論證小組深感責任重大，態度變得格外審慎。他們分析有些工程大大突破概算，首要原因是前期工作不充分，特別是地質情況未搞清，挖開基礎後發現地質有重大缺陷，因而大大增加了工程量。三峽工程壩址的地質情況較好，並經過長期勘探，這是它的有利條件。在論證中提出的庫岸滑坡和誘發地震問題，都已由地質地震專家組作出了明確一致的結論。但三峽工程畢竟規模巨大，將來設計施工中總會有些未能預見的因素。因此，論證組認為：在可行性研究階段，工程量和投資計算必須留有適當餘地。除樞紐工程外，三峽工程的總投資還包括移民安置和輸電工程兩大部分，都請有關專家進行了詳細的複核。最後，論證小組對三峽工程靜態投資的概算為：按1990年價格計算，三峽工程的總投資為570億元，其中樞紐工程298億元，移民安置185億元，輸電工程87億元。工程的工期分為三個階段：施工預備期3年，從主體工程開工到第一批機組發電9年，以後陸續安裝電機直到全部完工預計為6年。
論證中主要的分歧是在動態投資的計算上。以靜態投資為基礎，各個建設項目都要考慮建設期間的貸款利息和通貨膨脹率，計算資金的總需求量，即動態投資。根據國家計委認可的計算方法和標準，三峽工程如在近期開始施工準備，其資金總需求量約為1500億元，其中在發電前需要的資金約為600億元，開始發電後的資金，可逐步由工程本身和葛洲壩的收入支付，在全部工程完成後的第二年即可償還全部貸款的本息。由於假定的貸款利息特別是通貨膨脹率的不同，也可算出差距幾倍的動態投資。對此，論證組請權威部門的經濟金融專家進行論證。專家們認為，三峽工程的貸款利息是在建設後期即開始發電後，用自己的收入來償還，而不是用投資的錢來償還，因此，不是實際的資金需求。由於三峽工程有投入，也有產出，投入的物價漲價，產出的電價也上漲，所以，作經濟評價時，可以不計物價因素。
在論證中發現：由於長江三峽的年均水量達4500億立米，建壩後可轉化為高達840億千瓦小時的年均電量，比其他江河上同樣水頭的水電站（一般年均水量幾百億立米，年均電量幾十億千瓦小時），有很大的優越條件。因此，單位千瓦的造價相對不高。
論證組認為，三峽工程的建設是符合目前國民經濟水平的。這可從三峽的主要產出指標――發電能力來考察。現在建議的三峽裝機容量為1768萬千瓦。50年代末期，我國全國的電力容量還不到1000萬千瓦；60年代末期也僅2000萬千瓦；70年代末期發展到6000多萬千瓦；到80年代末期已達1.2億千瓦以上，預計到本世紀末將達到2.4億千瓦以上。現在全國每年投產的發電能力超過1000萬千瓦，每年的電力投資超過300億元。即使不建三峽工程，華中和華東也必須建設其他電站；即使將三峽工程的全部投資納入電力投資，它占全國電力投資的比重也將不超過當年的葛洲壩建設。
防止移民安置對生態與環境可能產生的不利影響
在論證中，以中國生態學會的已故理事長馬士駿為組長的生態與環境專家組，集合了各方麵專家學者，經過詳細調查和充分討論，提出了綜合評價和相應對策。1992年，中科院環境評價部和長江水資源保護科學研究所，根據國家的有關規定，共同編製了三峽工程環境影響報告書，已經國家環保局終審通過。
專家組指出：三峽工程在建設過程中，需要安置的移民達100多萬，其中一半是城鎮居民，一半是農村居民。對城鎮居民，遷移城鎮一般不改變他們的原有生產條件。對農村居民，由於水庫淹沒耕地36萬畝（其中水田11萬畝）和柑橘地7.5萬畝，必須重新安排生產條件。農村移民和被淹的土地，分散在庫區周邊2000公裏的19個縣市的範圍，每個縣市淹沒土地的比重不大，沒有一個鄉全淹，這是有利的方麵。但同時應看到，這個地區是我國最貧困的地區之一，過去的亂墾濫伐已使生態環境十分嚴峻。如果對移民安置缺乏統一的規劃和領導，必將加重亂墾濫伐，使生態與環境更加惡化。從另一方麵來看，如果利用移民安置的大量投入，進行合乎科學的統一規劃並加強領導，這對本地區的環境改造和人民的脫貧致富，也是最好的轉機。因此，移民安置對於這個地區，既是一個挑戰，也是一個機遇。當地的廣大幹部群眾，翹首仰望三峽工程，是可以理解的。