三峽工程地理位置優越，能控製荊江河段洪水來量的95%以上，控製武漢以上洪水來量的三分之二左右，特別是能夠有效地控製上遊各支流水庫以下至壩址約30萬平方公裏暴雨區所產生的洪水。這是其他防洪措施所難以替代的。三峽工程是提高荊江河段防洪標準，保障兩岸人民生命財產安全的一項關鍵性工程措施。
三峽工程的防洪作用顯著，可以將荊江河段的防洪標準由十年一遇提高到一百年一遇；配合分蓄洪工程，可以防止荊江河段發生毀滅性災害；可以減少流入洞庭湖的水、沙，減輕洞庭湖的淤積和防洪負擔，延長洞庭湖的壽命；可以較大幅度地減少中遊的分蓄洪損失；可以減輕洪水對武漢地區的威脅，對下遊地區也有一定防洪作用。為了保障長江中下遊地區特別是荊江河段南北兩岸1500萬人民的生命和財產安全，使社會長治久安和國民經濟持續穩定協調發展，及早興建三峽工程是十分必要的。這也是興建三峽工程的主要出發點。
三峽工程可為華中、華東和川東地區提供重要的能源任何一個水利工程的興建，都應該盡可能地發揮其綜合效益。三峽工程也不例外，除了要考慮其首要的巨大的防洪作用外，同時還要利用水力發電，帶來巨大的發電效益。三峽水電站，年發電量840億千瓦/時，約相當於1991年全國總發電量的八分之一。與火電相比，相當於14座裝機容量120萬千瓦的火電廠和三個年產1500萬噸規模的煤礦及相應的運輸工程。興建三峽工程對緩解華中、華東及川東地區能源供應的緊張狀況，減輕煤炭供應和運輸的壓力具有重要意義。同時，三峽工程地處我國腹地，距各大負荷中心的輸電距離均在1000公裏左右，三峽工程的建成將促進全國幾大電網聯網，可大大提高電網運行質量和效益。
積極開發水力資源是我國能源發展的一項重要方針。目前國家正在長江支流上建設二灘、五強溪、隔河岩、東江、銅街子、寶珠寺等一批大型水電站。根據國民經濟發展的需要，長江幹支流上其他規劃中的主要骨幹水電站，都將在本世紀末和下世紀初得到開發。三峽工程的興建將進一步促進我國水電的開發，同時也將為西電東送起到中間支撐點作用。
三峽工程的另一個效益就是可提高川江航道通過能力，促進長江航運事業的發展目前重慶至宜昌660公裏航道，流經丘陵和高山峽穀，落差120米，灘多水急，航道通過能力小，運輸成本高，限製了航運發展。三峽工程建成後，將改善通航條件，下水單向年通過能力由目前的1000萬噸提高到5000萬噸，航運成本可降低35%至37%，萬噸級船隊有半年時間可直達重慶，為發展西南地區的經濟和繁榮長江航運事業創造條件。
三峽工程是一項綜合利用水利工程，除防洪、發電、航運等效益外，還可增加長江中下遊枯水期流量，有利於沿江城鎮的供水，有利於南水北調、緩解北方地區缺水矛盾，並有灌溉、水產、旅遊、發展庫區經濟等效益。三峽工程的興建，對促進華中、華東、西南地區乃至全國的經濟建設和社會發展都具有十分重要的意義。
關於三峽工程的建設方案，鄒家華作了如下說明：
三峽工程正常蓄水位的選擇，涉及工程規模、工程效益、水庫淹沒、移民安置和泥沙淤積等重大問題。國務院於1984年曾原則批準正常蓄水位150米的《三峽工程可行性研究報告》。同年，重慶市政府向國務院報告，要求將正常蓄水位提高到180米，以便萬噸級船隊能直達重慶港。交通部門也持同樣的看法。在重新論證和審查中，根據各方麵提出的意見和要求，分別對正常畜水位150米、160米、170米、180米，以及“兩級開發”和“一級開發、分期蓄水”等六個方案進行了全麵的技術和經濟論證。考慮到三峽工程首先應當滿足中下遊的防洪要求，萬噸級船隊能夠直達重慶，泥沙淤積問題的處理要有把握，以及庫區人民不希望水庫在防洪運用時因超蓄而造成臨時搬遷等因素，最後確定，采用水庫正常蓄水位175米，大壩壩頂高程185米和“一級開發，一次建成，分期蓄水，連續移民”的建設方案。該方案比原方案更為合理，防洪庫容由原來的73億立方米增加到221億5千萬立方米，使三峽工程的防洪、發電、航運效益增大，是各有關部門、地方和庫區人民都能夠接受的方案。初期先按156米蓄水位運用，有利於移民安置，又可驗證泥沙淤積對庫尾航道、港口的影響。