隨著北洋軍閥直、皖、奉三大派係的形成，軍事鬥爭局勢變得異常複雜。張勳複辟被推翻後，直係馮國璋當上了代理總統，曹錕是直係西路軍隊的統帥。而跟隨曹錕的吳佩孚，開始謀劃借軍閥之間的爭奪為自己爭得一席之地。
1918年2月，西路統帥曹錕令吳佩孚以代理第三師師長身份任前敵總指揮。吳佩孚連克嶽州、長沙、衡陽等湘中重鎮，被稱為“常勝將軍”。
但應領攻湘首功的吳佩孚，卻得到了不平等的待遇，段祺瑞把“湖南督軍”的寶座讓給了自己的心腹張敬堯，吳佩孚隻撈得了“援粵軍副總司令”的虛銜，直係打仗，皖係做官。除了氣憤賞罰不明外，吳佩孚還在擔心皖係與直係之間矛盾的擴大甚至惡化。
同年6月，吳佩孚攻下湖南最重要的戰略要地——衡陽，打開了通向西南的門戶。戰後，吳佩孚開始按兵不動，第三師全體罷戰。這一舉動，使一直暗鬥著的直、皖兩派已無法再保持“麵和”的態勢，轉入公開的分裂對抗。
1919年，全國爆發了反對“巴黎和約”的五四愛國運動。麵對民族危亡，皖係力主簽約。而直係卻堅決反對，特別是吳佩孚，還通電大總統徐世昌：“青島得失，為吾國存亡關頭。如果簽字，直不啻作繭自縛，飲鴆自殺也。”
這是吳佩孚發自內心的想法，他曾說過：“不愛錢，不蓄妾，不入租界，執簡以書，是為真不朽。”在國家民族利益受損的關頭，他就是一個富有膽略的愛國軍人。
1918年至1919年的兩年間，直係兵力日趨強大，從5個混成旅擴大為9個。與此同時，直係對皖係的不滿越積越深。在軍事、政治條件皆成熟的情況下，醞釀已久的直皖戰爭爆發了。
在一旁隔岸觀火的奉係軍閥張作霖，看準時機趁火打劫，聯合直係軍隊突然出兵，5日內便把皖係徹底打敗。
張作霖幫助直係軍閥，實質上是在擴大自己的勢力。他根本看不起曹錕和吳佩孚兩人，借他們之手除掉老將段祺瑞才是他的大計。
吳佩孚非常清楚張作霖的用意與企圖。到1921年年底，經過一年多的擴軍練兵，吳佩孚在洛陽已擁有10餘萬兵力，成為直係集團中的主要軍閥之一。吳佩孚不甘心在直皖戰爭中既得利益受損，更憤怒於直係權威受到挑戰，終於拉開了新的戰幕，打響了他與奉係軍閥之間的直奉戰爭。
可以說，直奉戰爭的開始，標誌著中國軍閥戰亂逐漸達到了頂峰。同時，這也是吳佩孚個人命運至關重要的一戰，因為在這一場戰鬥中，吳佩孚成了當時最有可能統一中國的人。