在千裏庫區，生態與環境保護更引起了國家有關部門的重視。受淹的19個縣市移民規劃中都有專項環境保護規劃，新建廠礦企業都有單項環境影響評價，並依法層層負責監督執行。國務院三峽建設委員會審批的移民經費中，都有環境保護專項資金，庫區實現了經濟建設、城鄉建設、環境建設三同步。
據了解，國家將關閉庫區所有小造紙廠，在重慶、涪陵、萬縣等城市建設一批汙水處理廠。三峽截流之後的5年內，國家將繼續投入資金在長江中上遊營造防護林，控製上遊水土流失。
大江截流對長江魚類不會產生破壞性影響
據中科院武漢水生物研究所專家介紹，大江截流對長江魚類不會產生破壞性影響。
截流後，原來在庫區江段的一部分適於急流環境的魚類將不能適應，而向上遊遷移；三峽大壩建成後，有的魚類可能在長江主幹道消失，但庫區水麵也將隨之擴大，支流庫灣也可能成為它們新的棲養之地。青、草、鰱、鱅、鯉、鯽等經濟魚類仍能在水庫內生活，其產量將比建壩前增大。
三峽大壩建成後，重慶至秭歸江段的8個魚類產卵場將部分或全部淹沒，這些魚將移至庫尾以上水域繁殖。下遊宜昌至城陵磯江段共有產卵場12處，由於壩下漲水過程和水堤發生變化，預計魚類產卵繁殖期可能滯後。
中華鱘為溯河產卵回遊性魚類，自從修建葛洲壩工程後，回遊通道已受到阻隔，但它在壩下江段仍可自然繁殖，人工繁殖投放魚苗也已獲成功。據實驗，三峽工程對揚子鱷、大鯢和江豚等無明顯影響。
此外，非魚類的珍稀水生動物白既魚豚分布在大壩下遊江段中，建壩後，下遊流量和河道衝淤變化對它的棲息地可能有些影響，但可通過自然保護區予以保護。
三峽工程與文物保護
據湖北省文物考古所專家介紹，長江三峽庫區會淹沒一些國家級文物和省級文物。為了保存庫區珍貴文物，庫區規劃中都作了搬遷保護的詳細計劃和具體措施。現已施工的三峽壩區所有文物，均已在破土前發掘完畢。按計劃，1995年至2000年，三峽庫區考古將完成約70%的工作量，重點完成155米水位線下的文物保護工作；2001年至2005年，再按計劃完成三峽淹沒區文物保護工作。
位於庫區淹沒線以下的文物古跡，包括新石器時代文化遺址，夏、商、周、戰國、西漢、晉、南北朝、唐、宋時代的古墓遺址，三峽與大寧河中的部分古棧道，涪陵白鶴梁枯水題刻，雲陽龍脊古枯水題刻、雲陽張飛廟、忠縣甘井溝無銘闕等，共1208處。
部分遺址位於淹沒線以下的文物，包括豐都彙南古墓群、忠縣石寶寨、秭歸屈原祠等。蓄水後庫區文物遺址都有變化，但部分遺址環境變化顯著，如白帝城、石寶寨將成為水上景觀，旅遊交通條件會有改觀。
位於壩下的黃陵廟、三遊洞等，均不受水庫淹沒影響。
三峽水庫如何防治泥沙淤積
三峽水庫建成後，預計平均每年有約5.3億噸泥沙進入水庫。三峽開發總公司副總經理王家柱說，減少入庫泥沙量，一要靠在壩址上遊流域內進行水土保持工作，二要靠在長江上遊幹支流上建造大型水庫以攔蓄部分泥沙。這兩項措施雖勢在必行，但估計在三峽水庫投入運行後的短期內尚難於明顯見效。因此，必須在三峽水庫的運行調度和樞紐工程布置方麵采取增加排沙出庫量的措施。
要增加三峽水庫排沙出庫量，必須充分利用三峽工程的有利條件。三峽水庫為河道型水庫，在長約600多公裏的庫區中，庫麵寬度一般小於1000米，隻有一小部分庫段的庫麵寬度在1000-1700米之間，斷麵又窄又深，灘地少，長江入庫泥沙量主要集中在汛期，根據國內外工程泥沙研究理論和實踐，采用“蓄清排渾”的運行方式，可使部分有效庫容長期保留。具體措施是在每年汛期（6月至9月）含沙量較大時，將庫水位降低至防洪限製水位145米，並利用低高程的大底孔泄洪排沙，即所謂“排渾”。在汛期過後，入庫泥沙大量減少，水庫蓄水至175米正常蓄水位，即所謂“蓄清”，汛期如調蓄洪水以及汛後蓄水，均有部分泥沙淤積在有效庫容內，但可在汛期低庫水位時基本衝走，隻有邊灘部分庫容有少量淤積。
三峽工程與現有景觀
在大江截流之前，“告別三峽遊”之類說法大量出現，三峽工程對三峽現有景觀有什麼影響？湖北省旅遊局局長遊先勝說，所謂“告別三峽遊”純屬誤導，三峽大壩建成後，三峽風光會更加迷人。大江截流後，壩前水位抬高僅4米多，對現有景觀基本無影響。
三峽西起四川奉節的白帝城，東迄湖北宜昌的南津關，全長192公裏，兩岸懸崖壁立，峽內急流洶湧，水路迂回，景色萬千，構成一條天然山水畫廓。
三峽水利樞紐位於西陵峽中段，距峽穀山口南津關約34公裏，受蓄水影響的為三鬥坪至白帝城長約158公裏的三峽江段，即瞿塘峽、巫峽全部和西陵峽西段以及白帝城以西至庫尾江段。三峽建庫後，11月庫水位蓄到175米，直到翌年4月水庫運行範圍為175-155米，整個峽區水位升高100米上下，對三峽景觀有一定的影響。每年5月進入旅遊旺季後，庫水位因防洪需要降至145米，對景觀的影響較小，如瞿塘峽兩岸的山峰大部在海拔1000多米以上，“夔門天下雄”的壯觀氣勢依然存在，巫山十二峰高程也都在1000米上下，神女峰高900多米，水位升高40-50米，也不至於影響三峽兩岸奇峰秀色和峭壁陡岩的美麗風光。
由於三峽工程的興建，還將出現“高峽出平湖”的景觀，泄流建築物可形成氣勢磅礴的人工瀑布，都具有很高的觀賞價值。
至於人文景觀，在淹沒線以下的景觀都可以複製，目前文物古跡的搶救工作也十分有效。
三峽工程與長江航運
長江通航裏程2800多公裏，占全國內河通航裏程的70%，貨運量占全國內河運量的80%。然而，作為衡量江河通航能力的重要標誌――萬噸級船隊，在從長江口行進到漢口這1143公裏路程後，就無法繼續前進了。
要徹底解決“中遊水線，上遊灘險”的問題，隻有依靠三峽工程。水庫蓄水後，將淹沒川江上的所有險灘，川江航道水深增加40%，航寬增加兩倍，江水流速減少50%，使萬噸級船隻可安全、通暢地由宜昌直達重慶。據測算，三峽工程建成後，川江航運的運輸成本將降低35%。
在河道上修建大型水壩，要做到施工期間不斷航運十分困難。16年前，葛洲壩截流時曾有8個月時間斷航。三峽工程17年的施工期中，一天也不會中斷航運。
三峽工程完工後，船過三峽要翻越5級船閘，加上候閘，通過三峽大壩共需約3個小時。等候使人焦心，但算一算整個航程縮短的時間，就會有另一種感受了。目前，普通客船從宜昌至重慶，上水需要48小時，下水需36小時；三峽工程建成後，水流變緩，航道變寬，航速大幅度提高，上水隻需36小時，下水隻需26小時。除去過閘和候閘花去的3小時，上下水航行時間可分別減少12小時和10小時。