清廷對於這次編練新建陸軍很是重視，把它看作“中國自強關鍵”。所以，朝廷無論在財力和人力上都給予了優厚的待遇。部隊的薪餉等費用全部由戶部負責供給。
袁世凱在綠營軍裏對各級軍官克扣軍餉深惡痛絕，他在軍餉發放上進行了徹底的改革。
第一個改革措施就是向戶部打報告提高軍餉標準，在分配上體現出技術含量越高的，拿餉銀就越多。炮兵、騎兵比一般步兵拿得高，而洋員和翻譯等文職人員又要高一些。
第二個改革措施，就是革除官弁層層克扣士兵薪餉的積弊。袁世凱不許營員插手放餉，由餉局安排專門的出納人員事先分別包好，按名冊列隊發放到各人手中。還派出“紀檢小組”前往各營監督發給，士兵直接按時領到餉銀，齊聲叫好。從此，新軍直接發餉成為一項鐵律。
新軍製定了嚴格的製度，諸如《兵丁駐紮營暫行章程》《操場暫行章程》《行軍暫行章程》《簡明軍律二十條》《查拿逃兵法》等條規，在《簡明軍律二十條》中規定了18條斬罪。要求士兵嚴格遵守，對違章者，加以嚴懲；對嚴格執行者，或記功賞銀，或提升。
有一次，馬隊哨長範樹杞操練時，帽子上的翎枝掉到了地上。他自己不敢下馬取起，跟隨其後的士兵劉朝舉為其下馬拾起。袁世凱連這件小事也不放過，立即處罰劉朝舉兩百軍棍，範樹杞被摘去頂翎。
在一次拉練訓練中，正兵範榮新背槍出隊買西瓜來吃，依照軍規被懲以耳朵穿箭。所在營的領官吳金彪摘去頂戴，所在哨的哨官張殿如被責打兩百軍棍。曾有一名士兵酒後亂性強奸民女，袁世凱接到報告後，極其憤怒，嗬斥所有求情者，令執法官將其立斬決，以整軍紀。
還有一次，哨長劉三勝帶領一支小隊奉命在小站一帶巡邏，巡邏的一名士兵趁哨長不注意的時候，溜出去玩了一圈，回隊後被哨長發現，受到嚴懲。還有一名士兵竟帶著刺刀偷偷溜回老家，擅離職守，遭到嚴懲。在訓練中，發現炮兵吆五喝六，大聲喧嘩，炮隊哨官徐武魁的頂戴立即被給他人。
袁世凱治軍之嚴，事無巨細，從小事抓起，甚至戰馬養不肥都要追究馬隊隊長的責任。有一個哨長操練時在河邊呼喊對岸的熟人，被責打五百軍棍，摘去頂戴。一般人都說，袁世凱用人不是故舊就是老鄉，或者是同僚下屬。但是，袁世凱在建立個人權力網絡之時，則非常注重對方的才能。如果是平庸的混吃混喝之輩，再鐵的關係也不用。有一名哨官，到京城托皇親國戚向袁世凱說情，想晉升為領官，結果不僅沒有得到提拔，反而將哨官的頂戴也拿掉了。
新軍還對行軍、住宿、操練等方麵都作出了嚴格的規定。嚴格執行者給予獎勵、升遷，違反者將會受到各種懲戒。新建陸軍正是靠這種嚴正軍紀，有錯必究，絕不偏袒，才造就了一支足以與世界軍事強國接軌的新式軍隊。
新軍編了《勸兵歌》《對兵歌》《行軍歌》等口訣和歌謠，教育士兵要“敬官用命”。
就這樣，袁世凱在天津小站把7000多人的“新建陸軍”練成了中國近代軍事力量的核心。經過十餘年的發展，小站軍人遍布全國，形成了以小站係統為核心的北洋政治軍事集團，曾長期掌管民國初年的中央政權。據統計，小站走出了5位民國元首，他們分別是：袁世凱、馮國璋、徐世昌、曹錕、段祺瑞。還有5人擔任了民國國務總理，有16人做過省長、督軍以上的封疆大吏。而從小站出身而任一般將領者，更難以統計。
袁世凱小站練兵，揭開了清軍編練近代化軍隊的序幕，在中國近代軍製史上是一個重大改革和裏程碑。同時它也是袁世凱邁向中國權力中心的重要一步。