因為打了勝仗，黃巾軍的氣勢更加囂張了，一路殺過來，要橫掃兗州。第一個眼中釘便是屯軍在東郡的曹操。
東郡太守曹操正在東郡治下的濮陽操練兵馬。他剛聽到兗州刺史劉岱被殺的消息，心中就開始謀劃了。為了重建兗州防務，曹操立刻邀請附近郡縣首長，召集緊急軍事會議。曹操有個助手，正是當地東郡人，叫陳宮，字公台。他是曹操手下部將，又是個謀士。他向曹操獻計說：“兗州刺史劉岱陣亡，如今朝廷又無法立刻委任首長。我打算去跟州裏麵的一些頭麵人物聯絡，盡量說服刺史府的僚屬，替明府大人你爭取代理州牧職務。如果能爭取到這塊地盤，便能以此作為爭霸天下的基礎了。”
陳宮一番話頗使曹操動心，他很感激陳宮，當即同意陳宮的意見，並請他辛苦一趟。陳宮便立刻去了。
兗州刺史府正為劉岱戰死、黃巾黨人的攻擊迫在眉睫而惶恐不安。陳宮乘機遊說道：“如今全國處於分裂中，本州又沒有領導人物，很容易被人並吞，大家便會失去統領州民的職位，不如迎接東郡太守曹大人，有他來領導，不但可以對抗騷動中的黃巾黨人，並可以保護本州百姓有安居樂業的生活。”
濟北相鮑信一向很看得起曹操，並對曹操寄予很大希望，他也曾勸過曹操回到黃河南邊等待時機。這會兒他也在旁聽了陳宮之言，表示完全讚同，並以此鼓動在場的官吏。鮑信又幫著陳宮再去跟別的官吏接頭。那些做官的正擔心黃巾黨人跟他們過不去，現在能有人出來領頭撐持局麵，既可保護生命財產，又可繼續做官，何樂而不為？於是都很同意讓曹操接著劉岱任兗州刺史。
於是，在鮑信鼓動下，這些州吏便渡過黃河，到東武陽迎接曹操暫攝州事。並立刻整編州郡防衛軍，準備和氣勢正盛的黃巾黨人周旋到底。
由於雙方力量相差的懸殊，曹操便吃了敗仗。
雖然一開始就打了敗仗，但是曹操仍然顯得信心十足。他認真分析了黃巾黨人，認為黃巾黨人缺乏馬匹，機動性不高，且組織鬆懈。目前雖人數眾多，但恃勝而驕，警覺性相對下降。因此，他不打算和黃巾軍再作正麵會戰，決定改以奇襲戰術，來消磨對方氣勢。隻要對方氣勢喪頹，便不難剿滅了。
曹操經過反複思考之後，準備將奇襲的戰場設在壽張城，即今山東省東平縣西南。壽張城在濟水和汶水中間，有個頗為開闊的平原，最適合於騎兵的突擊。而騎兵一項，卻正是曹軍之長。曹操曾數度出任騎兵校尉，除了本身騎術高明外，更善於指揮騎兵戰。
曹操心思細膩，長於創造性策劃，而且一向勇於行動，經常喜歡自己跑到最前線。曹操對壽張之役的計劃周密很感驕傲，因此在會戰前夕，帶著鮑信到前線去視察，口沫橫飛地向鮑信說明他的作戰謀略。或許是興奮過度，曹操和鮑信的騎兵部隊超出了步兵部隊前麵一段很長的距離，正好來到汶水邊。突然間，眼前出現一支數千名的敵人部隊，曹操隻有以數百名的騎兵倉促應戰。但岸邊地勢不平，騎兵隊無法發揮衝鋒的力量，加上步兵未能及時支援，人數遠居劣勢，眼看就要全軍覆沒了。
危急中，鮑信要求少數勇猛的騎兵健兒，護圍曹操先突圍逃走，自己率僅存的騎兵部隊浴血死戰。雖然曹操極力反對，但鮑信表示軍隊不可沒有指揮官。為了顧全大局，曹操隻好趁隙突圍而出。結果曹軍死傷殆盡，鮑信也力戰而死，年僅四十一歲。
如此的知心朋友，卻為了自己的大意和冒險而犧牲，曹操非常痛心，他懸賞尋找鮑信的屍體不得，隻好請人用木頭刻了個鮑信的模樣，塗上油彩，祭吊下葬。祭吊時，曹操哭得很傷心，士兵們都被感動得流了淚。大家看到曹操為了一個陣亡將士竟哭得這麼傷心，心裏無不十分感動，很自然的便在心理上和曹操貼得更緊了。
為了紀念鮑信，曹操決心非贏得這場戰爭不可。
曹操集結了兗州所有青年，隻做了短暫訓練，便參與實際作戰。為了彌補軍隊作戰經驗不足，曹操全天候身著鎧甲，親自指揮戰事，因此，全軍士氣旺盛。新的兵源增加了不少，加上劉岱及鮑信所遺留下來的軍團，曹軍的戰鬥力量越來越強。
相反地，黃巾黨人組織鬆懈，缺乏軍事常識，雖然人多勢眾，但經不起曹操馬拉鬆式的窮追猛打，士氣再而衰，三而竭。接連數十次的大小會戰，曹操幾乎不讓黃巾黨人喘口氣。他將所有軍團全員出擊采取主動，輪番作戰。曹操軍隊機動性高，作戰士氣旺盛，幾場漂亮的大會戰下來，把數十萬黃巾黨人的戰鬥意誌完全打垮了。
曹操一向同情民變，如果不是鮑信這事件，他也絕不會對黃巾黨人如此的窮追猛打。因此等到黃巾黨人連續受挫，勢衰氣竭，曹操也從激烈的情緒中慢慢冷靜下來了。
當黃巾黨人勢力削弱時，曹操也展開了招撫的工作。
他甚至公開向武裝部隊將領們表示：“這次任務能否順利完成，安撫比追剿更重要得多。”
曹操大量向黃巾軍團領袖發出勸降書，雙方談判爭取停戰機會。但曹操倒不隻一味地想和敵人和談，他利用停戰期間，不停調動部隊，重新部署戰線，他集結不少精銳部隊，要設置不少作戰陷阱。
不久，談判破裂，曹操立刻展開行動。但他盡量避免殺戮，而以趕鴨子的策略，把大量黃巾黨人，逼壓到他預設的陷阱，再將他們圍堵起來。
時值寒冬，被圍困在濟北國的黃巾黨主力部隊，在曹操不停策動下，首先放下武器，無條件投降。曹操非常高興，立刻宣布不咎既往，老弱、缺乏作戰力的，全部遣返回鄉間，從事耕種。其餘三十餘萬人重新編組，加強訓練，編組為“青州軍”，並指導他們從事屯田的工作。
這一來，不但解決了黃巾黨問題，同時也增加了不少農業生產力，對漢末農村破敗後的重建工作幫助很大。但更重要的是，加上鮑信、劉岱合並的部隊，生平第一次，曹操終於擁有天下的精銳軍團了。
撫平青州黃巾黨人，使曹操的事業往前邁進一大步，他不但獲得全部郡縣官民對他的信賴，戰後也實質上控製了兗州境內所有的軍團。曹操不但聲望提高不少，也成為了真正擁有實力的競爭者。袁紹便乘機推舉曹操為兗州牧，幫助曹操成為一個名副其實、據地自大的軍閥。
曹操費了半年多工夫，消滅了青州地區的黃巾軍，他的兗州刺史的地位還沒有坐穩，又來了金尚騷擾，他隻有做好準備迎戰，結果，金尚挨了一個兜頭棒，慌忙逃跑，向南陽投奔袁紹的對頭袁術去了。
董卓遇刺後，王允主政期間，關東軍團和長安政府的對立狀態應已自然解除。但事實上，關東軍團的各領袖根本忘了政府的存在，反而為了擴充自我力量引發激烈衝突。袁氏兄弟反目成仇，鬧得比任何人都來得凶。袁紹結合了冀、青、兗、並四州的軍團領袖，更和荊州刺史劉表結為軍事同盟，兗州牧曹操當然是屬於親袁紹的軍團。袁術的陣營則有北方的公孫瓚，以及公孫軍團盟友的劉備及單經；徐州刺史陶謙、北海太守孔融也傾向於袁術。另外，孫堅遺留下來的部隊，由於少主孫策年紀還小，退守江東，雖隸屬袁術集團，但並不參與正麵的對抗。
袁紹和公孫瓚在北方對抗期間，為了牽製袁紹的兵力，袁術夥同其友軍，侵入袁紹的南方境界。劉備、單經、陶謙紛紛率兵駐屯高唐、平原、發幹等地，給予不少壓力。身為同盟的曹操，自然必須替袁紹分勞。他由兗州出兵，在青州西南大破劉備、陶謙等的聯軍。
南陽太守袁術知道曹操是袁紹的人，就想，現在曹操和袁紹他們占領了兗州，要是不趕快想辦法去阻止袁紹向這一邊擴張，將來他把冀州、兗州、青州連成一片，這對自己將是很不利的。於是，袁術就約北邊的公孫瓚進攻袁紹，自己發兵北上進攻曹操。
曹操為保住自己在兗州的地位轟走了金尚以後，正擔心長安方麵可能向他問罪，這會兒先受到袁術的進攻，覺得自己太孤單，就是做了刺史還沒經朝廷認可，在名義上也說不過去。他正為難的時候，平丘人毛玠向曹操建議道：“如今天下分裂，群雄割據，袁紹及劉表等雖擁有大軍，卻缺乏深謀遠慮，從未為穩固國家基礎貢獻絲毫力量。朝廷無財稅以治國，百姓無財產以安家，這種政權體製絕對無法持久。以大義之名興兵者勝，有正式官位才能擁有足夠財源。因此明公今後的策略，可以奉天子以令大臣，修耕植以蓄軍資，如此，則霸王之業可成。”