胡耀邦對賈素萍等人說：“這些材料很能說明問題，我們根據這些複查的材料，可以起草報告提綱，送給中央常委參閱了。”1978年11月20日，胡耀邦與賈素萍等人以中央組織部的名義向黨中央寫出了詳細的《關於“六十一人案”的調查報告》。
這份調查報告戳穿了康生、“四人幫”栽贓誣陷製造大冤案的醜行，否定了康生說的“永遠翻不了”的“鐵案”“鋼案”的謬論。
調查報告分為7個部分，講了7個問題。
一、“六十一人案”是一起重大錯案；
二、61人在反省院的表現；
三、61人出反省院的經過；
四、61人出獄後的情況；
五、“文化大革命”前，中央審查六十一人這段曆史的情況；
六、調查的結論和處理意見。
調查報告得出的結論是：“我們認為，在‘文化大革命’中提出的所謂薄一波等‘六十一人叛徒集團’是不存在的，是一個大錯案”。
中組部提出了明確的處理意見，認為應及早平反昭雪。他們寫道：“薄一波同誌等在反省院對敵鬥爭的表現是好的。出獄時他們在敵人擬好的‘反共啟事’上捺了手印，並發表在當時的平、津報紙上，是執行黨的組織的指示。當時北方局的決定，不是劉少奇同誌個人的意見，參與決定這個問題的還有柯慶施等當時北方局的領導同誌。1936年，張聞天同誌是中央的總書記，他的批複，應該看作是代表中央的。許多同誌說明，毛澤東曾向他們表示中央知道他們出獄的經過，這一點應該認為是可信的。中央和北方局根據當時華北民族鬥爭和階級鬥爭形勢以及薄一波等同誌在反省院的表現，指示他們可以履行敵人規定的手續出獄，以便為黨工作，這是組織上在當時特定的曆史條件下采取的特殊措施。對那些根據黨組織指示，在敵人擬好的反共啟事上捺手印並登報後出獄，在‘文化大革命’中被錯誤處理的同誌，應該恢複黨籍，恢複原工資級別，酌情安排適當工作。因這一問題使其家屬、親友受到株連和錯誤處理的，也應改正過來。已經去世的，應做好善後工作。”
1978年11月10日至12月15日，十一屆三中全會召開前，中央正在北京召開工作會議。胡耀邦正好在這個時候把調查報告報給黨中央。
陳雲看後，在東北組的討論發言中說：“薄一波等61人出反省院是黨組織和黨中央決定的，我看應該解決！”
12月13日，鄧小平在會上說：“凡是過去搞錯了的東西，統統應該糾正。”就在這次中央工作會上，中央批準了中組部的調查報告，並於1978年12月16日，以中發[1978]75號中共中央文件，發到全黨。這個長達12年之久，使許多老同誌及其家屬、親友遭受迫害的重大冤假錯案，終於得到平反昭雪。
1979年1月25日，黨中央為被迫害致死的徐子榮、廖魯言、胡錫奎、劉錫五、王其梅五位同誌舉行平反昭雪追悼會。1980年7月12日，為逝世的安子文舉行追悼會。其他被迫害致死的同誌，也相繼為他們舉行了平反昭雪追悼會，善後問題得到妥善處理。
關心群眾疾苦“右派”獲得改正
1978年12月25日，黨的十一屆三中全會上，胡耀邦進入中央政治局，出任中央秘書長兼中宣部部長，主持中央日常工作。1980年改任中共中央總書記，成為黨內的最高領導。盡管他的事情更多了，但是，他關心下情的作風始終沒變。
胡耀邦對人民來信有著一種特殊的感情，他為自己定下規矩：每天批閱人民來信不得少於一份。
1983年5月，一封發自天津的人民來信放到了胡耀邦的案頭，來信反映天津內燃機研究所存在嚴重的問題。信中說：“這個研究所是國家的重點所，有雄厚的技術力量。可是，自‘文化大革命’以來，一直處於癱瘓狀態，科研人員無事可做，設備損壞無人過問。最令人不可忍受的是，‘文化大革命’中造反起家的人居然把持領導權，連研究所的牌子還用‘革委會’……”
胡耀邦憤怒了，他抓起毛筆，奮筆疾書，寫道：“這個例子真是觸目驚心，是否天津還有這樣的單位？是否其他省、市、區還有這樣的單位？我們撥亂反正幾年，究竟下情如何？我們反官僚主義幾年，究竟下情如何？我們整黨已半年多，究竟下情如何？我們中央委員和一切高級幹部是否都深思一下呢？中央常委會說過上百遍了：第一，要了解下情，做到心中有數；第二，要放手提拔一大批年富力強、有幹勁、有闖勁的人上台。我看這兩條是許多問題解決好不好和今後怎麼辦的關鍵兩條。”
寫完，胡耀邦抬頭看看書案上的小鬧鍾，時針已指向淩晨1點了。然而，他毫無睡意，又重新拿起筆，給中辦信訪局寫出專門派人去天津調查的指示。
幾個月後，在胡耀邦的親自督促下，天津內燃機研究所存在的問題得到妥善解決。
1983年12月，北京實驗劇團一位女編劇，抱著試試看的心理給胡耀邦寫了一封信，反映深受少年兒童喜愛的“故事爺爺”孫敬修老人的困境。這位女編劇來信說：“老人雖然退休，但仍然積極為青少年編講節目。但是，工資很低，住房簡陋，給老人生活和工作帶來許多困難，希望中央能關懷照顧！”
胡耀邦看到信後，馬上給中央信訪辦寫了一段批示：“全國隻這麼一個為廣大少年所喜愛的人。完全可以特殊照顧一下。”並說：“此老境遇也說明，我們的同誌很不了解情況。”
北京市有關部門接到胡耀邦的批示後，十分重視，馬上解決好孫敬修老人生活上的困難，老人在元旦這天，高高興興地搬進新居。老人感慨萬分地對人說：“舊社會，我是個窮教書匠，無地位，無歡樂。今天，胡耀邦和其他中央領導同誌親自過問我在生活上的一點困難，令我敬佩。我相信共產黨建設四個現代化的目標一定會成功，因為她真正是為人民謀福利的政黨。”