公元一六七年，漢桓帝去世。靈帝繼位之後，情況更加惡劣，饑餓的農民忍無可忍，終於爆發了全麵的反抗，其中規模最大的便是由張角領導的黃巾起義。
張角乃河北省钜鹿縣人，他們弟兄三個，大哥張角，二哥張寶，三弟張梁。兄弟三人給人治病，用“太平道”的宗教形式，聯絡群眾。大約十年光景，太平道傳遍了青州、徐州、幽州、冀州、荊州、揚州、兗州，豫州等八個州，教徒多達幾十萬。
張角弟兄三人在全國範圍內設置了三十六方，大方一萬多人，小方六七千人，各立首領。他們還傳著四句話，作為內部的暗號。四句話是：“蒼天已死，黃天當立；歲在甲子，天下大吉。”“蒼天”是指漢朝，“黃天”是指太平道。意思是約定天下三十六方在甲子年，即公元一八四年，漢靈帝中和元年，一同舉行起義，那樣就“天下大吉”了。
張角要他的弟子秘密地用白土在各地寫上“甲子”兩個字。字有大有小。大街小巷，店鋪住家的門口有“甲子”兩個字，不必說了，就連州郡官府的大門，甚至京師各城門都寫著“甲子”兩個字。
大方的首領馬元義首先召集了荊州和揚州的教徒幾萬人，準備跟張角商議決定哪一天起義。他親自帶著大量金銀財寶到了京師，把禮物送給中常侍封諝和徐奉，約他們作為內應。他們約定甲子年三月初五日全國同時起義，內外夾攻，來推翻東漢腐朽的皇朝。馬元義聯絡了封諝和徐奉，立即把日期通知張角，自己留在洛陽，暗地裏把同黨的人布置一下。
可是，在這個緊急關頭，張角的弟子，馬元義的助手唐周叛變，上書告了密。馬元義即遭逮捕。馬元義堅決拒絕了拜官封侯的“賞賜”，忍受了各種慘無人道的刑罰，終於慷慨就義。朝廷得不到馬元義的任何口供，可是從唐周嘴裏問出了一些線索。很快捉拿了與張角有關的人，光京師一地就被屠殺一千多人。
漢靈帝下詔書，囑冀州刺史捉拿張角弟兄。張角隻好臨時改變計劃，火速派人分頭通知三十六方提前半個月，全國同時起義。所有起義者頭上都裹黃巾以為標記，稱“黃巾軍”。
不幾天功夫，三十六方黃巾軍一起攻打郡縣，火燒官府，打開監獄，釋放囚犯，沒收官家的財物，開放糧倉，懲辦贓官、土豪。不到十天功夫，天下響應。青、徐、幽、冀、荊、揚、兗、豫八個州的郡守、刺史紛紛向京師告急，漢靈帝如熱鍋上的螞蟻。
漢靈帝拜國舅何進為大將軍，首先保衛京師，在臨近京師的八個緊要關口設置都尉，加緊防禦，再發朝廷掌握的精兵，分兩路去鎮壓起義農民。一路由尚書盧植帶領，向黃河以北進軍；一路由北地太守皇甫嵩和諫議大夫朱俊帶領，去攻打潁川一帶的黃巾軍。
為配合對黃巾軍的討伐，曹操被拜為騎都尉，率五千騎兵趕赴潁川助戰。
曹操第一次發揮了他的軍事指揮才能，在“長社之役”中，率騎兵隊全力猛衝，使張角軍團大亂，成功地配合了皇甫嵩的行動，很快將黃巾軍團擊潰。曹操在率騎兵猛衝時，身先士卒，以他精湛的騎術，高超的劍法，所向披靡。皇甫嵩正是趁這個機會，向黃巾軍發起全線攻擊的。
皇甫嵩、朱俊，加上曹操，三路官兵聯合，屠殺了好幾萬人，潁川的黃巾軍被鎮壓下去了。他們接著去打汝南和陳國兩郡裏的黃巾軍。逼得這兒的黃巾軍頭目波才無路可走，自殺身亡。兵無主將，各逃散。
這場戰亂結束後，皇甫嵩上個奏章，向漢靈帝報告打勝仗的情況和朱俊的功勞，還把曹操也寫了上去。大將軍何進請靈帝封皇甫嵩為都鄉侯，朱俊為西鄉侯，給曹操升了職，調任濟南相。
曹操任濟南相，從官階上說是進了一大步。他臨離開騎兵團的那一天，備足酒肉，與兵士同樂。意思有三：一是和騎兵團的告別儀式，二是自騎兵團打勝仗，這也是共慶勝利的祝捷酒了。三是緣於曹操的自賀意識。他認為複任議郎官，是自己能力的第一個明證。以騎都尉立軍功而升任濟南相，更是一次大的成功。他興奮之際又想吟詩了，但是麵對幾千軍士他隻有以酒代詩，頻頻舉碗，聲聲吆吼，好不熱鬧豪爽。
當時祖父曹騰已死，萬貫家財都為曹嵩所有。而曹操作為父親的唯一合法繼承人，並不對富有的家財感興趣。好像那些家財都與他無關似的，聽任父親去清點接管，他卻不在意。他隻對祖父懷有哀憫之情，他喜歡這個祖父，因為祖父拓展了他的宏大抱負。他不會忘記祖父對他說過的話，他一直把祖父的話看做政治教育的啟蒙篇。而父親愛財如命，目光短淺。現在即使有雄厚的家資，他當然不願意曹操離開家，出去冒險闖蕩。雖然到濟南是去任官，但在這亂世多事之秋，以曹操的性格和脾氣，怎不會沒有出格驚世之舉？這是讓曹操去冒險的事情。當然，曹操當然不會為父親所阻，即使小時候，他為了興趣愛好也不會聽從父親的。何況現在，他早已經自立成人，他更不會因父親而有絲毫改變。父子兩職能互相成全。
於是，曹操好言安撫好父親，便即刻走馬上任了。
曹操一副早年的政治理想，新官上任便雷厲風行。當時濟南也和其他地方一樣，官員腐敗，貪汙成風。曹操要按自己的理想去好好整治一番，他不能容忍他管轄的官場是個腐敗無能的官場，更不容許他統治的地方邪惡橫行。他經過一番詳細的了解，終於弄清各種現象和問題及其來龍去脈，他決定一一進行整頓和改革。
濟南有個漢室宗親叫劉章的，倚仗他皇親的關係，為所欲為。因其權勢很大，不少另有所圖的人便向他靠攏和巴結。劉章這人篤信鬼神，常與神道之人有交往。濟南西城幾個地痞，便投其所好，以“天龍教”教派自居，屢向劉章獻媚。其中一個頭子就叫陳天龍，頗通些易經八卦、陰陽五行之類。每與劉章談，為其看手、相麵、占卦，而所有手相、麵相、卦相，大都吉好，因此劉章十分高興。
有一次，陳天龍為劉章占卦之後，說：“劉皇親鴻運通達，本次出去狩獵，定有大獲，隻是我觀運相中有陰黑之點，如麵部小痣，必須去除，方無絲毫閃失。”
劉章急問：“如何去除，請教主指點。”陳天龍道：“吾遍察皇親四周，東南西北，四方通暢，唯有兩角上，有阻滯之氣，顯然陰黑之點緣於此了。”
劉章拍著腦門，想著他居住的西北角到底有什麼東西阻滯了他。可怎麼想，也確定不了。西北角上，東西多得很，有走廊，有亭榭，有假山，還有圍牆……
陳天龍這時說：“皇親所察，過於偏小，凡屬皇親之物，皆不會有阻滯之意，顯然應是圍牆之外的東西。據我卜算，出西北圍牆百步之外，定有近日新建之屋，那就是皇親鴻運道上的阻滯之氣了。”
劉章立即派人去看，果然西北圍牆之外百步的地方，近日新修了三間大屋。劉章聽了，立即派人前去拆除。並對“天龍教”教主陳天龍感謝不迭，贈以黃金白銀。陳天龍暗自高興，他這次一箭雙雕，因那三間大屋主人，近日正與他有隙，他是借劉章的手，搗了他的新巢，也算解了一時之氣。同時，還又得到賞賜的黃金白銀。