元祐六年（1091），蘇轍拜尚書右丞，進門下侍郎，相當於副宰相之職。前此，西夏來賀哲宗登極，相繼求和，且商議地界。朝廷許約，但屢次推脫，兩國地界未定。元祐四年，西夏人仍於疆事多方侵求，宋朝熙河將佐範育、種誼等，遂背約侵夏地以築質孤、勝如二堡，夏人遂即蕩平之。範育等又欲以兵納夏將趙醇忠，及擅招其部千餘人，而朝廷不接受。於是，西部邊界騷然不寧。有鑒於此，蘇轍請求罷去範育、種誼，別選老將出守熙河。宣仁後同意蘇轍意見，但當權大臣不從。到元祐六年，熙河前線又上奏章：“夏人十萬騎壓通遠軍境，挑掘所爭崖（chán），殺人三日而退。乞因其退，急移近裏堡寨於界，乘利而往，不須複守誠信。”即是說，準備不守誠信，乘西夏退兵之際，將邊界堡寨向西夏境內推進。
對此，朝廷召大臣議論。蘇轍認為，要議此事，“當先定議欲用兵耶，不用耶？”宰相呂大防說：“如合用兵，亦不得不用。”蘇轍說：“凡用兵，先論理之曲直。我若不直，兵決不當用。朝廷須與夏人議地界，欲用慶曆舊例，以彼此現今住處當中為直，此理最簡直。夏人不從，朝廷遂不固執。”接著又列舉宋朝在邊界問題上一再苛求西夏之事，並說：“今欲於定西域與隴諾堡一抹取直，所侵夏地凡百數十裏。隴諾祖宗舊疆，豈所謂非所賜城寨耶？此則不直，致寇之大者也。”嚴厲批評宋朝在邊界問題上不守誠信，導致夏人侵擾，邊界不寧。宰臣劉摯說：“不用兵雖美，然事有須用兵者，亦不可不用也。”仍力主對西夏用兵。蘇轍又奏曰：“夏兵十萬壓熙河境上，不於他處，專於所爭處殺人，掘崖，此意可見。此非西人之罪，皆朝廷不直之故。熙河輒敢生事，不守誠信，臣欲詰責帥臣耳！”不但直言朝廷不守誠信，理不直，兵不可用，而且揚言：如果熙河守將不守誠信，擅自用兵生事，他要動用職權，追究責任，態度十分堅決。
後由於宋朝邊兵屢次深入夏地，邊疆動亂不已，宣仁後於是同意了蘇轍的主張，遵守宋和西夏的原有約定，明確了雙方的地界，邊疆暫時安定。