方劑的組成不是單純藥物的堆積，而是有一定的原則和規律。古人用“君、臣、佐、使”四個部分加以概括，用以說明藥物配伍的主從關係。一個療效確實的方劑，必須是針對性強，組方嚴謹、方義明確、重點突出、少而精悍。
（1）現將“君、臣、佐、使”的含義分述如下：
①君藥是針對病因或主證起主要治療作用的藥物，一般效力較強，藥量較大。
②臣藥是指方中能夠協助和加強主藥作用的藥物。
③佐藥是指方中另一種性質的輔藥。它又分：
正佐：協助主藥治療兼證。
反佐：對主藥起抑製作用，減輕或消除主藥的副作用。
④使藥有兩種意義
引經藥，既能引方中諸藥至病所的藥物。
調和藥，既具有調和方中諸藥作用的藥物。
例如一病人惡寒發熱、無汗而喘、頭痛、脈浮緊。其辯證是風寒表實證。擇用麻黃湯治療，方中之麻黃，辛溫，發汗解表，以除其病因（風寒）而治主證為主藥；桂枝，辛甘溫，溫經解肌，協助麻黃增強發汗解表之功，為輔藥；杏仁，甘苦溫，助麻黃宣肺平喘，以治咳喘之兼證為佐藥；甘草，甘溫，調和諸藥為使藥。
簡單的方劑，除了主藥外，其它成分不一定都具備。如芍藥甘草湯，隻有主、輔藥；左金丸，隻有主藥黃連和佐藥吳茱萸；獨參湯，隻有主藥人參，複雜的方劑主藥可有兩味或兩味以上，輔、佐、使藥也可有兩味或多味。
（2）方劑的運用（變化）
方劑的組成既有嚴格的原則性，又有極大的靈活性。
①藥味加減的變化
是在主證未變的情況下，隨著兼證的變化，加入或易去某些藥物，使之更合乎治療的需要，也叫“隨證加減”。例如麻黃湯主治風寒表實證，假如外感風寒所傷在肺，症見鼻塞聲重，咳嗽痰多，胸悶氣短，苔白脈浮者，當以宣肺散寒為主，在麻黃湯中易去炙甘草，加上生薑組成三拗湯，使肺氣宣暢，自然諸證皆除。
②藥量加減變化
這種變化是指組成之方劑的藥物不變，但藥量有了改變，因而改變了該方功用和主治證的主要方麵。例如，四逆湯和通脈四逆湯，二方都由附子、幹薑、炙甘草三味組成，但前方中薑、附用量較小，主治陰盛陽微而致四肢厥逆。惡寒卷臥，下利脈微細的證候，有回陽救逆的功用。後方中薑、附用量較大，主治陰盛格陽於外而致四肢厥逆，身反不惡寒，下利清穀，脈微欲絕之證候，有回陽逐陰、通脈救逆的功用。
③劑型更換的變化
中藥製劑種類較多，各有特點。同一方劑，由於劑型不同，其治療作用也不相同，例如，理中丸由幹薑、白術、人參、甘草等量組成丸劑，治中焦虛寒、自下利、嘔吐腹痛、舌淡苔白，脈沉遲之證。若治上焦陽虛而致胸痹，證見心中痞悶、胸滿、脅下有氣上逆搶心、四肢不溫、脈沉細等，即用上四味藥煎成湯劑分三次服（即人參湯）。這是根據病位有中上之別，病勢有輕重之異，所以一取丸劑緩治，一取湯劑急治，臨床上經常將湯劑改成丸、散、膏劑，或將丸、散方藥改為湯劑，主要是取緩急不同之意。
（3）常用劑型（製劑）
劑型是根據臨床使用中草藥治療各種疾病的需要，將藥物製成一定大小或不同形的製劑，中草藥劑型很多，並隨著中西醫結合的不斷發展，中草藥的劑型日益增多，傳統的劑型在質量上、工藝上也有很多改革，現將常用劑型介紹如下：
①湯劑把藥物配齊後，用水或黃酒，或水酒各半浸泡後，再煎煮一定時間，然後去渣取汁，稱為湯劑，一般作內服用，如麻黃湯、歸脾湯等。湯劑優點是吸收快，療效快，而且便於加減使用，能較全麵地照顧到每一個病人或各種病證的特殊性，是中醫臨床最廣泛使用的一種劑型。
②散劑是將藥物研碎，成為均勻混合的幹燥粉末，有內服與外用兩種。內服散劑末細量少者，可直接衝服，如七厘散；亦有粗末，臨用時加水煮沸取汁服的，如香蘇散。外用散劑一般作外敷、摻散瘡麵，或患病部位，如生肌散、金黃散；亦有作點眼、吹喉外用的，如冰硼散。散劑有製作簡便，便於服用攜帶，吸收較快，節省藥材，不易變質等優點。
③丸劑是將藥物研成細末，以蜜、水或米糊、麵糊、酒、醋、藥汁等作為賦型劑製成的圓形固體劑型。丸劑吸收緩慢，藥力持久，而且體積小，服用、攜帶、貯存都比較方便，也是一種常用的劑型。一般適用於慢性、虛弱性疾病，如歸脾丸、人參養榮丸等；亦有用於急症，如安宮牛黃丸、蘇合香丸等。臨床常用的丸劑有蜜丸、水丸、糊丸、濃縮丸等數種。