彼此現今住處當中為直,此理最簡直。夏人不從,朝廷遂不固執。”接著又列舉宋朝在邊界問題上一再苛求西夏之事,並說:“今欲於定西域與隴諾堡一抹取直,所侵夏地凡百數十裏。隴諾祖宗舊疆,豈所謂非所賜城寨耶?此則不直,致寇之大者也。”嚴厲批評宋朝在邊界問題上不守誠信,導致夏人侵擾,邊界不寧。宰臣劉摯說:“不用兵雖美,然事有須用兵者,亦不可不用也。”仍力主對西夏用兵。蘇轍又奏曰:“夏兵十萬壓熙河境上,不於他處,專於所爭處殺人,掘崖,此意可見。此非西人之罪,皆朝廷不直之故。熙河輒敢生事,不守誠信,臣欲詰責帥臣耳!”不但直言朝廷不守誠信,理不直,兵不可用,而且揚言:如果熙河守將不守誠信,擅自用兵生事,他要動用職權,追究責任,態度十分堅決。
後由於宋朝邊兵屢次深入夏地,邊疆動亂不已,宣仁後於是同意了蘇轍的主張,遵守宋和西夏的原有約定,明確了雙方的地界,邊疆暫時安定。