《黃帝內經》簡稱《內經》，原為18卷。其中9卷名《素問》；另外9卷無書名，漢晉時被稱為《九卷》或《針經》，唐以後被稱為《靈樞》，非一人一時之作，主要部分形成於戰國時期。注重整體觀念，既強調人體本身是一整體，又強調人與自然環境密切相關，運用陰陽五行學說解釋生理、病理現象，指導診斷與治療；把陰陽的對立統一看成是宇宙間萬事萬物產生、發展、變化的普遍規律。人體在正常情況下陰陽平衡，一旦這種平衡被破壞，就會生病，強調精神與社會因素對人體及疾病的影響及疾病的預防，反對迷信鬼神。全麵總結了秦漢以前的醫學成就，標誌著中國醫學發展到理論總結階段。該書在中國醫學有很高地位，後世曆代有所成就醫家，無不重視此書。部分內容曾被譯成日、英、德、法等文字，對世界醫學的發展亦產生了不可忽視的影響。
《神農本草經》又稱《神農本草》，簡稱《本草經》、《本經》。非一人一時之作，“神農”為其托名。戰國及秦漢醫藥學家通過對藥學資料不斷搜集整理，最後成書。分為序例(或稱“序錄”)1卷，本文3卷。收載藥物365種，其中植物藥材252種，動物藥67種，礦物藥46種。涉及病證約170多種，包括內、外、婦、兒等科疾病。該書根據功用毒性的不同，將藥物分為上、中、下三品，這是中國藥學史上最早的藥物分類法。該書為中國現存最早的一部藥物學典籍，所收載的大多數藥物沿用至今，其功效已為長期臨床實踐和現代科學研究所證實。書中提出的藥物學理論和用藥原則大多正確而具有很高的科學價值。該書為中國古代的藥物學理論奠定了基礎，對後世藥物學發展產生了深遠影響，至今仍為學習中醫藥的重要參考書。
《傷寒雜病論》又名《傷寒卒病論》，張仲景著於漢末。書中概括了中醫的四診、八綱、八法，理法、方藥齊備，確立了辯證論治原則；以髒腑論內科雜病，兼及婦、外科疾病，共記載40餘種疾病，對其病因、病機及診斷、治療均有精當論述；載方269首，基本概括了臨床各科的常用方劑，對方劑的君臣佐使及加減變化已有較高要求，所用劑型已有10多種，積累了豐富的實踐經驗和較係統的方劑學理論知識。該書為中國醫學史上影響最大的著作之一，曾有四五百家對《傷寒雜病論》進行探索，留下近千種專著、專論，形成獨特的傷寒學派，自唐宋以來，其影響遠及國外。
《千金翼方》孫思邈撰於682年，係作者為補充《千金要方》而編集。卷首為“藥錄”，輯錄藥物800餘種，詳論其性味、主治等，其中有些是唐以前未收錄的新藥和外來藥物。書中對內、外各科病證的診治在《千金要方》的基礎上均有增補，並收載了當時醫家秘藏的漢張仲景《傷寒論》內容，選錄《千金要方》所未載的古代方劑2000餘首。中國刻印或影印本近20版次，日本亦有多種刻印本。
《銅人腧穴針灸圖經》又稱《新鑄銅人腧穴針灸圖經》簡稱《銅人經》或《銅人》。宋王惟一撰。刊於1026年，並刻石於相國寺仁濟殿內。係在作者創製的針灸銅人模型基礎上編撰的。書中手足三陰三陽經脈和督循任穴的循行、主病及其腧穴部位，參考各家學說予以訂正。附經腧穴圖。該書總結了北宋以前針灸腧穴的主要成就，流傳甚廣，對針灸學的發展起了一定的推動作用。1949年後有影印本。
《本草綱目》明李時珍撰寫於1578年，初刊於1593年。全書載藥1892種，其中植物藥1094種，其餘為礦物及其他藥物，由李時珍新增入的藥物就有374種。書中附有藥物圖1109幅，方劑11096首，其中約有8000多首是李氏自己收集或擬定的。每種藥物分列釋名、集解、正誤、修治、氣味、主治、發明、附方等項。書中不僅考正了過去本草學中的若幹錯誤，綜合了大量的科學資料，也提出了相當科學的藥物分類方法，特別是書中將動物藥按“從賤到貴”的順序排列，記載了動物對生活環境適應的重要資料，說明李時珍具備生物學進化思想。此書曾先後刻印數十次，在中國促進了本草學、生物學研究，在世界上也產生了很大影響，出現英、法、德、日等多種文字的節譯本或全譯本。其中的一些資料，直接影響達爾文進化論的形成。
《溫熱論》清葉桂講授，門人顧景文等據筆記整理而成；《續臨證指南》中稱為《外感溫熱篇》；《溫熱經緯》中稱作《葉香岩外感溫熱病篇》；《醫門棒喝》則稱《葉天士溫熱論》。闡明溫病發生、發展規律，歸納為“溫邪上受，首先犯上，逆傳心包”；提出溫病發展的衛、所、營、血四個階段，表示疾病由淺入深的四個層次；敘述辨舌、驗齒、辨斑疹等意義。在溫病學說的發展上，起了承前啟後的作用。現有多種刊本。