袁世凱當上中華民國的首任大總統後，“北洋三傑”中的王士珍因忠於清廷而退隱還鄉，態度曖昧的馮國璋外調南京，隻有力主共和的段祺瑞留在北京，因為中央軍事還離不開段祺瑞這個北洋軍中的元老。然而，隨著袁世凱稱帝步伐的加快，兩人的矛盾逐漸激化。段祺瑞得罪了一心想當太子的袁克定，命運很快發生逆轉。
袁世凱的心腹幕僚阮忠樞受袁克定指派，試圖動員段祺瑞再一次聯絡北洋將領，全國通電，擁護袁世凱稱帝。不等阮忠樞說完，段祺瑞便憤怒地打斷他的話，說道：“真是滑天下之大稽！袁大總統早就說過不當皇帝了，你們還敢胡鬧！”
段祺瑞的不予配合，令袁克定火冒三丈，便經常在袁世凱耳邊聒噪，說段祺瑞壞話，挑撥離間。不久，袁克定親自前往河北正定請有忠君情結的王士珍出山。王士珍勉強同意後，袁世凱立即任命王士珍為陸軍上將，委以統率辦事處坐辦，從而架空了段祺瑞。
不久，袁世凱主持會議討論日本強加給中國的“二十一條”。會上大家義憤填膺，段祺瑞更是拍案而起，怒罵道：“小日本欺人太甚，如此條件過於苛刻，絕對不能接受！”會後，段祺瑞以陸軍總長名義，領銜19省將軍通電請纓，稱“天下興亡，匹夫有責”，表示堅決反對簽訂“二十一條”，甚至不惜與日本人決一死戰。
袁世凱稱帝在即，有人勸段祺瑞，哪怕違心地表示一下“勸進”，也可以改善他與袁世凱的關係，否則他的日子會越來越不好過。而段祺瑞則公開宣稱：“當年我領銜通電主張共和、取消帝製，如今卻要我領銜通電取消共和，擁項城稱帝，這種出爾反爾的事我是絕對不會幹的！”隨後，袁世凱免掉了段祺瑞陸軍總長的職務。段祺瑞作為袁世凱昔日的心腹愛將，為什麼轉而反對袁世凱稱帝呢？
事後，段祺瑞對侄兒段宏綱透露：袁稱帝前，他曾五次勸阻，結果三次被拒絕，兩次吃了閉門羹。他勸阻袁世凱稱帝，說此事關係國家安危及袁氏身家性命，是萬不能做的。而袁稱帝後，他未公開聲討，則是出於他受袁世凱幾十年的知遇之恩。所以，論公，段祺瑞寧死也不參與；論私，段祺瑞從此隻有退隱，絕不多發一言。
袁世凱宣布稱帝後，隨著蔡鍔的揭竿而起並取得軍事上的勝利，看風使舵的各省紛紛宣布獨立。袁世凱沒想到，他一手培養起來的北洋將領會成為他的敵人，而領銜者竟是他多年的左膀右臂。麵對內外混亂的局麵，袁世凱想到讓段祺瑞出山穩定局勢。
此時，袁世凱已在憂急之中病倒，他寫了一封親筆信派人送到段祺瑞手中。信中言辭懇切，希望段祺瑞看在兩人多年的交情上，能到中南海一敘。